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- PDB-4n8u: Two-Domain Laccase from Streptomyces viridochromogenes at 2.4 A r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n8u
タイトルTwo-Domain Laccase from Streptomyces viridochromogenes at 2.4 A resolution AC629
要素Multicopper oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TWO-DOMAIN LACCASE / MULTICOPPER BLUE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence ...Multicopper oxidase, copper-binding site / Multicopper oxidases signature 2. / Multicopper oxidase, C-terminal / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Multicopper oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Yurevich, L. / Lisov, A. / Leontievsky, A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Two-Domain Laccase from Streptomyces viridochromogenes at 2.4 A resolution AC629
著者: Gabdulkhakov, A. / Tischenko, S. / Yurevich, L. / Lisov, A. / Leontievsky, A.
履歴
登録2013年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年10月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multicopper oxidase
B: Multicopper oxidase
C: Multicopper oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,84819
ポリマ－91,9413
非ポリマー90716
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10690 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area28050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.720, 79.600, 204.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multicopper oxidase / Laccase


分子量: 30647.119 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 33-313 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces viridochromogenes (バクテリア)
プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) / 参照: UniProt: J9S5G3, laccase
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 11% PEG 4000, 0.1M Tris- l, 0.1M NaCl, 1.3% polyacrylic acid 5100 sodium salt, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 31995 / Num. obs: 31212 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 20.42 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.98
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 2.85 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique all: 3607 / % possible all: 87.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TAS

3tas


解像度: 2.4→42.95 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8889 / SU ML: 0.33 / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 20.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 1560 5 %RANDOM
Rwork0.1877 ---
all0.19 31995 --
obs0.1897 31208 97.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.36 Å2 / Biso mean: 20.8567 Å2 / Biso min: 4.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→42.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6372 0 23 83 6478
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016562
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3968916
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061928
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3562321
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4-2.47750.36541220.31492327244986
2.4775-2.5660.32781390.27862630276996
2.566-2.66870.27921400.25042663280398
2.6687-2.79020.2991400.23452658279899
2.7902-2.93720.30211440.246927412885100
2.9372-3.12120.23781430.205727202863100
3.1212-3.36210.23651430.183727182861100
3.3621-3.70030.21351460.16772760290699
3.7003-4.23530.18341440.14632749289399
4.2353-5.33450.15211470.12322782292999
5.3345-42.95640.16661520.14162900305298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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