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- PDB-4n2p: Structure of Archease from Pyrococcus horikoshii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n2p
タイトルStructure of Archease from Pyrococcus horikoshii
要素Protein archease
キーワードCHAPERONE / METAL COORDINATION / RNA LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Archease, archaea / Archease, Possible Chaperone; Chain: A; domain 1 / Archease domain / Archease / Archease domain / Archease domain superfamily / Archease protein family (MTH1598/TM1083) / 3-Layer(bab) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein archease
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus horikoshii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.435 Å
データ登録者Desai, K.K. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Raines, R.T.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: A tRNA splicing operon: Archease endows RtcB with dual GTP/ATP cofactor specificity and accelerates RNA ligation.
著者: Desai, K.K. / Cheng, C.L. / Bingman, C.A. / Phillips Jr., G.N. / Raines, R.T.
履歴
登録2013年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月30日Group: Database references
改定 1.22020年9月23日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.name / _citation_author.name ..._audit_author.name / _citation_author.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein archease
B: Protein archease
C: Protein archease
D: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,50712
ポリマ－67,8964
非ポリマー6128
水15,817878
1
A: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1324
ポリマ－16,9741
非ポリマー1583
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2103
ポリマ－16,9741
非ポリマー2362
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0142
ポリマ－16,9741
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1513
ポリマ－16,9741
非ポリマー1772
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Protein archease
B: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3427
ポリマ－33,9482
非ポリマー3955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3750 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area14170 Å2
手法PISA
6
C: Protein archease
D: Protein archease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1655
ポリマ－33,9482
非ポリマー2173
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area14240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.219, 55.386, 87.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.13, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein archease


分子量: 16973.910 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: synthetic gene codon optimized for E. coli, Integrated DNA Technologies
由来: (組換発現) Pyrococcus horikoshii (古細菌)
株: ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3
遺伝子: PH1536 / プラスミド: pQE70-lacI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: O59205
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 878 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: Sodium Acetate 0.1 M, 40% MPD, CaCl2 10 mM, MgCl2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.435→43.95 Å / Num. all: 118858 / Num. obs: 118858 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 12.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.42
反射 シェル解像度: 1.435→1.487 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.777 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 94.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
ARP/wARPモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.435→43.946 Å / SU ML: 0.1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.01 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1787 1952 1.69 %
Rwork0.1426 --
obs0.1431 114876 86.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.435→43.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4728 0 38 878 5644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.256643
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4631894
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076716
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4352-1.45410.2303760.18563523X-RAY DIFFRACTION38
1.4541-1.4740.2034890.17514845X-RAY DIFFRACTION52
1.474-1.49510.2186820.1615420X-RAY DIFFRACTION58
1.4951-1.51740.22141140.15356030X-RAY DIFFRACTION65
1.5174-1.54110.1511130.14386421X-RAY DIFFRACTION69
1.5411-1.56640.19041200.14236948X-RAY DIFFRACTION75
1.5664-1.59340.19251040.14347351X-RAY DIFFRACTION79
1.5934-1.62240.17151640.14017742X-RAY DIFFRACTION83
1.6224-1.65360.1961400.13998025X-RAY DIFFRACTION86
1.6536-1.68740.1951160.14068472X-RAY DIFFRACTION91
1.6874-1.7240.19281340.1428756X-RAY DIFFRACTION93
1.724-1.76420.19371920.13828751X-RAY DIFFRACTION95
1.7642-1.80830.16851680.13358902X-RAY DIFFRACTION95
1.8083-1.85720.17071230.12948979X-RAY DIFFRACTION96
1.8572-1.91180.16311180.13319002X-RAY DIFFRACTION96
1.9118-1.97350.17741980.13128977X-RAY DIFFRACTION97
1.9735-2.04410.16622000.1278976X-RAY DIFFRACTION97
2.0441-2.12590.15151510.12659100X-RAY DIFFRACTION97
2.1259-2.22260.1493510.12549162X-RAY DIFFRACTION98
2.2226-2.33980.16751920.12689099X-RAY DIFFRACTION98
2.3398-2.48640.15081900.13599095X-RAY DIFFRACTION98
2.4864-2.67840.17421960.14569134X-RAY DIFFRACTION98
2.6784-2.94780.19531130.1549247X-RAY DIFFRACTION99
2.9478-3.37430.2072830.14979281X-RAY DIFFRACTION99
3.3743-4.25070.18011920.13869231X-RAY DIFFRACTION99
4.2507-43.96680.19391800.16999135X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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