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- PDB-4n1k: Crystal structures of NLRP14 pyrin domain reveal a conformational... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1k
タイトルCrystal structures of NLRP14 pyrin domain reveal a conformational switch mechanism, regulating its molecular interactions
要素NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
キーワードSIGNALING PROTEIN / death domain fold / pyrin domain / NOD-like receptor / protein binding / spermatogenesis / innate immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of inflammatory response / spermatogenesis / cell differentiation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain ...NACHT, LRR and PYD domains-containing protein, helical domain HD2 / NLRC4 helical domain HD2 / NOD2, winged helix domain / NOD2 winged helix domain / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / NACHT nucleoside triphosphatase / NACHT domain / NACHT-NTPase domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Death-like domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Eibl, C. / Hessenberger, M. / Wenger, J. / Brandstetter, H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structures of the NLRP14 pyrin domain reveal a conformational switch mechanism regulating its molecular interactions.
著者: Eibl, C. / Hessenberger, M. / Wenger, J. / Brandstetter, H.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
C: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
D: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9964
ポリマ－48,9964
非ポリマー00
水23413
1
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4982
ポリマ－24,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1740 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
2
C: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
D: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4982
ポリマ－24,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
3
A: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
B: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14

C: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14
D: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9964
ポリマ－48,9964
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_454y-1,-x+y,z-1/21
Buried area6280 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.210, 89.210, 106.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

-
要素

#1: タンパク質
NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 14 / Nucleotide-binding oligomerization domain protein 5


分子量: 12249.041 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-100 / 変異: D86V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NLRP14, NALP14, NOD5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star (DE3) / 参照: UniProt: Q86W24
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Cesium chloride and 2.2 M Ammonium sulfate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→44.54 Å / Num. obs: 9722 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NLRP14 WT Ser6-Pro67

解像度: 3→32 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 467 4.82 %
Rwork0.2138 --
obs0.2162 9697 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3000 0 0 13 3013
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023072
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8114120
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9491184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027430
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.43420.33491690.29633044X-RAY DIFFRACTION100
3.4342-4.32620.27111560.22893060X-RAY DIFFRACTION100
4.3262-44.60980.23781420.17793126X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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