PDB-4n6a: Soybean Serine Acetyltransferase Apoenzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n6a

タイトル

Soybean Serine Acetyltransferase Apoenzyme

要素

Serine Acetyltransferase Apoenzyme

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Yi, H. / Dey, S. / Kumaran, S. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Structure of soybean serine acetyltransferase and formation of the cysteine regulatory complex as a molecular chaperone.
著者: Yi, H. / Dey, S. / Kumaran, S. / Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.

履歴

登録	2013年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n6a.cif.gz	207.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n6a.ent.gz	167 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n6a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n6a_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n6a_full_validation.pdf.gz	451.9 KB	表示
XML形式データ	4n6a_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	4n6a_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n6/4n6a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n69C 4n6bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n69-1 4n69-2 6gyh-1 4w6y-1 2bm7-d 3mc4-2 1sst-d 6itx-1 3ol6-1 3vf4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (4) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

60.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

B: Serine Acetyltransferase Apoenzyme

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	110.868, 110.868, 144.011
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-603- HOH

#1: タンパク質	Serine Acetyltransferase Apoenzyme 分子量: 30401.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: I1KHY6, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE DISCREPANCIES ARE ARISING FROM THE DIFFERENT UNPROT SEQUENCE AND THE SPECIFIC CLONE USED FOR ...THE DISCREPANCIES ARE ARISING FROM THE DIFFERENT UNPROT SEQUENCE AND THE SPECIFIC CLONE USED FOR STRUCTURAL STUDIES

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.09 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月23日
放射	モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→24.98 Å / Num. all: 61256 / Num. obs: 58149 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.2_432)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→24.976 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.206	3308	5.07 %
R_work	0.18	-	-
obs	0.1813	58162	97.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.8946 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.8946 Å²	0 Å²
3-	-	-	-5.7892 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→24.976 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3619	0	5	411	4035

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	3797
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.022	5186
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.406	1361
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	607
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	669

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7496-1.7746	0.2945	154	0.273	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7746-1.801	0.2916	133	0.2682	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
1.801-1.8292	0.2902	153	0.2526	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8292-1.8592	0.2684	146	0.2381	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8592-1.8912	0.2567	141	0.2304	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8912-1.9256	0.2471	143	0.2191	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9256-1.9626	0.2722	138	0.2072	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9626-2.0026	0.208	143	0.1977	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0026-2.0462	0.2416	121	0.1903	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0462-2.0937	0.2122	141	0.1834	2611	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0937-2.1461	0.2115	133	0.1858	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1461-2.2041	0.2032	134	0.1827	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2041-2.2689	0.1869	152	0.1733	2635	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2689-2.3421	0.1964	139	0.1737	2605	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3421-2.4257	0.1998	127	0.1677	2644	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4257-2.5227	0.2052	148	0.1713	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5227-2.6374	0.2178	134	0.1678	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6374-2.7763	0.2028	133	0.1734	2610	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7763-2.95	0.1849	151	0.1704	2592	X-RAY DIFFRACTION	99
2.95-3.1774	0.1973	125	0.1693	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1774-3.4963	0.1965	150	0.1643	2568	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4963-4.0005	0.1738	122	0.1534	2511	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0005-5.0334	0.1859	143	0.162	2333	X-RAY DIFFRACTION	90
5.0334-24.9788	0.2482	104	0.2304	2066	X-RAY DIFFRACTION	78

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4934	-0.2483	0.1098	3.2263	1.1476	2.4728	-0.0446	0.2552	-0.1432	-0.076	0.1141	-0.5005	0.1866	0.5595	-0.1405	0.1746	0.0589	0.0359	0.3531	-0.0593	0.2964	-31.8735	22.1637	15.6027
2	2.0172	0.0151	-0.3448	2.143	0.5539	3.4633	-0.1266	0.094	-0.2281	-0.0851	0.1129	-0.0665	0.4321	-0.0279	-0.0216	0.2104	0.0099	0.008	0.1736	-0.0145	0.2252	-47.8683	16.2098	16.7387
3	3.672	2.4362	-1.977	6.875	-3.6674	7.2767	-0.2567	0.3222	-0.4634	-0.6014	0.1492	-0.6798	0.3679	0.3932	-0.024	0.3949	0.0657	0.0721	0.351	-0.1041	0.3283	-37.6067	13.7644	2.1395
4	2.6159	-0.5451	-0.2756	0.9656	0.8832	3.2907	-0.0824	0.2225	-0.1526	-0.3104	0.0422	-0.1349	0.0241	0.108	-0.0097	0.3195	-0.0047	0.0261	0.2557	-0.026	0.2055	-49.2245	18.0702	4.2735
5	2.89	-0.5479	0.2114	2.2885	-0.985	1.2986	0.1667	0.6574	0.1202	-0.231	-0.0585	0.2072	0.2664	-0.3702	-0.1587	0.3949	0.0217	0.0376	0.4912	-0.079	0.3496	-53.8149	18.2098	-9.2486
6	5.1669	-1.4053	0.1922	2.5516	-0.1664	3.5633	0.2738	1.2948	-0.0585	-0.6953	-0.0089	0.0611	0.9007	-0.2546	-0.1077	0.5496	0.078	-0.0031	0.7048	-0.0105	0.3387	-51.4811	17.4623	-17.9155
7	1.661	0.6214	-2.0022	2.3299	1.3317	4.4422	0.5966	1.1056	0.3317	-0.8789	-0.592	-0.0226	0.1437	-0.0295	-0.0852	0.7217	0.2328	0.1037	1.0612	0.0696	0.2898	-48.5605	19.9583	-23.5023
8	5.5769	2.0372	-2.0957	2.5276	-1.2536	2.7674	0.2846	-0.0354	0.7093	0.6363	0.0863	0.5946	-0.6977	-0.704	-0.1852	0.3708	0.1673	0.1502	0.4031	0.0078	0.4016	-24.3859	17.0161	-12.5787
9	1.1406	0.4497	-0.0144	2.242	0.223	2.4205	0.0623	0.0024	0.0685	0.1469	-0.0284	0.2632	0.0105	-0.2911	-0.0464	0.146	0.0201	0.0272	0.2246	-0.0006	0.2164	-16.844	3.7145	-18.1845
10	3.5577	1.8434	1.5514	5.4368	2.2895	6.3085	0.2095	-0.3975	0.4375	0.6114	-0.3324	0.7097	-0.0321	-0.5339	-0.0283	0.2837	0.0055	0.129	0.4162	-0.0295	0.3117	-24.6954	6.3229	-2.4777
11	2.1538	-0.9844	-0.552	3.6185	-0.4197	3.0106	0.0331	-0.1112	0.0194	0.393	-0.0509	0.1914	-0.0626	-0.2199	0.003	0.2662	-0.0169	0.0314	0.2756	0.0008	0.1839	-15.1376	-2.2247	-7.0198
12	2.8584	-0.7578	0.6202	2.5326	1.3468	3.148	-0.2038	-0.3744	-0.0996	0.2515	0.2892	-0.061	0.3909	0.0719	-0.1056	0.3819	0.0148	0.089	0.3928	0.0113	0.2842	-13.4988	-4.4545	6.4756
13	3.6481	-0.8777	-1.1263	3.5461	0.298	2.9258	-0.2339	-1.4886	-0.1294	0.9972	0.5468	-0.1381	0.412	-0.5555	-0.0686	0.6529	0.2085	0.019	0.8747	-0.0011	0.3044	-14.3083	-2.2732	20.0235

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 14:51 )	A	14 - 51
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 52:85 )	A	52 - 85
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 86:102 )	A	86 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 103:170 )	A	103 - 170
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 171:220 )	A	171 - 220
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 221:240 )	A	221 - 240
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 241:255 )	A	241 - 255
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 12:34 )	B	12 - 34
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 35:85 )	B	35 - 85
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 86:102 )	B	86 - 102
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 103:151 )	B	103 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 152:220 )	B	152 - 220
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 221:255 )	B	221 - 255

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)