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- PDB-4n6r: Crystal structure of VosA-VelB-complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n6r
タイトルCrystal structure of VosA-VelB-complex
要素
  • VelB
  • VosA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/transcription / Ig-fold / transcription factor / DNA BINDING PROTEIN-transcription complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sterigmatocystin biosynthetic process / positive regulation of sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / sterigmatocystin biosynthetic process / negative regulation of conidium formation / conidium formation / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / trehalose biosynthetic process / cellular response to light stimulus / sporulation resulting in formation of a cellular spore / identical protein binding ...positive regulation of sterigmatocystin biosynthetic process / positive regulation of sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / sterigmatocystin biosynthetic process / negative regulation of conidium formation / conidium formation / sexual sporulation resulting in formation of a cellular spore / trehalose biosynthetic process / cellular response to light stimulus / sporulation resulting in formation of a cellular spore / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Velvet domain / Velvet factor / Velvet domain / Velvet domain superfamily / Velvet factor / Velvet domain profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spore development regulator vosA / Velvet complex subunit B / Velvet complex subunit B / Spore development regulator vosA
類似検索 - 構成要素
生物種Emericella nidulans (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ahmed, Y.L. / Dickmanns, A. / Neumann, P. / Ficner, R.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2013
タイトル: The Velvet Family of Fungal Regulators Contains a DNA-Binding Domain Structurally Similar to NF-kappa B.
著者: Ahmed, Y.L. / Gerke, J. / Park, H.S. / Bayram, O. / Neumann, P. / Ni, M. / Dickmanns, A. / Kim, S.C. / Yu, J.H. / Braus, G.H. / Ficner, R.
履歴
登録2013年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VosA
B: VelB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7513
ポリマ－63,6552
非ポリマー961
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3110 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.030, 56.750, 138.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 VosA


分子量: 22591.584 Da / 分子数: 1 / 断片: VELVET DOMAIN (UNP RESIDUES 1-190) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A0SP16, UniProt: Q5BBX1*PLUS
#2: タンパク質 VelB


分子量: 41063.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Emericella nidulans (カビ) / プラスミド: pETM13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) / 参照: UniProt: A5HMG5, UniProt: C8VTS4*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 4000, 150 mM (NH4)2SO4, 100 mM MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→37.142 Å / Num. all: 20664 / Num. obs: 20664 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 26.334 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.138 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.324.50.4651.61341829810.46598.3
2.32-2.464.50.3422.21288828710.34298.1
2.46-2.634.50.2652.91205726710.26597.8
2.63-2.844.50.1913.91125724930.19197.5
2.84-3.114.50.1335.61030322720.13397.1
3.11-3.484.60.0868.1947520810.08696.4
3.48-4.024.50.0847.8830618330.08496
4.02-4.924.50.0896.9695715440.08995.6
4.92-6.964.50.0816.7544912190.08194.8
6.96-38.3514.20.069.429156990.0692.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 53.41 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO / Packing: 0
最高解像度最低解像度
Rotation2.2 Å29.62 Å
Translation2.2 Å29.62 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
DNAデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4N6Q

4n6q


解像度: 2.2→36.954 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8712 / SU ML: 0.7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2456 1017 4.93 %RANDOM
Rwork0.19 ---
obs0.1926 20631 96.09 %-
all-20631 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.729 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 147.85 Å2 / Biso mean: 25.8134 Å2 / Biso min: 0.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9293 Å20 Å20 Å2
2--3.0579 Å20 Å2
3---5.0916 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.954 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2748 0 5 251 3004
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032855
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7373882
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003506
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.181066
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.3160.28441430.22022764290798
2.316-2.46110.29751460.21092821296798
2.4611-2.6510.26751420.20482778292097
2.651-2.91770.25771450.19922799294497
2.9177-3.33970.26231500.18422792294296
3.3397-4.20670.21921410.17012793293495
4.2067-36.95920.21231500.18612867301793
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7453-0.1003-0.19790.98040.24820.8439-0.0044-0.0912-0.11820.04770.01580.06110.146-0.0347-0.02780.0458-0.00950.00660.0140.01790.0482-0.7238-13.6919-21.9078
20.9861-0.05370.22011.03160.00890.93470.0164-0.15080.03540.110.0517-0.1068-0.07110.12520.42110.0045-0.034-0.0028-0.01220.0057-0.00115.416-2.0316-18.6137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN AA7 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN BB44 - 343

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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