PDB-4nae: PcrB from Geobacillus kaustophilus, with bound G1P

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4nae

タイトル

PcrB from Geobacillus kaustophilus, with bound G1P

要素

(Heptaprenylglyceryl phosphate synthase) x 2

キーワード

TRANSFERASE / PcrB / GGGp

機能・相同性

機能・相同性情報

: / heptaprenylglyceryl phosphate synthase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / prenyltransferase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus kaustophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2014
タイトル: A comprehensive analysis of the geranylgeranylglyceryl phosphate synthase enzyme family identifies novel members and reveals mechanisms of substrate specificity and quaternary structure organization.
著者: Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.

履歴

登録	2013年10月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4nae.cif.gz	243.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4nae.ent.gz	198.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4nae.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4nae_validation.pdf.gz	771.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4nae_full_validation.pdf.gz	774.7 KB	表示
XML形式データ	4nae_validation.xml.gz	19.3 KB	表示
CIF形式データ	4nae_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nae ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/na/4nae	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jejC 4mm1C 4nafC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4naf-d 3vzy-d 2f6x-d 3c1d-d 4txy-2 3w01-d 6i1s-d 3upp-2 3vkc-d 2xla-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Heptaprenylglyceryl phosphate synthase

B: Heptaprenylglyceryl phosphate synthase

ヘテロ分子

51.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.350, 157.970, 38.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / HepGP synthase / Glycerol-1-phosphate heptaprenyltransferase 分子量: 25118.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: pcrB, GK0274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: Q5L3C1, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: タンパク質	Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / HepGP synthase / Glycerol-1-phosphate heptaprenyltransferase 分子量: 25378.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus kaustophilus (バクテリア) 株: HTA426 / 遺伝子: pcrB, GK0274 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q5L3C1
#3: 化合物	ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸分子量: 172.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₉O₆P
#4: 化合物	ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₈ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.62 %
結晶化	手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 19% w/v PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1 Å
検出器	検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→29 Å / Num. all: 28722 / Num. obs: 151551 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.038

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: dev_1422) / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→27.416 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.4 / σ(I): 2 / 位相誤差: 28.73 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2428	1458	5.08 %
R_work	0.2023	-	-
obs	0.2043	28718	80.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→27.416 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3252	0	46	212	3510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	4603
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.527	1163
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	545
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	585

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.0715	0.4238	107	0.4032	2269	X-RAY DIFFRACTION	68
2.0715-2.1544	0.2789	166	0.2491	2799	X-RAY DIFFRACTION	84
2.1544-2.2524	0.2833	78	0.2518	1571	X-RAY DIFFRACTION	78
2.2524-2.3711	0.2636	111	0.2293	2368	X-RAY DIFFRACTION	84
2.3711-2.5196	0.2548	185	0.2165	3032	X-RAY DIFFRACTION	92
2.5196-2.714	0.3101	186	0.2198	3094	X-RAY DIFFRACTION	92
2.714-2.9868	0.2786	179	0.2132	3136	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9868-3.4183	0.241	161	0.2055	3196	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4183-4.304	0.1982	133	0.1631	2516	X-RAY DIFFRACTION	73
4.304-27.4187	0.1909	152	0.1682	3279	X-RAY DIFFRACTION	90

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6323	0.0879	0.2759	2.2382	-0.2771	1.3445	0.04	-0.0192	0.1969	-0.3156	-0.0725	-0.3052	0.0763	0.1661	0.015	0.3022	0.0488	0.0203	0.2419	-0.0118	0.381	27.6786	11.922	-7.3718
2	1.0837	0.7312	-0.3293	0.7188	-0.3183	0.2635	-0.0391	-0.0328	-0.0399	-0.1746	-0.0102	-0.3672	0.0164	0.1512	0.0254	0.242	0.0244	0.0186	0.2794	0.0031	0.3605	34.0308	3.7305	-7.7514
3	1.4591	-0.5664	-0.538	1.6185	-0.2785	0.7145	0.0101	0.2205	0.0116	-0.2092	-0.1217	-0.1462	0.0249	-0.059	0.0821	0.3001	0.0024	0.0319	0.2707	-0.0149	0.265	23.4267	-9.2615	-10.6814
4	0.7189	0.3904	-0.2189	1.2971	-0.2063	0.3851	-0.0288	0.0153	0.1294	0.0099	0.0653	0.0854	-0.0539	-0.1514	-0.0028	0.2465	0.0203	-0.0083	0.3105	-0.0075	0.2896	13.6491	3.1558	-3.7657
5	1.4248	0.2535	-0.0808	1.8753	0.4665	1.3282	-0.2825	-0.1505	0.1497	-0.06	0.103	0.2513	-0.3436	-0.0617	0.1081	0.3608	-0.0006	-0.0105	0.2763	0.0013	0.2327	20.0556	-36.3382	10.1197
6	0.6598	-0.2522	-0.3784	1.9983	-0.1361	0.2777	-0.0281	-0.1436	-0.0683	0.1516	-0.0499	0.2938	0.081	-0.0015	0.0272	0.3111	-0.0166	0.0501	0.2806	-0.0104	0.2952	14.1338	-39.3592	13.4303
7	1.4528	0.8247	-1.3762	0.7727	-0.4903	1.8776	-0.1525	0.1833	-0.0917	0.0489	0.108	0.2483	-0.0981	-0.3342	0.07	0.2657	0.0061	0.0197	0.2884	-0.0201	0.3052	12.0978	-27.1655	5.039
8	1.8441	-0.0979	0.3809	1.6624	-0.4366	0.8644	-0.0763	-0.062	-0.417	-0.12	-0.049	0.2896	0.2016	-0.2204	0.0152	0.2296	-0.0238	0.0043	0.2829	-0.0218	0.2668	12.364	-20.5036	-5.9889
9	1.051	-0.0434	0.3353	1.4638	-0.3466	0.2212	-0.0552	0.0873	-0.0009	-0.0255	0.0534	-0.0282	0.026	-0.1156	0.0031	0.2841	-0.0174	0.0194	0.2598	-0.0019	0.2275	25.1763	-24.5849	-2.7342
10	2.4498	0.6446	0.1144	3.2954	-0.3196	0.8915	-0.3151	0.2962	-0.1336	-0.4726	0.2553	-0.5785	-0.0495	0.2402	0.0827	0.272	-0.0183	0.0253	0.2866	-0.0149	0.3109	36.1463	-31.637	0.2577
11	1.5229	-0.1832	0.1874	3.029	-0.3874	1.1206	0.0185	-0.2438	-0.0786	0.1933	-0.1046	-0.2636	0.1753	0.1192	0.0659	0.3229	-0.015	0.0186	0.2828	-0.0042	0.2662	32.4695	-33.0852	6.4533
12	1.5166	1.0838	0.0627	2.645	-0.5953	0.7693	0.0159	-0.0936	-0.3021	0.0044	-0.0241	-0.1425	0.1266	0.1719	0.0028	0.3095	0.0188	0.005	0.2728	-0.0181	0.2676	28.4867	-41.2465	9.4273

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 44 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 45 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 138 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 139 through 227 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 1 through 20 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 21 through 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 67 through 84 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 85 through 107 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 108 through 161 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 162 through 178 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 179 through 200 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 201 through 227 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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