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万見
- PDB-4n4m: Kuenenia stuttgartiensis hydroxylamine oxidoreductase soaked in p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n4m
タイトルKuenenia stuttgartiensis hydroxylamine oxidoreductase soaked in phenyl hydrazine
要素hydroxylamine oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / C-type cytochrome
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxylamine oxidase / anaerobic respiration, using ammonium as electron donor / hydroxylamine oxidoreductase activity / anammoxosome / protein homotrimerization / nitric oxide biosynthetic process / heme binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxylamine oxidase / Seven times multi-haem cytochrome CxxCH / Multiheme cytochrome superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / 1-PHENYLHYDRAZINE / PHOSPHATE ION / Hydroxylamine oxidoreductase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Maalcke, W.J. / Dietl, A. / Marritt, S.J. / Butt, J.N. / Jetten, M.S.M. / Keltjens, J.T. / Barends, T.R.M.B. / Kartal, B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of Biological NO Generation by Octaheme Oxidoreductases.
著者: Maalcke, W.J. / Dietl, A. / Marritt, S.J. / Butt, J.N. / Jetten, M.S. / Keltjens, J.T. / Barends, T.R. / Kartal, B.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月15日Group: Database references
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 2.02021年3月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年2月28日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hydroxylamine oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,41421
ポリマ－56,5441
非ポリマー5,87120
水4,828268
1
A: hydroxylamine oxidoreductase
ヘテロ分子

A: hydroxylamine oxidoreductase
ヘテロ分子

A: hydroxylamine oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,24263
ポリマ－169,6313
非ポリマー17,61260
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_454-z-1/2,-x,y-1/21
crystal symmetry operation10_554-y,z+1/2,-x-1/21
Buried area59260 Å2
ΔGint-716 kcal/mol
Surface area47430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.260, 130.260, 130.260
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-603-

PO4

21A-603-

PO4

31A-815-

HOH

詳細Covalent trimer confirmed by SDS-PAGE, analytical ultracentrifugation, and gel filtration

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 hydroxylamine oxidoreductase / Similar to hydroxylamine oxidoreductase hao


分子量: 56543.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Candidatus Kuenenia stuttgartiensis (バクテリア)
参照: UniProt: Q1PX48, hydroxylamine oxidase

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非ポリマー , 5種, 288分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PHZ / 1-PHENYLHYDRAZINE / phenyldiazane / フェニルヒドラジン


分子量: 108.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8N2
#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 268 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.3 M ammonium sulfate, 0.05-0.10 M sodium phosphate, pH 7.4, detergent additive cyclohexylbutanoyl-N-hydroxyethylglucamide (C-HEGA-10), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月11日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→46.05 Å / Num. all: 41094 / Num. obs: 41094 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 18
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / Rmerge(I) obs: 0.455 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HEIDIデータ収集
REFMAC5.5.010精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.5.010位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4N4J

4n4j


解像度: 2.1→46.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.674 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19694 2070 4.8 %RANDOM
Rwork0.17981 ---
all0.18064 41094 --
obs0.18064 41094 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.645 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3921 0 398 268 4587
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224523
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0422.1786181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.0057137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8675495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.64823.668199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.62315662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4731524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2549
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02876
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3821.52456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0561.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.72423934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.92832067
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.4224.52247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.256 162 -
Rwork0.228 2963 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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