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- PDB-4mzt: MazF from S. aureus crystal form II, C2221, 2.3 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mzt
タイトルMazF from S. aureus crystal form II, C2221, 2.3 A
要素MazF mRNA interferase
キーワードHYDROLASE / CcdB/MazF fold / ribonuclease / MazE
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Zorzini, V. / Loris, R. / van Nuland, N.A.J. / Cheung, A.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and biophysical characterization of Staphylococcus aureus SaMazF shows conservation of functional dynamics.
著者: Zorzini, V. / Buts, L. / Sleutel, M. / Garcia-Pino, A. / Talavera, A. / Haesaerts, S. / Greve, H.D. / Cheung, A. / van Nuland, N.A. / Loris, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization of the Staphylococcus aureus MazF mRNA interferase.
著者: Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Donegan, N.P. / Fu, Z. / Cheung, A.L. / van Nuland, N.A. / Loris, R.
#2: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2011
タイトル: 1H, 13C, and 15N backbone and side-chain chemical shift assignment of the staphylococcal MazF mRNA interferase.
著者: Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Cheung, A. / Loris, R. / van Nuland, N.A.
履歴
登録2013年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MazF mRNA interferase
B: MazF mRNA interferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9042
ポリマ－29,9042
非ポリマー00
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.588, 92.007, 71.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 1:113 )
211chain B and (resseq 1:113 )

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要素

#1: タンパク質 MazF mRNA interferase / Endoribonuclease MazF / Toxin MazF


分子量: 14952.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Na-HEPES pH 7.5, 2.0 M NH4HCO2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0394 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月17日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46 Å / Num. all: 10915 / Num. obs: 10915 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 26.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 11.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CCP4(Phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4(Phaser)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MZM

4mzm


解像度: 2.303→46 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2482 521 4.8 %random
Rwork0.1955 ---
obs0.198 10859 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.109 Å2 / ksol: 0.358 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.5977 Å2-0 Å2-0 Å2
2---4.3676 Å20 Å2
3----4.2302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1676 0 0 67 1743
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2912302
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.841627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.091288
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006294
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B820X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.064
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.303-2.53430.31911330.222528X-RAY DIFFRACTION99
2.5343-2.90090.33271210.24432557X-RAY DIFFRACTION99
2.9009-3.65460.25381290.19752591X-RAY DIFFRACTION100
3.6546-46.01270.19271380.17042662X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58660.6190.00062.36510.46511.76250.0312-0.04370.01430.10560.0578-0.0619-0.1510.0364-0.09830.1406-0.01610.02490.106-0.00640.1128-10.292417.9187-0.8005
22.00920.47330.3731.5975-0.04421.63050.03240.20540.0049-0.14210.07780.03570.0621-0.1509-0.1190.0888-0.02120.00430.13120.03080.0903-17.98029.9011-17.5048
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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