PDB-4n6u: Adhiron: a stable and versatile peptide display scaffold - trunca...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n6u

タイトル

Adhiron: a stable and versatile peptide display scaffold - truncated adhiron

要素

Adhiron

キーワード

DE NOVO PROTEIN / protein scaffold / CONSENSUS PROTEIN

機能・相同性

Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

ARTIFICIAL GENE (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.251 Å

データ登録者

Mcpherson, M. / Tomlinson, D. / Owen, R.L. / Nettleship, J.E. / Owens, R.J.

引用

ジャーナル: Protein Eng.Des.Sel. / 年: 2014
タイトル: Adhiron: a stable and versatile peptide display scaffold for molecular recognition applications.
著者: Tiede, C. / Tang, A.A. / Deacon, S.E. / Mandal, U. / Nettleship, J.E. / Owen, R.L. / George, S.E. / Harrison, D.J. / Owens, R.J. / Tomlinson, D.C. / McPherson, M.J.

履歴

登録	2013年10月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n6u.cif.gz	45.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n6u.ent.gz	33.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n6tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n6t-d 2zvs-3 2w9p-3 5lc6-2 2w9p-11 2w9q-d 4j3e-d 6l0v-2 4jrg-1 4lwv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adhiron

9.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.373, 36.373, 59.243
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Adhiron 分子量: 9286.674 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARTIFICIAL GENE (人工物) / 遺伝子: PHYTOCYSTATIN / プラスミド: pET11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 280 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PACTpremier (D02), 0.1 M MMT System pH 5.0, 25.0% w/v Polyethylene Glycol 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→37 Å / Num. all: 3713 / Num. obs: 3709 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 33.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 339 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.251→36.373 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 25.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2477	324	4.64 %	random
R_work	0.1839	-	-	-
obs	0.1866	6985	97.22 %	-
all	-	6985	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.218 Å² / k_sol: 0.351 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.7118 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7118 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.4236 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.251→36.373 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	655	0	0	33	688

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	668
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.284	897
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.929	255
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	96
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	113

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2514-2.8364	0.3351	180	0.2551	3301	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8364-36.3777	0.2136	144	0.1601	3360	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.7712	2.2937	-1.3726	2.3076	0.1019	3.8431	-0.338	0.5714	0.215	-0.1799	0.3167	0.202	-0.1179	-0.3838	0.0802	0.2464	0.0013	-0.0167	0.3396	0.0963	0.2463	2.961	24.8928	-7.3724
2	5.3599	0.5091	-2.0963	4.7128	0.7263	6.6644	0.0124	-0.0794	0.0747	0.2774	-0.077	-0.337	0.1091	0.1122	-0.0697	0.2282	-0.0157	-0.0241	0.2349	0.0584	0.2629	7.2567	20.5703	-2.6964
3	7.8298	-3.1557	-6.6845	4.5539	4.0977	6.2929	-0.4928	0.5534	-0.5742	0.2449	-0.4504	0.1431	0.9094	-0.8306	0.6906	0.2722	-0.1001	0.0014	0.3059	-0.01	0.3019	5.6232	14.8622	-8.9636

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 32:62)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 63:96)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 97:110)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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