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- PDB-4n7d: Selenomethionine incorporated Bla g 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n7d
タイトルSelenomethionine incorporated Bla g 4
要素Bla g 4 allergen variant 1
キーワードALLERGEN / beta barrel / cockroach / glycoprotein / secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defenses / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Triabin/Procalin / Triabin / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Bla g 4 allergen variant 1
類似検索 - 構成要素
生物種Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Offermann, L.R. / Chan, S.L. / Osinski, T. / Tan, Y.W. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K. / Minor, W. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2014
タイトル: The major cockroach allergen Bla g 4 binds tyramine and octopamine.
著者: Offermann, L.R. / Chan, S.L. / Osinski, T. / Tan, Y.W. / Chew, F.T. / Sivaraman, J. / Mok, Y.K. / Minor, W. / Chruszcz, M.
履歴
登録2013年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bla g 4 allergen variant 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8464
ポリマ－20,4701
非ポリマー3763
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Bla g 4 allergen variant 1
ヘテロ分子

A: Bla g 4 allergen variant 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,6928
ポリマ－40,9392
非ポリマー7536
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3680 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.166, 60.166, 124.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-141-

MSE

-
要素

#1: タンパク質 Bla g 4 allergen variant 1


分子量: 20469.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Blattella germanica (チャバネゴキブリ)
プラスミド: pET32a modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami B / 参照: UniProt: B7TYB2
#2: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, 1.5 M Sodium Citrate, 3% Acetone, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9797, 0.9799, 0.9600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97971
20.97991
30.961
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 51198 / Num. obs: 51198 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 23.71
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.97 / Num. unique all: 5140 / Rsym value: 0.38 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
HKL-3000位相決定
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3EBK

3ebk


解像度: 2.1→42.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 7.88 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21736 699 5 %RANDOM
Rwork0.1762 ---
obs0.1782 13356 99.97 %-
all-13356 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.142 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å2-0 Å20 Å2
2--0.28 Å2-0 Å2
3----0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1361 0 25 117 1503
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191460
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021296
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0311.9621986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.7743.0032964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.365179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.86123.64974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.14415217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2381510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.021690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02360
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.222 47 -
Rwork0.193 964 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.2523-0.70250.70717.802-2.91735.5843-0.0984-0.2946-0.08010.3531-0.159-0.642-0.1640.67620.25730.0588-0.0189-0.06460.15640.02160.12363.0947-23.393117.3183
20.4492-0.2093-0.31491.8644-0.28410.6264-0.0534-0.016-0.0012-0.10350.0225-0.0331-0.08530.0520.0310.1831-0.0206-0.03220.03970.00630.0584-12.3099-23.512311.6643
35.4285-0.85580.94294.85071.08222.0905-0.0448-0.35280.21590.0824-0.06780.3868-0.1137-0.10630.11270.24060.0062-0.03030.11160.02120.0787-14.5605-20.743315.9677
414.7891.2803-4.3537.64080.1296.08830.2542-0.10250.56640.3115-0.15370.3278-0.2749-0.1945-0.10050.14690.0117-0.0190.0163-0.01280.0447-13.1411-18.596522.0997
51.41180.1566-1.26842.623-1.18593.4516-0.1389-0.0767-0.0495-0.0188-0.0094-0.29580.12070.21010.14830.132-0.0088-0.02890.08280.01140.0457-5.1712-27.510615.1062
67.2568-1.5183.85544.835-5.308311.7451-0.22890.42920.3137-0.12320.0850.12830.0607-0.35810.14390.1457-0.0469-0.00360.07790.0010.0387-13.5873-24.09780.2659
717.0856-7.34222.11110.3966-0.77975.59830.01690.0954-0.7699-0.53960.42450.77680.525-0.8669-0.44140.1958-0.1558-0.05390.23330.07470.0881-18.5546-31.4244-0.4199
81.44741.06920.18883.6474-1.02482.7758-0.09660.1139-0.3936-0.3432-0.0145-0.47280.23350.19130.1110.26210.0160.0790.065-0.00650.1295-3.7649-37.22226.7076
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A4 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2A24 - 57
3X-RAY DIFFRACTION3A58 - 80
4X-RAY DIFFRACTION4A81 - 90
5X-RAY DIFFRACTION5A91 - 121
6X-RAY DIFFRACTION6A122 - 135
7X-RAY DIFFRACTION7A136 - 151
8X-RAY DIFFRACTION8A152 - 175

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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