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- PDB-4mzy: Crystal structure of enterococcus faecalis nicotinate phosphoribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mzy
タイトルCrystal structure of enterococcus faecalis nicotinate phosphoribosyltransferase with malonate and phosphate bound
要素NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / STRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / PSI / ROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK SGX RESEARCH CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / NYSGXRC / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase activity / NAD biosynthetic process / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Nicotinate phosphoribosyltransferase pncB-type / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family ...Nicotinate phosphoribosyltransferase pncB-type / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase C-terminal domain / nicotinate phosphoribosyltransferase / nicotinate phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) N-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase family / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ギ酸 / マロン酸 / リン酸塩 / Nicotinate phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Enterococcus Faecalis Nicotinate Phosphoribosyltransferase
著者: Patskovsky, Y. / Toro, R. / Wasserman, S.R. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2013年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月27日Group: Structure summary
改定 1.22015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,39623
ポリマ－56,6011
非ポリマー1,79522
水3,063170
1
A: NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,79246
ポリマ－113,2022
非ポリマー3,59044
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area20160 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area35350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.254, 111.381, 154.604
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-617-

HOH

21A-764-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 NICOTINATE PHOSPHORIBOSYLTRANSFERASE /


分子量: 56600.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF2626 / プラスミド: PET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q830Y8, EC: 2.4.2.11

-
非ポリマー , 6種, 192分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸 / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M SODIUM MALONATE, 10% GLYCEROL, PH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月9日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 44766 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Rsym value: 0.669 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2F7F

2f7f


解像度: 1.95→25.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 2.912 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18587 1396 3.1 %RANDOM
Rwork0.1537 ---
obs0.15477 43356 99.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å2-0 Å20 Å2
2--2.71 Å20 Å2
3----2.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→25.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3913 0 110 170 4193
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0194152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3171.9725609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75439028
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7085505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.77824.444207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.00815722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3211526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024663
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02953
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.954→2.004 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 89 -
Rwork0.243 3112 -
obs--97.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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