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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n5i | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of a C8-C4 Sn3 Inhibited Esterase B from Lactobacillus Rhamnosis | ||||||
要素 | Esterase/lipase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / alpha/beta Hydrolase Fold / Esterase/Lipase Transferase / Triacylglycerase / Hydrolysis | ||||||
機能・相同性 | Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / (2R)-2,3-dibutoxypropyl (R)-octylphosphinate / ACETATE ION / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Lactobacillus rhamnosus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Colbert, D.A. / Bennett, M.D. / Lun, D.J. / Loo, T.S. / Anderson, B.F. / Norris, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: TO BE PUBLISHED タイトル: Crystal Structure of a C8-C4 Sn3 Inhibited Esterase B from Lactobacillus Rhamnosis 著者: Colbert, D.A. / D Bennett, M. / J Lun, D. / S Loo, T. / F Anderson, B. / E Norris, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n5i.cif.gz | 84 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n5i.ent.gz | 61.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n5i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4n5i_validation.pdf.gz | 678.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4n5i_full_validation.pdf.gz | 679.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4n5i_validation.xml.gz | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4n5i_validation.cif.gz | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n5i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n5i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4n5hS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35794.027 Da / 分子数: 1 / 変異: V210A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Lactobacillus rhamnosus (バクテリア) 株: Lc 705 / 遺伝子: LC705_02872, LRH_10360 / プラスミド: pGEX_6P3_EstB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: C7TF14 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-2HD / ( | ||
#3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 1.0 M ammonium phosphate, 0.1 M TrisHCl, pH 7.2-8.5 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-002 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月28日 / 詳細: Capillary focusing optics and monochromator |
放射 | モノクロメーター: capillary focusing optics and monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→27.1 Å / Num. all: 23508 / Num. obs: 23508 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4.17 % / Biso Wilson estimate: 21.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.14 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2269 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4N5H 解像度: 2→27.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.665 / SU ML: 0.102 / Isotropic thermal model: Overall / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.402 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→27.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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