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- PDB-2mj7: Solution NMR structure of beta-adaptin appendage domain of human ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mj7
タイトルSolution NMR structure of beta-adaptin appendage domain of human adaptor protein complex 4 subunit beta, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8998C
要素AP-4 complex subunit beta-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / NESG / PSI-Biology / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to somatodendritic compartment / cytoplasmic side of trans-Golgi network transport vesicle membrane / AP-4 adaptor complex / clathrin adaptor complex / clathrin binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein targeting / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network membrane ...protein localization to somatodendritic compartment / cytoplasmic side of trans-Golgi network transport vesicle membrane / AP-4 adaptor complex / clathrin adaptor complex / clathrin binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / protein targeting / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network membrane / endosome lumen / intracellular protein transport / trans-Golgi network / intracellular protein localization / cytosol
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily ...TATA-Binding Protein / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / TATA-Binding Protein / TBP domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AP-4 complex subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Eletsky, A. / Rotshteyn, D.J. / Pederson, K. / Shastry, R. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. ...Eletsky, A. / Rotshteyn, D.J. / Pederson, K. / Shastry, R. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Szyperski, T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of beta-adaptin appendage domain of human adaptor protein complex 4 subunit beta, Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR8998C
著者: Eletsky, A. / Rotshteyn, D.J. / Pederson, K. / Shastry, R. / Maglaqui, M. / Janjua, H. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Szyperski, T.
履歴
登録2013年12月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-4 complex subunit beta-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0041
ポリマ－16,0041
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 AP-4 complex subunit beta-1 / AP-4 adapter complex subunit beta / Adapter-related protein complex 4 subunit beta-1 / Beta subunit ...AP-4 adapter complex subunit beta / Adapter-related protein complex 4 subunit beta-1 / Beta subunit of AP-4 / Beta4-adaptin


分子量: 16004.169 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 610-739 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AP4B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMgK / 参照: UniProt: Q9Y6B7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-15N HSQC
1242D 1H-13C HSQC aliphatic
1343D HNCO
1443D CBCA(CO)NH
1543D HN(CA)CB
1643D HN(CA)CO
1743D simutaneous 13C-aromatic,13C-aliphatic,15N edited 1H-1H NOESY
1842D 1H-13C HSQC aromatic
1943D HBHA(CO)NH
11043D HA(CO)NH
11143D HNCA
11243D (H)CCH-TOCSY aliphatic
11343D (H)CCH-COSY aliphatic
11443D (H)CCH-COSY aromatic
11532D 1H-15N long-range HSQC
21632D 1H-15N HSQC
31732D 1H-15N HSQC
41832D 1H-15N HSQC
51932D 1H-15N HSQC
62032D 1H-15N HSQC
12132D 1H-15N HSQC
22222D 1H-15N J-MODULATED HSQC
22322D 1H-15N J-MODULATED HSQC
22422D 1H-15N J-MODULATED HSQC
12512D 1H-13C CT-HSQC methyl

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM HR8998C NC5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.2 mM HR8998C NC5, 4% PEG/hexanol, 80% H2O/20% D2O80% H2O/20% D2O
30.2 mM HR8998C NC5, Pf1 phage, 80% H2O/20% D2O80% H2O/20% D2O
40.2 mM HR8998C NC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Agilent DD2AgilentDD26002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrichgeometry optimization
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AS-DP1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
AutoAssign2.3.0Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XEASYBartels et al.データ解析
PROSA6.4Guntert解析
VnmrJVariancollection
SparkyGoddardデータ解析
TALOSNShen, Cornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
CARA1.8.4Keller and Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4Keller and Wuthrichpeak picking
PSVS1.5Bhattacharya, Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure determination was performed by running CYANA and ASDP in parallel using NOE-based constraints. Consensus peak assignments were selected and used in iterative refinement with CYANA, ...詳細: Structure determination was performed by running CYANA and ASDP in parallel using NOE-based constraints. Consensus peak assignments were selected and used in iterative refinement with CYANA, with PHI, PSI and CHI1 dihedral angle constraints from TALOSN, as well as RDC constraints from two alignment media added at later stages. The 20 conformers out of 100 with the lowest target function were further refined by simulated annealing in explicit water bath using the program CNS with PARAM19 force field.
NMR constraintsNOE constraints total: 1702 / NOE intraresidue total count: 435 / NOE long range total count: 512 / NOE medium range total count: 275 / NOE sequential total count: 438 / Hydrogen bond constraints total count: 504 / Protein chi angle constraints total count: 49 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 104 / Protein psi angle constraints total count: 104
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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