PDB-4n2o: Structure of a novel autonomous cohesin protein from Ruminococcus...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n2o

タイトル

Structure of a novel autonomous cohesin protein from Ruminococcus flavefaciens

要素

Autonomous cohesin

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Nine-stranded beta sandwich / cohesin / Dockerin

機能・相同性

Immunoglobulin-like - #680 / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Autonomous cohesin

機能・相同性情報

生物種

Ruminococcus flavefaciens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.442 Å

データ登録者

Frolow, F. / Voronov-Goldman, M. / Levy-Assaraf, M. / Lamed, R. / Bayer, E. / Shimon, L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structural characterization of a novel autonomous cohesin from Ruminococcus flavefaciens.
著者: Voronov-Goldman, M. / Levy-Assaraf, M. / Yaniv, O. / Wisserman, G. / Jindou, S. / Borovok, I. / Bayer, E.A. / Lamed, R. / Shimon, L.J. / Frolow, F.

履歴

登録	2013年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月14日	Group: Database references
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n2o.cif.gz	615.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n2o.ent.gz	517.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n2o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n2o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zz6-d 6th0-1 5zyh-d 7d2o-d 3v70-1 5x07-4 5mr7-1 1mzw-d 6yts-d 5ur3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Autonomous cohesin

B: Autonomous cohesin

C: Autonomous cohesin

D: Autonomous cohesin

E: Autonomous cohesin

F: Autonomous cohesin

G: Autonomous cohesin

H: Autonomous cohesin

ヘテロ分子

183 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Autonomous cohesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Autonomous cohesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Autonomous cohesin

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Autonomous cohesin

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Autonomous cohesin

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Autonomous cohesin

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Autonomous cohesin

登録者が定義した集合体
22.8 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Autonomous cohesin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.9 kDa, 1 ポリマー
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9

A: Autonomous cohesin

B: Autonomous cohesin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.8 kDa, 2 ポリマー
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10

C: Autonomous cohesin

D: Autonomous cohesin

ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 2 ポリマー
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11

E: Autonomous cohesin

F: Autonomous cohesin

ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 2 ポリマー
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12

G: Autonomous cohesin

H: Autonomous cohesin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
45.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	116.240, 67.726, 258.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-440- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	GLU	GLU	A	A	4 - 195	4 - 195
2	1	SER	SER	GLU	GLU	B	B	4 - 195	4 - 195
1	2	ALA	ALA	GLU	GLU	A	A	8 - 195	8 - 195
2	2	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	8 - 195	8 - 195
1	3	SER	SER	GLU	GLU	A	A	4 - 193	4 - 193
2	3	SER	SER	GLU	GLU	D	D	4 - 193	4 - 193
1	4	VAL	VAL	LEU	LEU	A	A	6 - 194	6 - 194
2	4	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	6 - 194	6 - 194
1	5	THR	THR	GLU	GLU	A	A	7 - 195	7 - 195
2	5	THR	THR	GLU	GLU	F	F	7 - 195	7 - 195
1	6	SER	SER	GLU	GLU	A	A	5 - 195	5 - 195
2	6	SER	SER	GLU	GLU	G	G	5 - 195	5 - 195
1	7	VAL	VAL	GLU	GLU	A	A	6 - 195	6 - 195
2	7	VAL	VAL	GLU	GLU	H	H	6 - 195	6 - 195
1	8	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	8 - 195	8 - 195
2	8	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	8 - 195	8 - 195
1	9	SER	SER	GLU	GLU	B	B	4 - 193	4 - 193
2	9	SER	SER	GLU	GLU	D	D	4 - 193	4 - 193
1	10	VAL	VAL	LEU	LEU	B	B	6 - 194	6 - 194
2	10	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	6 - 194	6 - 194
1	11	THR	THR	GLU	GLU	B	B	7 - 195	7 - 195
2	11	THR	THR	GLU	GLU	F	F	7 - 195	7 - 195
1	12	SER	SER	GLU	GLU	B	B	5 - 195	5 - 195
2	12	SER	SER	GLU	GLU	G	G	5 - 195	5 - 195
1	13	VAL	VAL	GLU	GLU	B	B	6 - 195	6 - 195
2	13	VAL	VAL	GLU	GLU	H	H	6 - 195	6 - 195
1	14	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	8 - 193	8 - 193
2	14	ALA	ALA	GLU	GLU	D	D	8 - 193	8 - 193
1	15	ALA	ALA	LEU	LEU	C	C	8 - 194	8 - 194
2	15	ALA	ALA	LEU	LEU	E	E	8 - 194	8 - 194
1	16	ALA	ALA	HIS	HIS	C	C	8 - 196	8 - 196
2	16	ALA	ALA	HIS	HIS	F	F	8 - 196	8 - 196
1	17	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	8 - 195	8 - 195
2	17	ALA	ALA	GLU	GLU	G	G	8 - 195	8 - 195
1	18	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	8 - 195	8 - 195
2	18	ALA	ALA	GLU	GLU	H	H	8 - 195	8 - 195
1	19	VAL	VAL	GLU	GLU	D	D	6 - 193	6 - 193
2	19	VAL	VAL	GLU	GLU	E	E	6 - 193	6 - 193
1	20	THR	THR	GLU	GLU	D	D	7 - 193	7 - 193
2	20	THR	THR	GLU	GLU	F	F	7 - 193	7 - 193
1	21	SER	SER	GLU	GLU	D	D	5 - 193	5 - 193
2	21	SER	SER	GLU	GLU	G	G	5 - 193	5 - 193
1	22	VAL	VAL	GLU	GLU	D	D	6 - 193	6 - 193
2	22	VAL	VAL	GLU	GLU	H	H	6 - 193	6 - 193
1	23	THR	THR	LEU	LEU	E	E	7 - 194	7 - 194
2	23	THR	THR	LEU	LEU	F	F	7 - 194	7 - 194
1	24	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	6 - 194	6 - 194
2	24	VAL	VAL	LEU	LEU	G	G	6 - 194	6 - 194
1	25	VAL	VAL	LEU	LEU	E	E	6 - 194	6 - 194
2	25	VAL	VAL	LEU	LEU	H	H	6 - 194	6 - 194
1	26	THR	THR	GLU	GLU	F	F	7 - 195	7 - 195
2	26	THR	THR	GLU	GLU	G	G	7 - 195	7 - 195
1	27	THR	THR	GLU	GLU	F	F	7 - 195	7 - 195
2	27	THR	THR	GLU	GLU	H	H	7 - 195	7 - 195
1	28	VAL	VAL	GLU	GLU	G	G	6 - 195	6 - 195
2	28	VAL	VAL	GLU	GLU	H	H	6 - 195	6 - 195

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Autonomous cohesin 分子量: 22845.656 Da / 分子数: 8 / 断片: RfCohG module residue numbers 26-218 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens (バクテリア) 株: FD-1 / プラスミド: pET28(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W5IDC3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 9 ul drop containing 2 ul of SeMet-RfCohG-CH solution (13mg/ml) and 7 ul reservoir solution (0.1 M Sodium Acetate pH 5 and 6% w/v Polyethylene glycol 4000), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月10日 / 詳細: mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.44→22.77 Å / Num. all: 72856 / Num. obs: 72856 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.14 / R_sym value: 0.13 / Net I/σ(I): 24

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
X-QUBE		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.442→22.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 18.104 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.404 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22889	3678	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20537	-	-	-
obs	0.2066	69119	96.81 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.92 Å²	0 Å²	0.21 Å²
2-	-	-1.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.442→22.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11858	0	4	383	12245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	12143
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	11088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.529	1.976	16488
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.166	3	25680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.291	5	1703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.031	26.547	585
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.351	15	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.68	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	15257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.809	1.984	6147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.799	1.984	6146
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.21	2.961	7675
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.532	2.356	5996
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10908	0.07
1	2	B	10908	0.07
2	1	A	10486	0.09
2	2	C	10486	0.09
3	1	A	10442	0.09
3	2	D	10442	0.09
4	1	A	10476	0.1
4	2	E	10476	0.1
5	1	A	10482	0.1
5	2	F	10482	0.1
6	1	A	10819	0.07
6	2	G	10819	0.07
7	1	A	10714	0.07
7	2	H	10714	0.07
8	1	B	10356	0.1
8	2	C	10356	0.1
9	1	B	10676	0.09
9	2	D	10676	0.09
10	1	B	10698	0.09
10	2	E	10698	0.09
11	1	B	10479	0.1
11	2	F	10479	0.1
12	1	B	10821	0.08
12	2	G	10821	0.08
13	1	B	10984	0.07
13	2	H	10984	0.07
14	1	C	10242	0.1
14	2	D	10242	0.1
15	1	C	10334	0.11
15	2	E	10334	0.11
16	1	C	10363	0.11
16	2	F	10363	0.11
17	1	C	10390	0.1
17	2	G	10390	0.1
18	1	C	10267	0.1
18	2	H	10267	0.1
19	1	D	10664	0.09
19	2	E	10664	0.09
20	1	D	10093	0.11
20	2	F	10093	0.11
21	1	D	10345	0.1
21	2	G	10345	0.1
22	1	D	10402	0.09
22	2	H	10402	0.09
23	1	E	10167	0.11
23	2	F	10167	0.11
24	1	E	10298	0.11
24	2	G	10298	0.11
25	1	E	10462	0.1
25	2	H	10462	0.1
26	1	F	10520	0.09
26	2	G	10520	0.09
27	1	F	10505	0.1
27	2	H	10505	0.1
28	1	G	10795	0.08
28	2	H	10795	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.442→2.505 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	183	-
R_work	0.301	3499	-
obs	-	-	65.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0257	0.2735	-0.6188	1.5275	-0.731	1.8283	-0.0718	0.0043	-0.0672	0.0114	-0.0131	-0.0816	-0.0397	0.1003	0.0849	0.1876	0.0096	-0.0189	0.1886	-0.0096	0.0105	11.645	-0.413	127.256
2	2.4384	0.0564	-0.991	1.473	0.2033	1.681	-0.1511	0.1058	-0.2021	-0.075	0.0344	-0.0455	0.1294	-0.0588	0.1167	0.2798	-0.0482	0.0125	0.2109	-0.0415	0.0244	10.67	-9.631	102.531
3	1.7047	0.2143	-0.6504	1.8237	0.589	2.5163	-0.073	0.3444	0.0592	-0.4672	-0.0061	-0.0456	-0.4068	-0.0722	0.079	0.3964	-0.0608	-0.031	0.3169	0.0177	0.0139	29.608	18.531	89.614
4	2.4591	0.9405	-0.7235	2.3815	-0.6414	3.1817	-0.1837	0.1612	-0.2358	-0.4475	-0.0921	-0.3725	-0.1062	0.1985	0.2758	0.4481	0.0052	0.1506	0.4235	-0.0426	0.105	43.592	3.719	72.729
5	2.2866	-0.3652	1.2803	1.7228	-0.7867	3.4431	0.1074	-0.444	0.1507	0.2119	-0.1117	-0.0682	0.3595	-0.1033	0.0043	0.4084	-0.0031	-0.0888	0.5442	-0.1426	0.0596	50.071	45.815	57.342
6	2.6973	-0.1168	0.5514	2.0262	0.3519	2.7643	-0.0133	-0.4743	-0.0723	0.443	-0.0217	0.0198	0.2984	-0.1288	0.0351	0.3003	0.0236	0.0126	0.2753	0.0009	0.0038	36.421	30.954	39.123
7	1.0539	-0.2839	0.6521	1.439	-0.7319	1.7537	-0.069	0.0232	0.0538	0.0031	0.0196	-0.0625	0.0284	0.1207	0.0493	0.1646	-0.0021	-0.0068	0.1506	-0.0082	0.005	18.437	50.532	2.071
8	2.0566	-0.205	0.6807	1.144	0.189	1.2254	-0.1328	-0.1345	0.2046	0.0529	0.0893	-0.0951	-0.119	-0.0274	0.0435	0.2608	0.0417	-0.0259	0.1958	-0.0637	0.0367	17.429	59.365	26.954

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 196
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 474
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 196
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	301
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 458
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	8 - 197
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	301 - 351
9	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 194
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	301 - 306
11	X-RAY DIFFRACTION	5	E	6 - 195
12	X-RAY DIFFRACTION	5	E	301 - 308
13	X-RAY DIFFRACTION	6	F	7 - 199
14	X-RAY DIFFRACTION	6	F	301 - 353
15	X-RAY DIFFRACTION	7	G	5 - 196
16	X-RAY DIFFRACTION	7	G	301 - 369
17	X-RAY DIFFRACTION	8	H	6 - 196
18	X-RAY DIFFRACTION	8	H	301
19	X-RAY DIFFRACTION	8	H	401 - 464

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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