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- PDB-4n5z: Crystal structure of aerosol transmissible influenza H5 hemagglut... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5z
タイトルCrystal structure of aerosol transmissible influenza H5 hemagglutinin mutant (N158D, N224K, Q226L and T318I) from the influenza virus A/Viet Nam/1203/2004 (H5N1)
要素
  • Hemagglutinin
  • Hemagglutinin HA1 chain
キーワードVIRAL PROTEIN / H5N1 / Influenza Virus / hemagglutinin / Ferret transmissible
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hemagglutinin / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9537 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Hemagglutinin Receptor Specificity and Structural Analyses of Respiratory Droplet-Transmissible H5N1 Viruses.
著者: de Vries, R.P. / Zhu, X. / McBride, R. / Rigter, A. / Hanson, A. / Zhong, G. / Hatta, M. / Xu, R. / Yu, W. / Kawaoka, Y. / de Haan, C.A. / Wilson, I.A. / Paulson, J.C.
履歴
登録2013年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
K: Hemagglutinin HA1 chain
M: Hemagglutinin HA1 chain
O: Hemagglutinin HA1 chain
Q: Hemagglutinin HA1 chain
S: Hemagglutinin HA1 chain
U: Hemagglutinin HA1 chain
W: Hemagglutinin HA1 chain
Y: Hemagglutinin HA1 chain
a: Hemagglutinin HA1 chain
c: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
N: Hemagglutinin
P: Hemagglutinin
R: Hemagglutinin
T: Hemagglutinin
V: Hemagglutinin
X: Hemagglutinin
Z: Hemagglutinin
b: Hemagglutinin
d: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)895,88960
ポリマ－882,63430
非ポリマー13,25530
水00
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin
H: Hemagglutinin
J: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,56012
ポリマ－176,5276
非ポリマー3,0336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28280 Å2
ΔGint-136 kcal/mol
Surface area62700 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
K: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
L: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,15312
ポリマ－176,5276
非ポリマー2,6266
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28700 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area62550 Å2
手法PISA
3
M: Hemagglutinin HA1 chain
O: Hemagglutinin HA1 chain
Q: Hemagglutinin HA1 chain
N: Hemagglutinin
P: Hemagglutinin
R: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,57813
ポリマ－176,5276
非ポリマー3,0517
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28640 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area62460 Å2
手法PISA
4
S: Hemagglutinin HA1 chain
U: Hemagglutinin HA1 chain
W: Hemagglutinin HA1 chain
T: Hemagglutinin
V: Hemagglutinin
X: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,56012
ポリマ－176,5276
非ポリマー3,0336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28780 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area62890 Å2
手法PISA
5
Y: Hemagglutinin HA1 chain
a: Hemagglutinin HA1 chain
c: Hemagglutinin HA1 chain
Z: Hemagglutinin
b: Hemagglutinin
d: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,03911
ポリマ－176,5276
非ポリマー1,5125
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28590 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area62810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.240, 118.943, 273.410
Angle α, β, γ (deg.)88.43, 89.68, 60.26
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 37961.168 Da / 分子数: 15 / 断片: receptor binding domain, HA1 / 変異: N158D, N224K, Q226L, T318I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004 / 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBAC-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6DQ33, UniProt: Q5EP31*PLUS
#2: タンパク質
Hemagglutinin


分子量: 20881.104 Da / 分子数: 15 / 断片: membrane fusion domain, HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004 / 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBAC-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6DQ33
#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M tris, pH 8.0, 0.2 M KF, 20% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.05876 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→50 Å / Num. obs: 236232 / % possible obs: 89.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.95→3.02 Å / % possible all: 77.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4N5Y

4n5y


解像度: 2.9537→47.749 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: throughtout / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 32.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2807 11846 5.02 %RANDOM
Rwork0.233 ---
obs0.2354 235905 87.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9537→47.749 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数60030 0 874 0 60904
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01162611
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45584691
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.33623380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0659153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00810979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9537-2.98720.43661130.37072214X-RAY DIFFRACTION26
2.9872-3.02240.43133510.37366398X-RAY DIFFRACTION76
3.0224-3.05920.43233350.36797075X-RAY DIFFRACTION82
3.0592-3.0980.40073830.34967010X-RAY DIFFRACTION83
3.098-3.13870.36523890.32427320X-RAY DIFFRACTION85
3.1387-3.18170.38594090.31287076X-RAY DIFFRACTION84
3.1817-3.22710.34823670.30347325X-RAY DIFFRACTION86
3.2271-3.27530.35233370.2997146X-RAY DIFFRACTION83
3.2753-3.32650.35993880.30167258X-RAY DIFFRACTION86
3.3265-3.3810.34533980.30277355X-RAY DIFFRACTION86
3.381-3.43930.32943610.31827347X-RAY DIFFRACTION86
3.4393-3.50180.37953840.28777051X-RAY DIFFRACTION83
3.5018-3.56910.31014160.26937365X-RAY DIFFRACTION87
3.5691-3.6420.31284050.26597556X-RAY DIFFRACTION89
3.642-3.72110.35944040.28337129X-RAY DIFFRACTION84
3.7211-3.80760.28794000.2617654X-RAY DIFFRACTION90
3.8076-3.90280.32554160.25887768X-RAY DIFFRACTION91
3.9028-4.00830.33353730.26227322X-RAY DIFFRACTION87
4.0083-4.12620.26434530.21037999X-RAY DIFFRACTION94
4.1262-4.25930.25994150.19988122X-RAY DIFFRACTION95
4.2593-4.41140.23433920.19178192X-RAY DIFFRACTION96
4.4114-4.58790.23854170.19058135X-RAY DIFFRACTION96
4.5879-4.79650.22934410.18248185X-RAY DIFFRACTION96
4.7965-5.04910.24764560.18868211X-RAY DIFFRACTION97
5.0491-5.36510.24333980.18128392X-RAY DIFFRACTION97
5.3651-5.77870.21774680.18668257X-RAY DIFFRACTION98
5.7787-6.3590.2494600.1978387X-RAY DIFFRACTION99
6.359-7.27640.23184510.19798390X-RAY DIFFRACTION99
7.2764-9.15690.22864340.19278407X-RAY DIFFRACTION98
9.1569-47.75480.2464320.22438013X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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