PDB-4n21: Crystal structure of the GP2 Core Domain from the California Acad...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n21

タイトル

Crystal structure of the GP2 Core Domain from the California Academy of Science Virus

要素

GP2 Ectodomain

キーワード

VIRAL PROTEIN / CAS Virus / Post-Fusion Conformation / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

Helix Hairpins - #210 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / membrane / Glycoprotein

機能・相同性情報

生物種

CAS virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Koellhoffer, J.F. / Dai, Z. / Toro, R. / Lai, J.R. / Almo, S.C. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Characterization of the Glycoprotein GP2 Core Domain from the CAS Virus, a Novel Arenavirus-Like Species.
著者: Koellhoffer, J.F. / Dai, Z. / Malashkevich, V.N. / Stenglein, M.D. / Liu, Y. / Toro, R. / S Harrison, J. / Chandran, K. / Derisi, J.L. / Almo, S.C. / Lai, J.R.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月8日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n21.cif.gz	309.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n21.ent.gz	255.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n21_validation.pdf.gz	490.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n21_full_validation.pdf.gz	501.7 KB	表示
XML形式データ	4n21_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	4n21_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n2/4n21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n23C 4g2kS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wyy-1 4n23-d 5zuv-d 5yl9-1 1wyy-3 5e6w-d 3a1m-d 6gy8-1 3g9g-1 6gy8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-031146

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: GP2 Ectodomain

B: GP2 Ectodomain

C: GP2 Ectodomain

D: GP2 Ectodomain

E: GP2 Ectodomain

F: GP2 Ectodomain

ヘテロ分子

92.4 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GP2 Ectodomain

B: GP2 Ectodomain

C: GP2 Ectodomain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: GP2 Ectodomain

E: GP2 Ectodomain

F: GP2 Ectodomain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.676, 46.713, 109.451
Angle α, β, γ (deg.)	102.320, 89.990, 119.980
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	GP2 Ectodomain 分子量: 15177.354 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) CAS virus (ウイルス) / 遺伝子: GP2 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: J7H5L9*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.09 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M MES-NaOH, pH 6, 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9791 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.213
1	1	h,-h-k,-l	2	0.151
1	1	-H-K, K, -K-L	3	0.161
1	1	K, -H-K, H+K+L	4	0.168
1	1	-H-K, H, K+L	5	0.146
1	1	K, H, -H-K-L	6	0.161

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 51572 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.059 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	2	0.447	2662	1.079	1	96.9
2.03-2.07	2	0.365	2427	1.106	1	96.9
2.07-2.11	2	0.315	2574	1.151	1	97
2.11-2.15	2	0.26	2547	1.123	1	97.1
2.15-2.2	2	0.215	2596	1.103	1	97.5
2.2-2.25	2	0.191	2619	1.124	1	97.4
2.25-2.31	2	0.148	2512	1.062	1	97.5
2.31-2.37	2	0.14	2612	1.071	1	97.7
2.37-2.44	2	0.122	2591	1.09	1	97.9
2.44-2.52	2	0.118	2570	1.107	1	97.8
2.52-2.61	2	0.094	2667	1.097	1	98.2
2.61-2.71	2	0.08	2525	1.024	1	98.1
2.71-2.84	2	0.072	2540	0.983	1	98.3
2.84-2.99	2	0.067	2616	1.027	1	98.3
2.99-3.17	2	0.062	2595	0.988	1	98.3
3.17-3.42	2	0.057	2580	1.026	1	98.1
3.42-3.76	2	0.048	2596	0.982	1	98
3.76-4.31	2	0.04	2602	1.024	1	98.1
4.31-5.43	2	0.037	2578	0.93	1	98.2
5.43-50	2	0.041	2563	1.096	1	96.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.9 Å	39.22 Å
Translation	5.53 Å	39.22 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4G2K

4g2k

解像度: 1.99→39.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.2244 / WR_factor R_work: 0.1765 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8833 / SU B: 3.44 / SU ML: 0.051 / SU R Cruickshank DPI: 0.038 / SU R_free: 0.0332 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.038 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2122	2596	5 %	RANDOM
R_work	0.1681	-	-	-
obs	0.1704	51570	97.09 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 125.83 Å² / B_iso mean: 53.8724 Å² / B_iso min: 20.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-22.77 Å²	-22.49 Å²	7.92 Å²
2-	-	44.84 Å²	-9.02 Å²
3-	-	-	-22.07 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→39.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5972	0	88	232	6292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6247
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.148	1.97	8430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.502	5	769
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.552	26.234	308
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.158	15	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.456	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	963
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4544

LS精密化シェル

解像度: 1.992→2.044 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	153	-
R_work	0.203	3356	-
all	-	3509	-
obs	-	-	88.25 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.079	-0.0313	0.1176	0.3063	-0.4068	1.4026	-0.028	0.0063	-0.0077	-0.0122	-0.0222	0.0804	0.0248	0.0721	0.0502	0.0213	-0.0253	0.0094	0.0969	-0.0134	0.0589	20.6734	13.6315	51.3651
2	0.1195	-0.0734	-0.1828	0.3599	0.121	0.2843	0.0156	0.0168	-0.0005	-0.0085	-0.0289	-0.0449	-0.0189	-0.0338	0.0133	0.0109	-0.0215	0.0135	0.1084	-0.0024	0.0547	24.9709	15.005	51.3899
3	0.1316	-0.1098	-0.0229	0.4031	0.2532	0.1813	0.0154	0.0207	-0.0355	-0.0123	0.0006	-0.0038	-0.001	0.0168	-0.016	0.0233	-0.0161	0.024	0.1013	-0.0077	0.0593	23.9845	10.6458	50.6968
4	0.0699	-0.0545	0.1849	0.3165	-0.1777	0.5101	-0.0025	-0.0004	-0.0069	0.0173	-0.0082	-0.0259	0.0082	-0.026	0.0106	0.0204	-0.0202	0.0286	0.1038	-0.0045	0.0586	1.6838	-2.3848	55.6932
5	0.1248	-0.0739	-0.0641	0.2864	0.4628	0.987	-0.021	-0.0056	0.0435	0.0187	-0.0328	-0.0112	0.058	-0.0097	0.0538	0.0239	-0.0231	0.012	0.0938	-0.0063	0.0544	0.6522	2.0284	55.0023
6	0.1163	-0.0882	0.1014	0.323	-0.426	0.8027	-0.0254	-0.01	-0.011	0.0365	-0.0085	0.0379	-0.0745	0.0003	0.0339	0.0267	-0.0196	0.0135	0.0937	-0.0167	0.0598	-2.5159	-1.0141	56.4055

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	229 - 351
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	229 - 351
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	228 - 351
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	229 - 351
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	230 - 350
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	228 - 351

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関連情報:EMDBヘッダ

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