PDB-4n7q: Crystal structure of eukaryotic THIC from A. thaliana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n7q

タイトル

Crystal structure of eukaryotic THIC from A. thaliana

要素

Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic

キーワード

LYASE / (alpha/beta)8 TIM barrel fold / HMP-P synthase / SAM radical dependent enzyme / metal binding site

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphomethylpyrimidine synthase / response to vitamin B1 / carbon-carbon lyase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / chloroplast stroma / plastid / iron-sulfur cluster binding / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Coquille, S.C. / Roux, C. / Mehta, A. / Begley, T.P. / Fitzpatrick, T.B. / Thore, S.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2013
タイトル: High-resolution crystal structure of the eukaryotic HMP-P synthase (THIC) from Arabidopsis thaliana.
著者: Coquille, S. / Roux, C. / Mehta, A. / Begley, T.P. / Fitzpatrick, T.B. / Thore, S.

履歴

登録	2013年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n7q.cif.gz	132.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n7q.ent.gz	98.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n7q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n7q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3epmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4s29-1 3epo-d 3va8-1 4rm3-d 4rm2-d 5wka-1 4rlf-d 6m2u-d 4s26-d 3epm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic

ヘテロ分子

66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic

ヘテロ分子

A: Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.000, 107.000, 88.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-919- HOH

#1: タンパク質	Phosphomethylpyrimidine synthase, chloroplastic / Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase / HMP-P synthase / HMP-phosphate synthase / HMPP ...Hydroxymethylpyrimidine phosphate synthase / HMP-P synthase / HMP-phosphate synthase / HMPP synthase / Protein PYRIMIDINE REQUIRING / Thiamine biosynthesis protein ThiC / Protein THIAMINE C 分子量: 65546.062 Da / 分子数: 1 / 断片: deltaN71-AtTHIC (unp residues 72-644) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: THIC, PY, At2g29630, T27A16.27 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O82392, phosphomethylpyrimidine synthase
#2: 化合物	ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 695 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.75 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.01 M cobalt (II) chloride hexahydrate, 0.1 M sodium acetate trihydrate, 1 M 1,6-Hexanediol, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年1月26日
放射	モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→41.05 Å / Num. all: 77116 / Num. obs: 77101 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.146 / Net I/σ(I): 13.58
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 9.95 % / R_merge(I) obs: 1.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.35 / Num. unique all: 5668 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
XDS		データ削減
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3EPM

3epm

解像度: 1.6→41.027 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	6002	7.79 %	RANDOM
R_work	0.1519	-	-	-
obs	0.1538	77088	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→41.027 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3752	0	25	695	4472

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3945
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	5355
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.547	1464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	570
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	701

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6182	0.2578	198	0.2436	2332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6182-1.6372	0.2647	200	0.2337	2344	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6372-1.6572	0.2825	198	0.2318	2335	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6572-1.6782	0.2411	198	0.2243	2356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6782-1.7002	0.2552	201	0.2208	2355	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7002-1.7235	0.2606	196	0.2085	2331	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7235-1.7482	0.2373	201	0.1987	2361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7482-1.7743	0.2083	196	0.1988	2342	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7743-1.802	0.2168	200	0.1933	2370	X-RAY DIFFRACTION	100
1.802-1.8315	0.2481	196	0.1958	2330	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8631	0.2	199	0.188	2353	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8631-1.897	0.2209	198	0.1819	2356	X-RAY DIFFRACTION	100
1.897-1.9335	0.2083	200	0.1806	2354	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9335-1.9729	0.2223	199	0.1681	2361	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9729-2.0158	0.188	200	0.1642	2373	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0158-2.0627	0.1765	197	0.1612	2366	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0627-2.1143	0.1785	199	0.1544	2338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1143-2.1715	0.1533	197	0.1525	2355	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1715-2.2354	0.1864	199	0.1511	2376	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2354-2.3075	0.1973	199	0.1558	2372	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.39	0.1646	197	0.1507	2371	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.4857	0.1832	196	0.1433	2384	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4857-2.5988	0.1569	201	0.1384	2370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5988-2.7357	0.163	201	0.1378	2364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7357-2.9071	0.1708	198	0.1402	2400	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9071-3.1315	0.1649	201	0.136	2387	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1315-3.4465	0.1616	204	0.135	2398	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4465-3.9448	0.131	209	0.122	2404	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9448-4.9687	0.1238	204	0.1079	2430	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9687-41.0409	0.1457	220	0.128	2518	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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