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万見
- PDB-4mzd: High resolution crystal structure of the nisin leader peptidase N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mzd
タイトルHigh resolution crystal structure of the nisin leader peptidase NisP from Lactococcus lactis
要素Nisin leader peptide-processing serine protease NisP
キーワードHYDROLASE / alpha and beta proteins / subtilisin-like / serine protease
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lantibiotic leader peptide-processing serine protease / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. ...Lantibiotic leader peptide-processing serine protease / Peptidase S8/S53 domain / : / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Peptidase S8, subtilisin-related / Serine proteases, subtilase domain profile. / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Peptidase S8/S53 domain / LPXTG cell wall anchor domain / Subtilase family / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leader peptide-processing serine protease / Nisin leader peptide-processing serine protease NisP
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Rao, Z.H. / Xu, Y.Y. / Li, X. / Yang, W.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the nisin leader peptidase NisP revealing a C-terminal autocleavage activity.
著者: Xu, Y. / Li, X. / Li, R. / Li, S. / Ni, H. / Wang, H. / Xu, H. / Zhou, W. / Saris, P.E. / Yang, W. / Qiao, M. / Rao, Z.
履歴
登録2013年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Structure summary
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nisin leader peptide-processing serine protease NisP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9501
ポリマ－53,9501
非ポリマー00
水8,179454
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.890, 44.973, 74.651
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nisin leader peptide-processing serine protease NisP


分子量: 53949.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 196-682 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: nisP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D9IXC0, UniProt: Q07596*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 454 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24-32% 1,4-dioxane, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月29日
放射モノクロメーター: sagitally focused double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→71.459 Å / Num. obs: 128500 / % possible obs: 99.87 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 38.7
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.1→26.947 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 13.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1682 6301 5.03 %RANDOM
Rwork0.1517 ---
obs0.1525 128500 --
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.22 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1535 Å2-0 Å2-0.3095 Å2
2---0.8501 Å2-0 Å2
3---2.0036 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→26.947 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2755 0 0 454 3209
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0463963
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8761061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071425
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005529
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1-1.11230.31143770.3126644X-RAY DIFFRACTION84
1.1123-1.12540.28963550.27357376X-RAY DIFFRACTION92
1.1254-1.13910.27424310.24477719X-RAY DIFFRACTION97
1.1391-1.15360.25623790.23257784X-RAY DIFFRACTION97
1.1536-1.16870.21844120.20657868X-RAY DIFFRACTION99
1.1687-1.18480.20593680.19227953X-RAY DIFFRACTION98
1.1848-1.20170.19454190.18137902X-RAY DIFFRACTION99
1.2017-1.21960.1964190.17147918X-RAY DIFFRACTION98
1.2196-1.23870.18363920.15717847X-RAY DIFFRACTION99
1.2387-1.2590.16194260.15087864X-RAY DIFFRACTION99
1.259-1.28070.16994100.14948012X-RAY DIFFRACTION99
1.2807-1.3040.15934320.14287856X-RAY DIFFRACTION99
1.304-1.32910.16114660.13337905X-RAY DIFFRACTION99
1.3291-1.35620.14064620.1277908X-RAY DIFFRACTION100
1.3562-1.38570.13454260.12137969X-RAY DIFFRACTION100
1.3857-1.41790.14883880.12457969X-RAY DIFFRACTION100
1.4179-1.45340.13854620.12587973X-RAY DIFFRACTION100
1.4534-1.49260.14144640.11747969X-RAY DIFFRACTION100
1.4926-1.53660.13784780.1147896X-RAY DIFFRACTION100
1.5366-1.58620.1474060.11857963X-RAY DIFFRACTION100
1.5862-1.64280.14173970.11678019X-RAY DIFFRACTION100
1.6428-1.70860.14674310.12668022X-RAY DIFFRACTION100
1.7086-1.78640.14344100.12677974X-RAY DIFFRACTION100
1.7864-1.88050.15124370.13517980X-RAY DIFFRACTION100
1.8805-1.99830.15473850.14127939X-RAY DIFFRACTION100
1.9983-2.15250.16663950.14818051X-RAY DIFFRACTION100
2.1525-2.3690.16564370.15397842X-RAY DIFFRACTION98
2.369-2.71160.16234210.15557974X-RAY DIFFRACTION100
2.7116-3.41520.16594080.15937883X-RAY DIFFRACTION99
3.4152-26.95510.20083050.16766254X-RAY DIFFRACTION78

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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