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- PDB-4n18: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n18
タイトルCrystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein from Klebsiella pneumoniae 342
要素D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural Genomics / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases signature 3. / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Osinski, T. / Hillerich, B.S. / Hammonds, J. / Nawar, A. / Stead, M. / Chowdhury, S. ...Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Osinski, T. / Hillerich, B.S. / Hammonds, J. / Nawar, A. / Stead, M. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein from Klebsiella pneumoniae 342
著者: Bacal, P. / Shabalin, I.G. / Cooper, D.R. / Majorek, K.A. / Osinski, T. / Hillerich, B.S. / Hammonds, J. / Nawar, A. / Stead, M. / Chowdhury, S. / Gizzi, A. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W.
履歴
登録2013年10月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6273
ポリマ－37,0801
非ポリマー5472
水2,036113
1
A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
ヘテロ分子

A: D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,2536
ポリマ－74,1602
非ポリマー1,0934
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area5960 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area26710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.567, 76.567, 101.281
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein


分子量: 37080.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 株: 342 / 遺伝子: KPK_1152 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: B5XVG7
#2: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.91 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5mM TCEP were mixed with 0.2 ul of The MCSG-I condition #88 (0.1M Sodium Citrate:HCL pH 5. ...詳細: 0.2 ul of 15 mg/ml protein in 20mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5mM TCEP were mixed with 0.2 ul of The MCSG-I condition #88 (0.1M Sodium Citrate:HCL pH 5.6, 20% (v/v) 2-Propanol, 20% (w/v)PEG 4000) and equilibrated against 1.9 M NaCl in QIAGEN EasyXtal 15-Well Tool plate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97912 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
詳細: Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror, with Pt, glass, Pd lanes
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator. LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. all: 22004 / Num. obs: 21916 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 39.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Χ2: 1.961 / Net I/σ(I): 44
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym valueΧ2% possible all
1.97-29.50.9891.910501.90.77297.8
2-2.0410.30.79610550.80398.7
2.04-2.0811.20.68610710.82499.4
2.08-2.1211.30.54410770.83299.9
2.12-2.1711.20.43110750.855100
2.17-2.2211.30.35610690.912100
2.22-2.2711.20.30310780.928100
2.27-2.3411.30.25110810.984100
2.34-2.411.20.20910881.002100
2.4-2.4811.20.18810971.09100
2.48-2.5711.20.1610711.217100
2.57-2.6711.20.12411101.298100
2.67-2.811.20.110791.493100
2.8-2.9411.10.08311001.708100
2.94-3.13110.07311002.087100
3.13-3.37110.06211212.465100
3.37-3.7110.90.05811063.294100
3.71-4.2410.60.0611354.4799.6
4.24-5.3510.40.05111424.68999.6
5.35-509.60.05812117.56597

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.97→35.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 9.463 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.155 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2199 1124 5.1 %RANDOM
Rwork0.1812 ---
obs0.1833 21871 99.64 %-
all-21950 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.44 Å2 / Biso mean: 45.1758 Å2 / Biso min: 27.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.35 Å2-0 Å20 Å2
2---1.35 Å2-0 Å2
3---2.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→35.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2383 0 26 113 2522
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192491
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8361.9673392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86935414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1785312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.48523.246114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.27315361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3371520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0212854
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02594
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.021 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 67 -
Rwork0.246 1474 -
all-1541 -
obs-1541 97.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
125.2128-15.21797.998212.272-6.9044.8629-0.0816-0.7554-1.63260.25660.43850.86610.1958-0.1847-0.35690.2788-0.0346-0.00260.11510.09440.1366-6.49838.27211.759
23.0368-1.3256-1.9792.20311.1773.8363-0.33540.171-0.19620.11760.02240.18820.1241-0.5190.3130.1793-0.0197-0.02320.22610.03690.0929-1.09623.5224.074
33.8044-2.8343-0.5844.09250.91532.01010.03140.387-0.3539-0.2017-0.09050.4331-0.086-0.29890.05910.0845-0.0362-0.0420.16020.01460.06430.37622.45816.475
40.0412-0.14120.10991.0086-1.50763.8752-0.05460.00790.0039-0.0057-0.1076-0.08720.1688-0.04640.16230.14450.01790.0180.2140.01110.019311.81916.79427.53
50.6980.7496-0.82711.579-0.36571.7017-0.3053-0.0938-0.1510.1304-0.0742-0.01250.60960.15470.37950.41160.03140.13920.16720.02310.090512.2680.24156.738
63.3093-1.55920.07992.74331.58035.9801-0.04940.17160.1641-0.1976-0.022-0.1457-0.4450.33990.07140.1847-0.02630.03080.12860.0370.026424.88412.20339.588
71.7225-0.24370.31890.52970.67652.301-0.06510.1672-0.2415-0.0853-0.13610.07640.205-0.08780.20110.2026-0.02190.06770.1146-0.03420.067715.1840.06736.322
82.5339-1.7605-0.76943.4654-0.13884.38330.0246-0.15190.5926-0.15330.2029-0.7808-0.4290.2765-0.22750.1388-0.08640.01190.1884-0.0150.226412.79229.14821.907
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 3
2X-RAY DIFFRACTION2A4 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3A26 - 55
4X-RAY DIFFRACTION4A56 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5A109 - 137
6X-RAY DIFFRACTION6A138 - 169
7X-RAY DIFFRACTION7A170 - 278
8X-RAY DIFFRACTION8A279 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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