PDB-4n74: Crystal Structure of Outer Membrane Protein TamA beta-barrel Doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n74

タイトル

Crystal Structure of Outer Membrane Protein TamA beta-barrel Domain in E.coli

要素

Predicted outer membrane protein and surface antigen

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Beta-barrel / Autotransporter biogenesis / Membrane

機能・相同性

membrane protein fhac: a member of the omp85/tpsb transporter family / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.9 Å

データ登録者

Wang, Y.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Basis of BamA-mediate Outer Membrane Protein Biogenesis
著者: Huang, Y.H.

履歴

登録	2013年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n74.cif.gz	136.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n74.ent.gz	108.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n74.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n74_validation.pdf.gz	426.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n74_full_validation.pdf.gz	429.8 KB	表示
XML形式データ	4n74_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	4n74_validation.cif.gz	15.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n74 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n7/4n74	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	7kk6-1 1uk1-1 6vkk-2 1gej-d 6p1p-d 7aac-2 3pax-d 7aaa-2 6hqw-1 4rv6-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Predicted outer membrane protein and surface antigen

35.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.071, 71.071, 143.341
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Predicted outer membrane protein and surface antigen 分子量: 35344.324 Da / 分子数: 1 / 断片: beta-barrel domain, UNP residues 264-577 / 変異: E265Q, M291V, F371L, M391V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / MC4100 / BW2952 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4ZR96

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.4 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 0.1M Glycine pH 9.0, 31% PEG 400, 0.15M magnesium chloride, 0.4M sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来: SEALED TUBE / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 49230 / Num. obs: 48998 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.9-3	1	99.9
3-3.12	1	99.8
3.12-3.27	1	99.8
3.27-3.44	1	99.9
3.44-3.65	1	99.7
3.65-3.94	1	99.8
3.94-4.33	1	99
4.33-4.96	1	97.2
4.96-6.24	1	99.5
6.24-50	1	95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(Phaser-MR: 1.8.1_1168)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(Phaser-MR: 1.8.1_1168)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.9→28.514 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8054 / SU ML: 0.37 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 25.83 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2813	963	10.03 %	RANDOM
R_work	0.2317	-	-	-
obs	0.2368	9604	98.09 %	-
all	-	9794	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.77 Å² / B_iso mean: 54.8397 Å² / B_iso min: 34.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.9→28.514 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2502	0	0	0	2502

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2573
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.219	3500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.949	914
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.08	369
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	447

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.9001-3.0529	0.3252	132	0.2534	1205	97
3.0529-3.2439	0.3024	134	0.2358	1228	98
3.2439-3.494	0.2664	134	0.2232	1197	99
3.494-3.8448	0.2752	138	0.2273	1222	99
3.8448-4.3994	0.3002	135	0.2223	1253	99
4.3994-5.5361	0.283	145	0.2191	1233	98
5.5361-28.5154	0.2602	145	0.2505	1303	97

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 22.0691 Å / Origin y: -23.6701 Å / Origin z: 1.7491 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.5355 Å²	-0.1543 Å²	-0.0354 Å²	-	0.4342 Å²	-0.0234 Å²	-	-	0.3283 Å²
L	2.8732 °²	-0.2037 °²	-1.6042 °²	-	1.3155 °²	-0.3789 °²	-	-	2.168 °²
S	0.0563 Å °	0.0846 Å °	0.1225 Å °	-0.02 Å °	-0.0443 Å °	0.1775 Å °	-0.097 Å °	-0.0475 Å °	-0.0203 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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