PDB-4n83: X-ray crystal structure of Streptococcus sanguinis dimanganese(II...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n83

タイトル

X-ray crystal structure of Streptococcus sanguinis dimanganese(II)-NrdF

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

キーワード

OXIDOREDUCTASE / OXIDATION-REDUCTION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / MANGANESE

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus sanguinis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Boal, A.K. / Rosenzweig, A.C.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Streptococcus sanguinis Class Ib Ribonucleotide Reductase: HIGH ACTIVITY WITH BOTH IRON AND MANGANESE COFACTORS AND STRUCTURAL INSIGHTS.
著者: Makhlynets, O. / Boal, A.K. / Rhodes, D.V. / Kitten, T. / Rosenzweig, A.C. / Stubbe, J.

履歴

登録	2013年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n83.cif.gz	903 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n83.ent.gz	759.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n83.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n83_validation.pdf.gz	495.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n83_full_validation.pdf.gz	523.2 KB	表示
XML形式データ	4n83_validation.xml.gz	71.5 KB	表示
CIF形式データ	4n83_validation.cif.gz	96.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n83 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/4n83	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n82C 3n37S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4m1f-1 6pu6-d 3n38-1 4dr0-d 3rt0-2 3l0z-5 3l0z-4 2r2f-d 5kx7-d 4dix-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

G: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

H: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

296 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

G: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

H: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

D: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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4

E: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

F: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
73.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.657, 80.224, 166.374
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 105.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta 分子量: 36844.977 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus sanguinis (バクテリア) 株: SK36 / 遺伝子: nrdF, SSA_0768 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A3CLZ4, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: PEG 3000, magnesium formate, pH 7.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→29.881 Å / Num. obs: 86753

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3N37

3n37

解像度: 2.65→29.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.843 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 26.622 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.402 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2778	3799	5 %	RANDOM
R_work	0.2355	-	-	-
obs	0.2377	75270	86.52 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 145.28 Å² / B_iso mean: 49.4168 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.51 Å²	0 Å²	-0.6 Å²
2-	-	1.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18625	0	16	64	18705

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.02	19065
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	17682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.806	1.949	25878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.677	3	40786
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.594	5	2263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.638	25.537	968
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.519	15	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.274	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.046	0.2	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	21521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4407

LS精密化シェル

解像度: 2.652→2.721 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	92	-
R_work	0.249	1603	-
all	-	1695	-
obs	-	-	26.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2071	-0.0429	-0.3615	2.2418	-0.4286	1.414	0.2573	0.253	-0.1415	-0.4525	-0.2772	0.2739	-0.2333	-0.4058	0.0199	0.362	0.362	-0.2269	0.5562	-0.1538	0.1856	-75.7175	10.6211	31.2271
2	0.3085	0.0097	-0.2118	0.5263	-0.0826	0.5929	-0.0235	0.0216	-0.0778	-0.0327	-0.0817	0.0264	0.0888	0.0388	0.1052	0.1817	-0.0014	0.0539	0.0756	0.0016	0.1281	-8.2167	-16.9933	42.2861
3	0.7276	-0.0245	-0.2359	0.5893	0.2645	0.645	0.0327	0.0133	-0.0208	0.0007	-0.1173	0.0718	-0.0635	-0.0646	0.0845	0.1387	-0.0054	0.0684	0.1033	-0.0596	0.124	-38.2428	8.1407	77.1975
4	0.8342	-0.2398	0.1615	0.8129	0.012	0.2413	0.0542	0.0301	-0.1871	-0.1243	-0.2211	0.2582	0.1133	-0.0993	0.1669	0.1761	-0.0767	0.0713	0.1619	-0.1737	0.2873	-53.0199	-18.4282	61.9219
5	1.0261	-0.1288	0.3973	1.0658	0.0845	0.4923	0.0695	0.1026	-0.0511	0.1331	-0.2966	0.3467	-0.2441	-0.1815	0.2271	0.3778	0.1932	-0.0897	0.2349	-0.1854	0.2504	-34.9197	18.9643	-1.5492
6	0.4682	-0.2128	0.2016	0.8712	0.3199	1.1945	0.0274	0.0565	-0.077	-0.005	-0.2216	0.1643	0.1115	-0.0612	0.1942	0.1861	0.0259	0.0094	0.1145	-0.0799	0.0928	-14.3719	-7.8051	-6.1427
7	1.1493	-0.8321	0.574	1.95	-0.6666	1.0493	0.0811	0.1696	0.0553	0.3597	-0.2528	0.3536	-0.1989	-0.1786	0.1716	0.2124	0.1208	0.0331	0.3285	-0.2077	0.2583	-78.7495	27.6532	60.6037
8	0.2228	0.0604	0.0605	0.611	-0.0922	0.7746	-0.0211	-0.0328	0.0285	-0.0272	-0.0791	0.018	-0.1697	0.0198	0.1002	0.2086	-0.0021	-0.0061	0.081	0.0039	0.0982	-7.7648	17.0133	39.8014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 287
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 286
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 286
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 286
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	3 - 286
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	3 - 286
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	4 - 286
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	4 - 286

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