PDB-4n1e: Structural evidence for antigen receptor evolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n1e

タイトル

Structural evidence for antigen receptor evolution

要素

Lysozyme C
immunoglobulin variable light chain domain

キーワード

Immune system/Hydrolase / immunoglobulin light chain variable domain / antigen-receptor interaction / Ig-fold / Immune system-Hydrolase complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.23 Å

データ登録者

Langley, D.B. / Rouet, R. / Stock, D. / Christ, D.

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural reconstruction of protein ancestry.
著者: Rouet, R. / Langley, D.B. / Schofield, P. / Christie, M. / Roome, B. / Porebski, B.T. / Buckle, A.M. / Clifton, B.E. / Jackson, C.J. / Stock, D. / Christ, D.

履歴

登録	2013年10月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年10月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n1e.cif.gz	493.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n1e.ent.gz	407.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/4n1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n1cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ayf-d 1dzb-2 5b8c-3 5b8c-4 1dzb-1 5wp1-d 5ddy-3 5b8c-1 6tru-3 6bio-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (4) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (4)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (3)
#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (3)
#9 - 2000年9月
リゾチーム (Lysozyme)
類似性 (3)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (3)

登録構造単位

A: immunoglobulin variable light chain domain

B: immunoglobulin variable light chain domain

C: immunoglobulin variable light chain domain

D: immunoglobulin variable light chain domain

E: immunoglobulin variable light chain domain

F: immunoglobulin variable light chain domain

G: immunoglobulin variable light chain domain

H: immunoglobulin variable light chain domain

I: Lysozyme C

J: Lysozyme C

K: Lysozyme C

L: Lysozyme C

152 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: immunoglobulin variable light chain domain

B: immunoglobulin variable light chain domain

I: Lysozyme C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 3 ポリマー
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2

C: immunoglobulin variable light chain domain

D: immunoglobulin variable light chain domain

J: Lysozyme C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: immunoglobulin variable light chain domain

F: immunoglobulin variable light chain domain

K: Lysozyme C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 3 ポリマー
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4

G: immunoglobulin variable light chain domain

H: immunoglobulin variable light chain domain

L: Lysozyme C

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
37.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	114.917, 39.413, 178.301
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.380, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	immunoglobulin variable light chain domain 分子量: 11782.045 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET12a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 gold (DE3)
#2: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: purified from hen egg whites / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium formate, 18% (w/v) PEG3350, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54179 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年12月15日

放射

モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54179 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.23→171.061 Å / Num. all: 72711 / Num. obs: 72711 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 14.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.23-2.33	4.2	0.252	3.1	35589	8561	0.252	76.3
2.33-2.47	4.4	0.235	3.3	44372	10165	0.235	95.8
2.47-2.65	4.3	0.165	4.6	40126	9379	0.165	93.8
2.65-2.86	4.1	0.117	6.3	35058	8517	0.117	91.8
2.86-3.13	5.7	0.145	4.5	45985	8063	0.145	93.9
3.13-3.5	8.5	0.116	6.1	66763	7861	0.116	100
3.5-4.04	8.4	0.08	8.6	58629	6939	0.08	100
4.04-4.95	8.7	0.06	11.1	51950	5939	0.06	100
4.95-7	9.7	0.059	10.8	44607	4614	0.059	100
7-45.664	9.2	0.041	14	24553	2673	0.041	99.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.01 Å	45.68 Å
Translation	3.01 Å	45.68 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.16	データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MAR345dtb		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.23→45.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / WR_factor R_free: 0.2553 / WR_factor R_work: 0.2145 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8219 / SU B: 14.231 / SU ML: 0.169 / SU R Cruickshank DPI: 0.3003 / SU R_free: 0.2317 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.3 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2645	3655	5 %	RANDOM
R_work	0.2228	-	-	-
obs	0.225	72702	95.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.74 Å² / B_iso mean: 35.398 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.37 Å²	0 Å²	-0.13 Å²
2-	-	4.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.93 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.23→45.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9837	0	0	130	9967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.021	10080
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6428
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.452	1.932	13767
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3.006	15577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.72	5	1338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.203	24.243	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.633	15	1356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.518	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	1518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11672
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2139

LS精密化シェル

解像度: 2.23→2.29 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	231	-
R_work	0.288	4415	-
all	-	4646	-
obs	-	-	86.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.144	-0.5293	1.6346	0.9412	0.6136	5.4513	0.1128	0.5306	-0.0316	-0.1214	-0.0351	0.0207	0.2869	0.9771	-0.0777	0.2715	0.0857	-0.0288	0.2334	0.0168	0.0528	9.5985	-26.8372	8.856
2	1.5595	-0.7257	1.9273	1.3619	-1.3716	4.229	-0.0854	-0.1029	0.0054	0.0999	0.1286	0.0236	-0.2637	-0.3527	-0.0432	0.3379	0.0563	0.0262	0.0383	-0.0005	0.1774	4.7343	-21.7103	28.788
3	5.1572	-2.1826	0.8088	1.7912	0.4405	2.2256	0.1127	-0.0453	0.4086	-0.001	-0.175	-0.2527	0.131	0.5206	0.0623	0.1579	0.0143	-0.0008	0.4039	0.0933	0.1869	24.7762	-9.5303	65.9235
4	1.4854	0.2519	-0.9432	0.0665	-0.4116	5.6038	-0.0118	-0.023	0.0687	-0.0074	0.0161	0.021	0.1424	-0.0867	-0.0043	0.2257	-0.0035	0.0019	0.0155	0.0239	0.1941	11.8709	-8.8458	47.9761
5	1.7924	0.125	-0.7145	1.1853	0.8418	1.9287	-0.0564	0.1094	0.0126	-0.0541	0.0005	0.062	-0.0613	-0.1673	0.0559	0.149	0.0162	-0.0031	0.161	0.026	0.1327	51.8775	6.6045	81.5548
6	1.8034	0.1368	0.5478	1.2264	0.6058	2.4713	-0.0232	0.162	-0.0938	0.0199	-0.0121	-0.0322	0.0456	-0.1886	0.0353	0.1278	-0.0111	0.0023	0.198	-0.0007	0.1095	57.8622	-1.3264	61.8976
7	4.5052	0.9378	-0.5384	0.2749	-0.3075	0.9099	-0.0365	0.7563	0.3686	0.0283	0.1329	0.0642	0.0774	0.1024	-0.0964	0.1351	0.011	0.004	0.2983	0.078	0.1578	38.7703	-0.1507	22.1166
8	1.2894	-0.3986	0.4036	0.6455	-0.2653	2.3518	-0.0726	0.024	0.1048	0.0236	-0.0189	-0.0984	-0.0498	0.0069	0.0915	0.0903	0.0072	-0.0067	0.2351	-0.0079	0.1283	54.732	3.6554	37.3099
9	3.8373	-1.5148	-1.4211	1.2938	0.6839	1.3882	0.0129	0.2918	-0.1509	0.1072	-0.1565	0.1669	0.19	-0.4526	0.1436	0.1171	0.0051	-0.0013	0.3624	-0.001	0.1198	-20.3639	-19.5563	15.7245
10	2.5088	-0.672	-0.0457	0.6189	0.148	0.8958	0.0528	-0.1043	0.1571	-0.0346	0.0059	-0.022	-0.0854	-0.1762	-0.0587	0.1245	0.0207	0.0232	0.1706	-0.0263	0.1241	-6.7191	-0.5752	68.7006
11	4.2218	-0.0665	-1.4258	1.1098	-0.129	0.5224	-0.1144	-0.2902	-0.19	-0.034	0.1112	0.0631	0.0286	0.0974	0.0032	0.1249	0.0481	-0.0014	0.2994	-0.0016	0.1211	82.3982	-3.7852	74.7054
12	4.7882	-0.7708	-0.6939	1.2085	-0.0206	1.4057	0.0812	0.6252	0.0929	0.0938	-0.0283	0.0114	0.0787	0.2875	-0.0529	0.0306	0.0354	0.0206	0.5039	0.0006	0.0475	72.4685	-4.5045	17.2134

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 107
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 109
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	1 - 105
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 104
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	1 - 109
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 106
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	1 - 127
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	1 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	1 - 127
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	1 - 127

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)