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万見
- PDB-4n4w: Structure of the human smoothened receptor in complex with SANT-1. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n4w
タイトルStructure of the human smoothened receptor in complex with SANT-1.
要素Cytochrome b(562),Smoothened homolog
キーワードMembrane Protein / Transport Protein / Human smoothened receptor / antitumor agent / novel protein engineering / GPCR network / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance ...ventral midline determination / mesenchymal to epithelial transition involved in metanephric renal vesicle formation / response to inositol / regulation of heart morphogenesis / contact inhibition / negative regulation of hair follicle development / central nervous system neuron differentiation / 9+0 non-motile cilium / pancreas morphogenesis / regulation of somatic stem cell population maintenance / epithelial-mesenchymal cell signaling / myoblast migration / atrial septum morphogenesis / spinal cord dorsal/ventral patterning / determination of left/right asymmetry in lateral mesoderm / left/right axis specification / ciliary tip / Activation of SMO / patched binding / forebrain morphogenesis / type B pancreatic cell development / somite development / positive regulation of organ growth / dorsal/ventral neural tube patterning / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / smooth muscle tissue development / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / cellular response to cholesterol / thalamus development / cerebellar cortex morphogenesis / pattern specification process / mammary gland epithelial cell differentiation / dentate gyrus development / commissural neuron axon guidance / dopaminergic neuron differentiation / oxysterol binding / positive regulation of multicellular organism growth / positive regulation of smoothened signaling pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / cell fate specification / neural crest cell migration / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / negative regulation of DNA binding / anterior/posterior pattern specification / positive regulation of mesenchymal cell proliferation / ciliary membrane / hair follicle morphogenesis / midgut development / negative regulation of epithelial cell differentiation / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / protein kinase A catalytic subunit binding / heart looping / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of protein phosphorylation / neuroblast proliferation / vasculogenesis / Hedgehog 'off' state / skeletal muscle fiber development / homeostasis of number of cells within a tissue / centriole / protein sequestering activity / positive regulation of epithelial cell proliferation / central nervous system development / epithelial cell proliferation / astrocyte activation / electron transport chain / Hedgehog 'on' state / G protein-coupled receptor activity / multicellular organism growth / cerebral cortex development / positive regulation of protein import into nucleus / protein import into nucleus / osteoblast differentiation / endocytic vesicle membrane / late endosome / gene expression / in utero embryonic development / periplasmic space / electron transfer activity / protein stabilization / cilium / positive regulation of cell migration / iron ion binding / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / heme binding / dendrite / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain ...Smoothened, transmembrane domain / Smoothened, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / Cytochrome c/b562 / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-SNT / Soluble cytochrome b562 / Protein smoothened
類似検索 - 構成要素
生物種Shigella flexneri 5 str. 8401 (フレクスナー赤痢菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wang, C. / Wu, H. / Han, G.W. / Cherezov, V. / Stevens, R.C. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Structural basis for Smoothened receptor modulation and chemoresistance to anticancer drugs.
著者: Wang, C. / Wu, H. / Evron, T. / Vardy, E. / Han, G.W. / Huang, X.P. / Hufeisen, S.J. / Mangano, T.J. / Urban, D.J. / Katritch, V. / Cherezov, V. / Caron, M.G. / Roth, B.L. / Stevens, R.C.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月30日Group: Database references
改定 1.22017年6月7日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome b(562),Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3879
ポリマ－53,1211
非ポリマー2,2668
水1448
1
A: Cytochrome b(562),Smoothened homolog
ヘテロ分子

A: Cytochrome b(562),Smoothened homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,77518
ポリマ－106,2422
非ポリマー4,53316
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area4420 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area46260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.640, 110.880, 145.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-606-

ZN

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cytochrome b(562),Smoothened homolog / SMO / Protein Gx


分子量: 53121.004 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 190-555 / 変異: M29W, H124I, R128L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Shigella flexneri 5 str. 8401 (フレクスナー赤痢菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
株: 8401 / 遺伝子: cybC, SFV_4255, SMO, SMOH / プラスミド: pFASTBAC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): sf9 / 参照: UniProt: Q0SXH8, UniProt: Q99835
#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 15分子

#3: 化合物 ChemComp-SNT / (E)-N-(4-benzylpiperazin-1-yl)-1-(3,5-dimethyl-1-phenyl-1H-pyrazol-4-yl)methanimine / SANT-1 / SANT-1


分子量: 373.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N5
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 6.9
詳細: NH4F 150mM, HEPES PH 6.9 100mM, PEG 400 27%, Jeffamine 2.5%, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 16010 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 77.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.641 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 1526 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceIceデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JKV

4jkv


解像度: 2.8→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9342 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9077 / SU R Cruickshank DPI: 1.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2533 776 4.85 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.2066 15986 93.05 %-
原子変位パラメータBiso mean: 81.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.512 Å20 Å20 Å2
2---6.4401 Å20 Å2
3---12.9521 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.415 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3551 0 129 8 3688
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013794HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.085157HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1697SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes75HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes547HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3794HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.54
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.45
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion498SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4652SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.99 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3188 144 5.54 %
Rwork0.2191 2454 -
all0.2243 2598 -
obs--93.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.942.4672-0.12018.2003-2.1124.01180.13030.1285-0.2445-0.2352-0.0555-0.03480.338-0.2673-0.0748-0.03830.0029-0.095-0.0304-0.0208-0.2776-12.2216-50.7429-37.6558
21.09470.14220.12940.71570.87696.1582-0.07620.07170.0287-0.14740.04420.0748-0.35110.39770.032-0.15880.01040.05820.08440.0453-0.304-14.7527-23.2528-4.8813
30-0.1413-0.15560-0.73410-0.0038-0.00370.0020.0092-0.02080.00430.00020.00170.0247-0.0247-0.04430.06090.04130.0437-0.0171-30.409-20.6131-44.7856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|-2 - 106 }A-2 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|190 - 553 }A190 - 553
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|601 - 604 }A601 - 604

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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