PDB-4n5c: Crystal structure of Ypp1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n5c

タイトル

Crystal structure of Ypp1

要素

Cargo-transport protein YPP1

キーワード

PROTEIN BINDING / HEAT-like repeat / component of Stt4 complex / Efr3 / Stt4 / Plasma membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

actin cortical patch / protein targeting to vacuole / receptor-mediated endocytosis / protein localization to plasma membrane / endosome / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / molecular replacement_SAD / 解像度: 3.25 Å

データ登録者

Wu, X. / Chi, R.J. / Baskin, J.M. / Lucast, L. / Burd, C.G. / De Camilli, P. / Reinisch, K.M.

引用

ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2014
タイトル: Structural insights into assembly and regulation of the plasma membrane phosphatidylinositol 4-kinase complex.
著者: Wu, X. / Chi, R.J. / Baskin, J.M. / Lucast, L. / Burd, C.G. / De Camilli, P. / Reinisch, K.M.

履歴

登録	2013年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	4n5aC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4723 4hod-2 6y1r-d 3usp-2 5kye-d 4rdh-d 6uki-d 4nqy-d 3f48-1 4mlb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Cargo-transport protein YPP1

B: Cargo-transport protein YPP1

C: Cargo-transport protein YPP1

D: Cargo-transport protein YPP1

E: Cargo-transport protein YPP1

F: Cargo-transport protein YPP1

G: Cargo-transport protein YPP1

H: Cargo-transport protein YPP1

756 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Cargo-transport protein YPP1

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7

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H: Cargo-transport protein YPP1

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単位格子

Length a, b, c (Å)	97.545, 136.650, 154.125
Angle α, β, γ (deg.)	76.69, 85.67, 72.74
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Cargo-transport protein YPP1 / Alpha-synuclein protective protein 1 分子量: 94439.352 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 11-731 and 742-817 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YPP1, YGR198W, G7594 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46951
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Cargo-transport protein YPP1 / Alpha-synuclein protective protein 1

分子量: 94439.352 Da / 分子数: 8 / 断片: residues 11-731 and 742-817 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: YPP1, YGR198W, G7594 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P46951

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.32 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 Bis-Tris propane [pH 7.5], 0.2 M sodium bromide, 19% PEG 3,350, and 20 mM taurine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日
放射	モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.25→25 Å / Num. all: 114807 / Num. obs: 114807 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.112
反射シェル	解像度: 3.25→3.37 Å / R_merge(I) obs: 0.582 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: molecular replacement_SAD / 解像度: 3.25→25 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2772	1970	1.72 %	Thin shell selection
R_work	0.2398	-	-	-
obs	0.2404	105216	98.69 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.25→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	48674	0	0	0	48674

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	49709
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.944	67178
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.307	18353
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	7465
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	8481

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.25-3.3311	0.3396	100	0.3209	8102	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3311-3.4209	0.3785	195	0.3129	7972	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4209-3.5214	0.3656	99	0.3093	8067	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5214-3.6347	0.3378	196	0.2961	8017	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6347-3.7642	0.3072	99	0.2767	8123	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7642-3.9144	0.3047	198	0.2656	7961	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9144-4.0918	0.3022	98	0.249	8114	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0918-4.3065	0.2528	99	0.233	8129	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3065-4.5748	0.2665	197	0.2094	7991	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5748-4.9256	0.2578	97	0.2084	8138	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9256-5.4168	0.2778	199	0.2299	8013	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4168-6.1903	0.3407	100	0.2604	8117	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1903-7.7608	0.2471	198	0.2383	7994	X-RAY DIFFRACTION	99
7.7608-25.1182	0.1837	95	0.1851	7985	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.9677	0.8742	-2.1898	3.4777	-1.1716	3.0495	-0.1235	-0.5967	-0.7385	0.4393	-0.1627	0.2241	0.3199	-0.0553	0.1893	0.3361	0.1088	0.0542	0.4144	0.1909	0.6536	21.8126	54.4191	87.0414
2	0.872	-0.1205	-0.1743	5.772	0.0266	0.7232	0.1522	-0.1312	-0.014	0.0775	-0.1754	0.3136	-0.0436	0.0487	0.0181	0.229	0.1058	-0.0558	0.386	-0.0301	0.2576	22.8206	83.8403	74.3089
3	1.6447	0.2189	-0.9443	1.6289	0.1717	4.0819	0.1347	0.1869	0.3287	-0.1761	-0.2165	-0.3897	-0.2531	0.634	0.0539	0.4368	0.0754	0.0779	0.5938	0.0897	0.4649	36.8377	100.5638	60.9598
4	5.0751	-0.739	-0.5032	2.5031	-0.5255	1.1537	-0.0701	-0.1456	-0.2995	0.4724	0.0587	0.4151	-0.0359	-0.0357	0.0378	0.6795	-0.0227	0.2343	0.2342	-0.0557	0.2815	50.2186	-9.3972	88.5732
5	2.9368	1.193	-0.889	5.0104	-0.0151	1.2989	0.0412	-0.1574	0.9123	0.2663	0.0831	0.5403	0.1788	0.0145	-0.1084	0.4575	-0.0585	0.0589	0.3319	-0.0835	0.5211	52.2296	18.5026	72.7495
6	3.9733	0.2127	-1.2961	1.2366	0.331	3.666	-0.1138	0.2388	1.1675	-0.0885	0.1494	0.0343	-0.4032	-0.2302	-0.0147	0.3772	-0.0184	0.0153	0.2647	0.0782	0.8392	66.7015	34.1552	58.4248
7	3.0956	1.3939	-0.4528	3.534	-0.0404	1.0146	-0.1748	0.2826	0.1383	-0.6893	0.1373	-0.4665	-0.1114	0.2277	0.0203	0.553	0.0437	0.1872	0.3629	0.0622	0.3904	9.2197	10.009	102.7224
8	3.6123	-2.6098	0.4791	3.7205	-0.2666	0.1958	-0.1875	0.0378	0.2196	-0.1716	0.0342	-0.1952	-0.0023	-0.0125	0.1156	0.3757	0.0132	-0.0094	0.2965	-0.0304	0.2126	-12.1323	28.3342	116.6175
9	2.6041	-0.0207	0.2179	0.9313	-0.8291	3.0404	-0.0616	-0.478	-0.0893	0.3952	0.0646	0.3873	0.357	-0.1982	-0.0059	0.6929	0.0298	0.136	0.4788	0.0061	0.5214	-33.6557	28.9564	130.1818
10	2.7576	1.3044	-0.3002	3.8646	-0.0271	2.2412	0.0596	0.1701	0.2628	-0.2567	0.0768	-0.4277	-0.1123	0.2499	-0.134	0.2424	0.1348	0.0429	0.3259	0.0276	0.4471	77.2477	74.9329	100.9242
11	4.4254	-2.7347	-0.448	2.8156	0.1431	0.0744	-0.16	0.0018	0.2189	0.1226	0.0522	-0.2531	0.1065	0.2013	0.0589	0.3267	0.0377	-0.0077	0.3558	-0.0353	0.2137	56.1723	92.8663	116.3331
12	3.5687	0.1063	-0.5231	1.5274	-1.4148	4.5583	0.127	-0.308	0.0681	0.2025	0.1726	0.3789	0.0507	-0.0007	-0.2879	0.402	-0.0265	0.0768	0.3204	-0.0287	0.3634	34.0283	92.5383	129.4186
13	3.0457	0.086	-0.7883	2.6731	-0.3093	2.7512	-0.1736	0.0826	0.1385	-0.1882	0.2724	-0.0723	-0.0869	0.1842	-0.0789	0.2702	-0.0494	-0.0681	0.1468	0.0773	0.5166	14.7331	60.4159	37.3981
14	1.7266	0.5968	-0.7921	3.3422	-1.2892	2.1638	-0.1447	0.1623	0.0693	-0.2312	0.154	-0.1525	0.5263	0.1053	-0.0004	0.4475	-0.0102	-0.1345	0.244	-0.0783	0.3418	10.3193	29.7704	36.4651
15	4.4047	0.4531	-0.1232	1.048	0.3724	1.55	-0.2297	-0.0282	-0.7492	0.049	0.3055	0.2598	0.9192	-0.4109	-0.0261	0.7423	-0.1898	-0.0096	0.4134	0.0494	0.5572	-6.1436	13.457	45.0894
16	3.893	-0.542	0.0825	2.4621	1.0071	2.7156	-0.4478	0.0867	0.1685	0.0183	0.4594	-0.421	-0.6165	0.3825	-0.0152	0.5729	-0.0838	0.079	0.2744	-0.1089	0.3826	45.5913	-5.5004	38.8311
17	2.7382	-0.8293	-0.0981	5.0231	-1.6819	2.0479	-0.0925	-0.2702	-0.3483	0.3118	0.1947	0.014	0.097	0.3223	-0.0729	0.222	0.0868	-0.0483	0.3386	-0.1026	0.2872	36.922	-35.8309	37.3475
18	3.9158	-0.7287	0.9578	1.937	-0.9302	3.2586	-0.2895	-1.1603	-1.2539	0.3379	0.3421	0.4992	0.7336	-0.5866	0.0055	0.4444	0.0648	0.0317	0.8048	0.3047	0.7982	18.4985	-50.9196	44.5838
19	3.3675	1.0361	-0.7245	3.0325	-1.0377	3.1184	-0.0241	0.3146	0.1039	-0.3601	0.2522	0.5904	-0.2243	-0.5079	-0.2051	0.4288	0.0453	-0.1755	0.4168	0.0957	0.4456	12.9653	9.5331	151.7946
20	3.1575	-0.8679	-0.6959	2.3925	0.7927	2.0137	-0.2105	0.4848	-0.4342	-0.5907	0.0521	0.0504	0.308	0.046	0.1837	0.4412	-0.0683	0.0033	0.3875	-0.1152	0.2694	40.8642	-4.5405	153.0169
21	2.5948	0.5843	-0.3522	2.4248	0.2232	3.4417	-0.2014	0.6331	-0.2582	-0.6508	-0.023	-0.5473	0.2919	0.6962	0.165	0.642	0.0456	0.2409	0.7066	-0.0999	0.7193	64.8562	-1.2166	146.1063
22	3.9154	0.6079	-0.4437	3.16	-0.157	1.7816	0.0758	-0.2802	-0.1203	-0.2663	-0.1875	0.8929	0.1266	-0.7107	0.1315	0.5251	-0.1055	-0.1014	0.7615	-0.1997	0.5096	-16.1138	77.4876	151.4233
23	2.2549	-1.8897	-1.3159	2.6826	1.3976	2.2615	0.0776	-0.4202	-0.5944	0.105	-0.1493	0.0993	0.5977	-0.0069	0.0582	0.5737	-0.1158	-0.1955	0.5119	0.2026	0.4811	10.2242	59.8005	152.429
24	2.7148	-0.4829	0.3001	3.0584	-0.169	2.5404	0.0518	-0.1982	-0.541	-0.5865	-0.0504	-0.196	0.1388	0.6482	-0.0289	0.546	0.0755	0.0035	0.6389	0.0969	0.4332	34.1315	61.7724	144.6632

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 14:375 )	A	14 - 375
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 376:585 )	A	376 - 585
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 586:817 )	A	586 - 817
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID 13:375 )	B	13 - 375
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 376:585 )	B	376 - 585
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 586:817 )	B	586 - 817
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN C AND RESID 14:375 )	C	14 - 375
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN C AND RESID 376:585 )	C	376 - 585
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 586:817 )	C	586 - 817
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 12:375 )	D	12 - 375
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN D AND RESID 376:585 )	D	376 - 585
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN D AND RESID 586:817 )	D	586 - 817
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN E AND RESID 14:375 )	E	14 - 375
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN E AND RESID 376:585 )	E	376 - 585
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN E AND RESID 586:817 )	E	586 - 817
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN F AND RESID 15:375 )	F	15 - 375
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN F AND RESID 376:585 )	F	376 - 585
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN F AND RESID 586:817 )	F	586 - 817
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN G AND RESID 14:375 )	G	14 - 375
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN G AND RESID 376:585 )	G	376 - 585
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN G AND RESID 586:817 )	G	586 - 817
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN H AND RESID 14:375 )	H	14 - 375
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN H AND RESID 376:585 )	H	376 - 585
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN H AND RESID 586:817 )	H	586 - 817

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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