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- PDB-4n36: Structure of langerin CRD I313 D288 complexed with Me-GlcNAc -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n36
タイトルStructure of langerin CRD I313 D288 complexed with Me-GlcNAc
要素C-type lectin domain family 4 member K
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / CRD carbohydrate complex / carbohydrate-recognition domain / C-type lectin on Langerhans cells / Carbohydrate/Sugar Binding / receptor on Langerhans cells
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / endocytic vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / early endosome membrane / carbohydrate binding / defense response to virus / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / : / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2F8 / C-type lectin domain family 4 member K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Feinberg, H. / Rowntree, T.J.W. / Tan, S.L.W. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Common polymorphisms in human langerin change specificity for glycan ligands.
著者: Feinberg, H. / Rowntree, T.J. / Tan, S.L. / Drickamer, K. / Weis, W.I. / Taylor, M.E.
履歴
登録2013年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member K
B: C-type lectin domain family 4 member K
C: C-type lectin domain family 4 member K
D: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,37513
ポリマ－62,2494
非ポリマー1,1269
水9,800544
1
A: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8383
ポリマ－15,5621
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8383
ポリマ－15,5621
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8383
ポリマ－15,5621
非ポリマー2752
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8624
ポリマ－15,5621
非ポリマー3003
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: C-type lectin domain family 4 member K
C: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6756
ポリマ－31,1252
非ポリマー5514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
6
B: C-type lectin domain family 4 member K
D: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7007
ポリマ－31,1252
非ポリマー5755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area12520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.550, 79.550, 89.880
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number77
Space group name H-MP42
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-403-

MG

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要素

#1: タンパク質
C-type lectin domain family 4 member K / Langerin


分子量: 15562.339 Da / 分子数: 4 / 断片: carbohydrate recognition domain / 変異: K313I, N288D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD207, CLEC4K / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJ71
#2: 糖
ChemComp-2F8 / methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / methyl 2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucopyranoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-D-glucoside / methyl 2-acetamido-2-deoxy-glucoside / メチル2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 235.234 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAc[1Me]aCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
1-methyl-N-acetyl-a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 544 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Protein solution: 2.3-4.0 mg/mL langerin, 2.5 mM CaCl2, 10-100 mM Tris (pH 8.0), 25 mM NaCl and 50mM MeGlcNAc. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.1-0.2 M MgCl2, and 20- ...詳細: Protein solution: 2.3-4.0 mg/mL langerin, 2.5 mM CaCl2, 10-100 mM Tris (pH 8.0), 25 mM NaCl and 50mM MeGlcNAc. The reservoir solution contained 0.1 M HEPES (pH 7.0), 0.1-0.2 M MgCl2, and 20-35% polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月7日
放射モノクロメーター: NA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→39.13 Å / Num. obs: 47327 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 21.47 Å2 / Rsym value: 0.036 / Net I/σ(I): 23.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.85-1.953.80.2323.42621868430.23298.5
1.95-2.073.80.1475.32493465320.14799.6
2.07-2.213.70.1027.62280261570.10299.4
2.21-2.393.90.07710.22216056990.07799.6
2.39-2.623.70.055141941152580.05599
2.62-2.933.90.04118.51872247860.04199.6
2.93-3.383.70.02626.71535641790.02698.9
3.38-4.143.80.01933.81369535860.01999.4
4.14-5.853.60.01834.1991127390.01898.6
5.85-39.1283.70.01824.9567415480.01898.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.16データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-IceIceデータ収集
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: pdb entry 3P5G

3p5g


解像度: 1.85→39.13 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8596 / SU ML: 0.22 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2139 2407 5.09 %
Rwork0.1698 --
obs0.172 47301 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.73 Å2 / Biso mean: 21.7 Å2 / Biso min: 7.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→39.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4181 0 69 544 4794
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0074495
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1146069
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4811567
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8503-1.8880.25251420.22042541268396
1.888-1.92910.27161460.218426382784100
1.9291-1.9740.26171620.205626462808100
1.974-2.02330.2411430.194826272770100
2.0233-2.0780.22141580.18822624278299
2.078-2.13920.24751380.18572637277599
2.1392-2.20820.24431370.17972668280599
2.2082-2.28710.2391480.18626242772100
2.2871-2.37870.22481520.18592607275999
2.3787-2.48690.2421250.186926902815100
2.4869-2.6180.23831450.17452621276698
2.618-2.7820.23231340.181926452779100
2.782-2.99670.23761170.182726722789100
2.9967-3.29820.21311470.17242636278399
3.2982-3.77510.17721190.15122687280699
3.7751-4.75490.15951480.129526532801100
4.7549-39.13680.20031460.15612678282498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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