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- PDB-4n0a: Crystal structure of Lsm2-3-Pat1C complex from Saccharomyces cere... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n0a
タイトルCrystal structure of Lsm2-3-Pat1C complex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
  • U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Decapping activator
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / formation of translation preinitiation complex / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / regulation of translational initiation / tRNA processing ...mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / formation of translation preinitiation complex / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / regulation of translational initiation / tRNA processing / precatalytic spliceosome / negative regulation of translational initiation / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / spliceosomal complex / P-body / mRNA processing / kinetochore / mRNA splicing, via spliceosome / cytoplasmic stress granule / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / cell cycle / cell division / mRNA binding / chromatin binding / nucleolus / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
mRNA decay factor PAT1 domain / Pat1-like / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins ...mRNA decay factor PAT1 domain / Pat1-like / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / : / Sm domain profile. / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Deadenylation-dependent mRNA-decapping factor PAT1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Wu, D.H.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2014
タイトル: Lsm2 and Lsm3 bridge the interaction of the Lsm1-7 complex with Pat1 for decapping activation
著者: Wu, D. / Muhlrad, D. / Bowler, M.W. / Jiang, S. / Liu, Z. / Parker, R. / Song, H.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月22日Group: Database references
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
H: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
I: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1
J: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,11810
ポリマ－208,11810
非ポリマー00
水1,38777
1
A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,09414
ポリマ－157,09414
非ポリマー00
水25214
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_657-x+1,y,-z+21
Buried area30260 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area51240 Å2
手法PISA
2
H: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1901
ポリマ－43,1901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
I: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1901
ポリマ－43,1901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
J: DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1901
ポリマ－43,1901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.447, 251.511, 120.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein


分子量: 10039.262 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743
#2: タンパク質 U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3


分子量: 12796.582 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203
#3: タンパク質 DNA topoisomerase 2-associated protein PAT1 / Decapping activator and translational repressor PAT1 / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / ...Decapping activator and translational repressor PAT1 / Topoisomerase II-associated protein PAT1 / mRNA turnover protein 1


分子量: 43190.473 Da / 分子数: 3 / Fragment: UNP residues 423-796 / Mutation: D688V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MRT1, PAT1, YCR077C, YCR77C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25644
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.62 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M Tris, 12% ethanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 288K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072, 1.2553, 1.2557, 1.2427
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月3日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0721
21.25531
31.25571
41.24271
反射解像度: 3.15→19.9 Å / Num. all: 65278 / Num. obs: 65011 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.15→3.2621 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.15→19.884 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1 / 位相誤差: 38.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3002 3250 5.07 %RANDOM
Rwork0.2722 ---
obs0.2736 65011 98.61 %-
all-65278 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 20.001 Å2 / ksol: 0.272 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-101.3454 Å20 Å218.7384 Å2
2--30.8795 Å2-0 Å2
3---27.3943 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→19.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12268 0 0 77 12345
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00712427
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.11316754
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.0944729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0752008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032102
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.15-3.26210.44966020.45171223199
3.2621-3.39210.45887080.4111215299
3.3921-3.54570.3786590.36931210898
3.5457-3.73140.36516530.35741186397
3.7314-3.96350.36566430.32531187996
3.9635-4.26670.34286100.29651225299
4.2667-4.6910.2846120.25741221499
4.691-5.35820.30196730.26311223599
5.3582-6.70740.34176140.288412331100
6.7074-19.88440.20636990.18421202098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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