PDB-4naf: PrcB from Geobacillus kaustophilus, apo structure

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4naf

タイトル

PrcB from Geobacillus kaustophilus, apo structure

要素

(Heptaprenylglyceryl phosphate synthase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / pcrb / GGGp

機能・相同性

機能・相同性情報

: / glycerophospholipid biosynthetic process / polyprenyltransferase activity / prenyltransferase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: A comprehensive analysis of the geranylgeranylglyceryl phosphate synthase enzyme family identifies novel members and reveals mechanisms of substrate specificity and quaternary structure organization.
著者: Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.

履歴

登録	2013年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月7日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4naf.cif.gz	183.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4naf.ent.gz	145.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4naf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4naf_validation.pdf.gz	434.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4naf_full_validation.pdf.gz	435.7 KB	表示
XML形式データ	4naf_validation.xml.gz	19.5 KB	表示
CIF形式データ	4naf_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4naf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4naf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jejC 4mm1C 4naeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nae-d 3w01-d 2f6x-d 3vzy-d 3vkc-d 1n5l-d 3qh2-2 3vka-d 1viz-3 3vzx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heptaprenylglyceryl phosphate synthase

B: Heptaprenylglyceryl phosphate synthase

50.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.114, 157.840, 38.170
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / HepGP synthase / Glycerol-1-phosphate heptaprenyltransferase 分子量: 25232.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: pcrB, GK0274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q5L3C1, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: タンパク質	Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / HepGP synthase / Glycerol-1-phosphate heptaprenyltransferase 分子量: 25375.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: pcrB, GK0274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5L3C1
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHORS HAVE INDICATED THAT THE CORRECT RESIDUE SHOULD BE A GLU RESIDUE

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.44 %

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR
検出器	検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.9→27.435 Å / Num. all: 151551 / Num. obs: 41523 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.45 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.038

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1422) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→27.435 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.21 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2408	2092	5.04 %	Random
R_work	0.2125	-	-	-
obs	0.2139	41513	99.92 %	-
all	-	151551	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.435 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3344	0	0	290	3634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3412
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.932	4664
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.085	1175
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	548
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	603

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9442	0.3537	130	0.3292	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9442-1.9928	0.3182	152	0.2888	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9928-2.0467	0.2814	131	0.2691	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0467-2.1069	0.3015	135	0.239	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1069-2.1749	0.2884	128	0.2358	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1749-2.2526	0.2463	129	0.2349	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2526-2.3427	0.3041	131	0.2341	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3427-2.4493	0.2312	147	0.2288	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4493-2.5783	0.3024	164	0.2294	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5783-2.7397	0.2743	147	0.2193	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7397-2.951	0.2362	158	0.2232	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
2.951-3.2476	0.2428	126	0.2184	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2476-3.7165	0.2278	150	0.194	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7165-4.6787	0.1845	134	0.1684	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6787-27.4378	0.192	130	0.19	2858	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3656	-0.1123	0.045	0.2609	0.1079	0.1885	0.0807	-0.0007	0.2561	-0.0855	-0.1703	-0.1498	0.0629	-0.0047	-0.0064	0.2505	0.0384	0.0155	0.1918	0.0073	0.3249	27.0803	12.5077	-7.5758
2	0.2135	0.0135	0.0455	0.0518	-0.0556	0.0714	-0.0205	-0.1838	0.2647	-0.1509	0.2271	-0.2669	-0.01	0.2946	0.0021	0.2078	0.0138	0.0059	0.1937	-0.0159	0.2779	28.3443	9.5191	-6.6385
3	0.0399	-0.0356	-0.0353	0.2113	-0.128	0.1549	-0.0138	0.0039	0.1121	-0.2111	0.0454	-0.2916	0.0209	0.0679	0	0.2219	0.023	-0.0094	0.231	-0.0112	0.3518	35.5411	5.2686	-8.7288
4	0.0481	-0.1114	-0.0336	0.6162	0.0037	0.0829	-0.0332	-0.03	-0.0881	-0.2349	-0.1141	-0.315	0.0876	-0.0113	-0.0016	0.1717	0.0089	0.0361	0.1767	0.0142	0.2208	27.7147	-11.6491	-10.6194
5	0.3181	-0.0808	-0.1181	1.4158	-0.0368	0.4943	-0.0036	0.0555	-0.011	-0.11	-0.0066	-0.0085	-0.0398	-0.103	-0	0.1851	0.0092	-0.0086	0.2275	-0.0246	0.162	16.4212	-7.4116	-6.7503
6	0.5371	0.3091	-0.0677	0.4955	0.2999	0.3849	0.0677	-0.0702	0.2072	-0.0811	-0.1286	0.2269	-0.0604	-0.0855	-0	0.1654	0.0612	-0.0271	0.223	-0.0465	0.2399	12.493	5.5854	-4.8896
7	0.0509	-0.0345	-0.014	0.0546	-0.0147	0.0166	-0.0961	-0.1309	0.2322	0.1182	0.0719	-0.0217	-0.3119	-0.1168	-0	0.2566	0.0355	0.0047	0.2345	-0.0124	0.3792	18.3037	18.3248	-4.7089
8	0.6221	-0.2941	-0.1551	1.0729	-0.2284	0.2536	0.0221	-0.1302	-0.0779	0.0438	-0.0669	0.1228	0.0273	-0.0472	0	0.2633	-0.0356	-0.0092	0.226	0.0013	0.1796	14.5552	-36.9727	10.8677
9	0.3161	-0.3211	0.3685	0.5155	-0.5048	0.4946	-0.0062	0.1045	-0.0934	-0.0971	0.05	0.1115	0.1661	-0.162	0	0.1819	-0.0218	0.0092	0.2343	-0.0113	0.1552	13.8044	-21.9299	-4.2574
10	0.2787	0.2354	0.1606	0.6083	-0.2109	0.3495	-0.0331	-0.0387	-0.0499	-0.0315	0.0158	-0.0292	0.0705	-0.0072	-0	0.2334	-0.0102	0.0435	0.1905	-0.0087	0.1897	21.3775	-27.5482	-4.0503
11	1.0332	0.4098	-0.0382	0.7316	-0.4549	0.8897	0.0258	-0.0424	-0.1075	-0.0047	-0.0953	-0.4106	0.0293	0.0881	0.0001	0.201	-0.0075	0.0074	0.2004	0.0237	0.2189	31.3487	-31.7806	3.9914

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 28 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 29 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 45 through 77 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 78 through 107 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 108 through 161 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 162 through 215 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 216 through 228 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 77 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 78 through 107 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 108 through 138 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 139 through 228 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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