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- PDB-4n75: Structural Basis of BamA-mediate Outer Membrane Protein Biogenesis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n75
タイトルStructural Basis of BamA-mediate Outer Membrane Protein Biogenesis
要素Outer membrane protein assembly factor BamA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / barrel / Outer Membrane Protein Biogenesis / OMP85 / yaet
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / cell adhesion / membrane
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin ...membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Outer membrane protein assembly factor BamA / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.604 Å
データ登録者Ni, D.C.
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2014
タイトル: Structural and functional analysis of the beta-barrel domain of BamA from Escherichia coli.
著者: Ni, D. / Wang, Y. / Yang, X. / Zhou, H. / Hou, X. / Cao, B. / Lu, Z. / Zhao, X. / Yang, K. / Huang, Y.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamA
B: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0712
ポリマ－86,0712
非ポリマー00
水57632
1
A: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0361
ポリマ－43,0361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Outer membrane protein assembly factor BamA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0361
ポリマ－43,0361
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.492, 159.883, 56.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11CHAIN A
21CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: TRP / End label comp-ID: TRP / Auth seq-ID: 426 - 810 / Label seq-ID: 1 - 385

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1CHAIN AAA
2CHAIN BBB

-
要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85


分子量: 43035.734 Da / 分子数: 2 / 断片: barrel domain, UNP residues 427-810 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 substr. MG1655 / プラスミド: pet24A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: P0A940
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.08 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M MES PH 6.0, 6% Tacsimate, 25% PEG 4000, 0.6% C8E4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.604→50 Å / Num. obs: 31883 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 51.52 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.6-3.45196.7
3.45-3.66195.3
3.66-3.97195.2
3.97-4.34194
4.97-6.26193.6
6.26-35.27188.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K3C

4k3c


解像度: 2.604→36.268 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7922 / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 1997 6.28 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.247 ---
obs0.2081 31820 95.16 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 188.75 Å2 / Biso mean: 51.8867 Å2 / Biso min: 13.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.604→36.268 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5858 0 0 32 5890
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4218227
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0942079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058828
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071083
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A3182X-RAY DIFFRACTION12.824TORSIONAL
12B3182X-RAY DIFFRACTION12.824TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6038-2.66890.34621390.27362075221494
2.6689-2.7410.36771420.27162123226597
2.741-2.82170.32121420.24972139228197
2.8217-2.91270.33491450.22752149229497
2.9127-3.01680.28961410.21612119226097
3.0168-3.13750.29031450.2292157230297
3.1375-3.28020.27391430.20762127227096
3.2802-3.4530.25881430.20812124226796
3.453-3.66910.26061420.19152122226496
3.6691-3.95210.22281430.1872139228295
3.9521-4.34920.25381430.18872136227995
4.3492-4.97720.19111410.16282124226594
4.9772-6.26550.21091450.20032161230694
6.2655-36.27140.24981430.23082128227189
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.0671 Å / Origin y: 40.6857 Å / Origin z: 17.6839 Å
111213212223313233
T0.1231 Å2-0.0131 Å20.0093 Å2-0.1857 Å2-0.001 Å2--0.1855 Å2
L0.3049 °20.001 °2-0.0513 °2-0.0754 °2-0.0523 °2--1.1738 °2
S0.0829 Å °0.0762 Å °0.0084 Å °-0.0309 Å °-0.059 Å °-0.0216 Å °-0.0331 Å °-0.0264 Å °-0.0006 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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