[日本語] English
- PDB-4n0n: Crystal structure of Arterivirus nonstructural protein 10 (helicase) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n0n
タイトルCrystal structure of Arterivirus nonstructural protein 10 (helicase)
要素Replicase polyprotein 1ab
キーワードHYDROLASE / arterivirus / helicase / zbd / nsp10
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type exopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / RNA nuclease activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 ...serine-type exopeptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / host cell membrane / RNA nuclease activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / DNA helicase / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Protein of unknown function DUF3756 / Equine arteritis virus, non-structural protein 1 / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / Nidovirus helicase, RING/Ubox like zinc-binding domain / Protein of unknown function (DUF3756) / Papain-like auto-proteinase / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / RING/Ubox like zinc-binding domain ...Protein of unknown function DUF3756 / Equine arteritis virus, non-structural protein 1 / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / Nidovirus helicase, RING/Ubox like zinc-binding domain / Protein of unknown function (DUF3756) / Papain-like auto-proteinase / Nsp2, transmembrane domain / Replicase polyprotein 1ab / RING/Ubox like zinc-binding domain / Nonstructural protein 10, zinc-binding domain, arterivirus / NSP11, NendoU domain, arterivirus / NSP11, N-terminal, arterivirus / Arteriviridae zinc-binding (AV ZBD) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain / Arterivirus Nsp2, peptidase C33 / Equine arteritis virus peptidase S32 / Serine protease, chymotrypsin-like serine protease, C-terminal / Arterivirus NSP4 peptidase domain / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp7 alpha superfamily / Equine arterivirus Nsp2-type cysteine proteinase / Equine arteritis virus serine endopeptidase S32 / Arterivirus nonstructural protein 7 alpha / Arterivirus nsp4 proteinase domain profile. / Arterivirus nsp2 cysteine protease (AV CP) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease alpha (PCPalpha) domain profile. / Arterivirus papain-like cysteine protease beta (PCPbeta) domain profile. / Viral (Superfamily 1) RNA helicase / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Equine arteritis virus (ウマ動脈炎ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Deng, Z. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2014
タイトル: Structural basis for the regulatory function of a complex zinc-binding domain in a replicative arterivirus helicase resembling a nonsense-mediated mRNA decay helicase.
著者: Deng, Z. / Lehmann, K.C. / Li, X. / Feng, C. / Wang, G. / Zhang, Q. / Qi, X. / Yu, L. / Zhang, X. / Feng, W. / Wu, W. / Gong, P. / Tao, Y. / Posthuma, C.C. / Snijder, E.J. / Gorbalenya, A.E. / Chen, Z.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Replicase polyprotein 1ab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,35610
ポリマ-45,6551
非ポリマー7019
4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.763, 91.041, 57.739
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質 Replicase polyprotein 1ab / ORF1ab polyprotein / Nsp1 papain-like cysteine proteinase / PCP / Nsp2 cysteine proteinase / CP2 / ...ORF1ab polyprotein / Nsp1 papain-like cysteine proteinase / PCP / Nsp2 cysteine proteinase / CP2 / CP / Non-structural protein 3 / Nsp3 / 3C-like serine proteinase / 3CLSP / Nsp4 / Non-structural protein 5-6-7 / Nsp5-6-7 / Non-structural protein 5 / Nsp5 / Non-structural protein 6 / Nsp6 / Non-structural protein 7-alpha / Nsp7-alpha / Non-structural protein 7-beta / Nsp7-beta / Non-structural protein 8 / Nsp8 / RNA-directed RNA polymerase / Pol / RdRp / Nsp9 / Helicase / Hel / Nsp10 / Non-structural protein 11 / Nsp11 / Non-structural protein 12 / Nsp12


分子量: 45655.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Equine arteritis virus (ウマ動脈炎ウイルス)
: equine arteritis virus / 遺伝子: 1a-1b, nsp10, rep / プラスミド: pet-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): plasmid
参照: UniProt: P19811, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; ...参照: UniProt: P19811, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ, RNA-directed RNA polymerase, DNA helicase, RNA helicase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.39 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 2 M (NH4)2SO4, 0.1 M HEPES, 25 mM KCl and 20% ethylene glycol, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 299K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11301
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A11
シンクロトロンBSRF 1W2B21
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2010年10月14日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年6月5日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1unknownMADMx-ray1
2unknownSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 33485 / Num. obs: 32746 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / % possible all: 86.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SOLVE位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 6.938 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22384 1600 5 %RANDOM
Rwork0.19451 ---
obs0.19594 30451 98.02 %-
all-33485 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.738 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.25 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2986 0 29 251 3266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.023087
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1681.9714225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7225400
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70722.909110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.37915447
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7271515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0222332
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.286 100 -
Rwork0.272 1874 -
obs--88.05 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1744-0.17680.37011.54481.28785.8340.0470.06260.13050.11-0.11220.2444-0.1577-0.240.06520.08620.04590.16860.08060.08880.3585-6.049539.4446-29.9704
21.29260.1241-1.17310.04270.02611.87480.04030.15530.13780.01790.01950.0208-0.00140.0318-0.05980.0324-0.0130.04730.12520.02790.1582-1.495233.9667-31.7522
30.58810.55980.57491.09441.97944.2159-0.01210.28010.183-0.10590.16150.0496-0.25890.0115-0.14940.04910.01020.04560.16460.10650.155-1.560937.3487-42.4622
43.55910.5932.03130.338-1.663517.94980.11130.86840.31140.03860.04270.0937-0.21771.6781-0.1540.0846-0.10150.030.42890.0280.03887.29436.5337-46.9252
53.44691.743-0.66881.4619-0.4770.2044-0.01670.0669-0.18530.0669-0.0311-0.11170.05790.03970.04780.16060.02240.04560.1025-0.01570.1329-0.933625.7387-27.891
64.08092.0106-0.55651.34250.56372.5257-0.2734-0.2298-0.2778-0.31340.0855-0.0132-0.37070.43180.18790.1078-0.0802-0.04940.21640.02770.1773-24.224414.887-37.6646
73.52960.9495-1.37191.10350.58761.6145-0.1393-0.14910.0259-0.2660.14320.0257-0.20360.2708-0.00390.0836-0.0455-0.02360.1181-0.02770.0872-27.856515.6485-35.6285
81.76261.40721.9421.95673.44047.59530.05820.02340.1182-0.056-0.0689-0.0688-0.1446-0.14490.01070.0588-0.02930.04370.0617-0.01460.1506-9.573732.2987-22.9041
91.03150.82-0.1352.6117-1.24321.1990.0275-0.21130.14640.3056-0.0160.05060.10240.0872-0.01150.25880.03350.01930.1433-0.07210.0505-17.618522.4261-3.8388
101.1149-0.73590.00231.49031.89433.91040.02040.0051-0.00160.1327-0.01150.01310.2094-0.1869-0.00890.1025-0.02640.04520.1348-0.03290.1126-27.315828.1155-9.7401
110.43130.6540.48343.02452.72555.9670.05130.02630.1248-0.14-0.20010.2956-0.1726-0.68570.14880.0310.02030.01710.1627-0.07340.1446-34.498728.6801-16.1927
122.99130.3377-0.19580.60990.71960.97570.0454-0.00140.0819-0.0205-0.08880.0436-0.0327-0.1210.04340.0925-0.03070.03080.0621-0.04550.1033-22.171431.2815-14.0912
131.28110.0374-0.99691.144-0.37761.77630.0496-0.00220.0681-0.0589-0.0207-0.10860.0466-0.0614-0.02890.075-0.03030.03220.0703-0.0130.123-14.118328.8177-16.0275
140.68540.1663-0.26510.97530.1011.16240.0168-0.1335-0.00880.0401-0.0688-0.11560.14140.10520.0520.1002-0.01990.02710.07070.01870.1235-9.058720.3363-13.0705
150.24860.7013-0.45875.1807-1.06910.89750.1261-0.189-0.10810.5962-0.3778-0.0332-0.14010.36840.25170.2196-0.03810.01560.18010.09780.0923-16.785610.91681.0831
160.3457-0.46030.20011.92150.62812.53720.00370.0513-0.15080.0995-0.09860.23710.02520.12780.09490.07650.00620.03830.07250.00650.1083-21.5853-1.3286-7.3712
172.51880.47090.76460.69231.40152.88280.09750.40810.0482-0.1139-0.03950.0006-0.2753-0.1362-0.0580.11650.03650.03330.11150.05680.1161-24.48183.2813-17.2811
181.147-0.5649-0.29491.81510.26652.16550.11950.181-0.0354-0.0183-0.1279-0.051-0.06230.01710.00840.06950.00630.03890.08080.00910.1022-18.1357-0.4378-11.0248
191.3335-3.2491.55297.9192-3.79261.8346-0.1510.02960.22820.3343-0.1034-0.548-0.10010.10260.25440.21310.1641-0.01760.2321-0.10070.1801-9.554-3.6008-8.2039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2A17 - 33
3X-RAY DIFFRACTION3A34 - 48
4X-RAY DIFFRACTION4A49 - 62
5X-RAY DIFFRACTION5A63 - 82
6X-RAY DIFFRACTION6A83 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7A108 - 133
8X-RAY DIFFRACTION8A134 - 149
9X-RAY DIFFRACTION9A150 - 168
10X-RAY DIFFRACTION10A169 - 194
11X-RAY DIFFRACTION11A195 - 222
12X-RAY DIFFRACTION12A223 - 242
13X-RAY DIFFRACTION13A243 - 260
14X-RAY DIFFRACTION14A261 - 286
15X-RAY DIFFRACTION15A287 - 309
16X-RAY DIFFRACTION16A310 - 340
17X-RAY DIFFRACTION17A341 - 358
18X-RAY DIFFRACTION18A359 - 390
19X-RAY DIFFRACTION19A391 - 401

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る