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- PDB-4mz9: Revised structure of E. coli SSB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mz9
タイトルRevised structure of E. coli SSB
要素Single-stranded DNA-binding protein
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Single strand DNA-binding domain / SSB / RecO / ExoI / RecQ / DnaG / HolC
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication ...single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Oakley, A.J.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2000
タイトル: Roles of functional loops and the C-terminal segment of a single-stranded DNA binding protein elucidated by X-Ray structure analysis.
著者: Matsumoto, T. / Morimoto, Y. / Shibata, N. / Kinebuchi, T. / Shimamoto, N. / Tsukihara, T. / Yasuoka, N.
履歴
登録2013年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 0THIS ENTRY 4MZ9 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1QVCSF) ...THIS ENTRY 4MZ9 REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA (R1QVCSF) DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 1QVC: T.MATSUMOTO, Y.MORIMOTO, N.SHIBATA, N.SHIMAMOTO, T.TSUKIHARA, N.YASUOKA

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-stranded DNA-binding protein
B: Single-stranded DNA-binding protein
C: Single-stranded DNA-binding protein
D: Single-stranded DNA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,9684
ポリマ－75,9684
非ポリマー00
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area25740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.369, 62.923, 97.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALATYRTYRAA1 - 222 - 23
21ALAALATYRTYRBB1 - 222 - 23
31ALAALATYRTYRCC1 - 222 - 23
41ALAALATYRTYRDD1 - 222 - 23
12VALVALSERSERAA29 - 3930 - 40
22VALVALSERSERBB29 - 3930 - 40
32VALVALSERSERCC29 - 3930 - 40
42VALVALSERSERDD29 - 3930 - 40
13METMETHISHISAA48 - 5549 - 56
23METMETHISHISBB48 - 5549 - 56
33METMETHISHISCC48 - 5549 - 56
43METMETHISHISDD48 - 5549 - 56
14VALVALLEULEUAA57 - 8358 - 84
24VALVALLEULEUBB57 - 8358 - 84
34VALVALLEULEUCC57 - 8358 - 84
44VALVALLEULEUDD57 - 8358 - 84
15THRTHRGLNGLNAA85 - 11086 - 111
25THRTHRGLNGLNBB85 - 11086 - 111
35THRTHRGLNGLNCC85 - 11086 - 111
45THRTHRGLNGLNDD85 - 11086 - 111

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要素

#1: タンパク質
Single-stranded DNA-binding protein / SSB / Helix-destabilizing protein


分子量: 18991.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b4059, exrB, JW4020, lexC, ssb / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AGE0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.57 % / 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1QVC.

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0109 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1QVC

1qvc


解像度: 2.2→51.958 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 18.423 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26223 1263 5.1 %RANDOM
Rwork0.20999 ---
all0.21267 24955 --
obs0.21267 23692 82.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.72 Å20 Å20.4 Å2
2--2.59 Å2-0 Å2
3----0.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→51.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3536 0 0 145 3681
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0223600
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022452
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9581.9424859
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1135951
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.4485456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.20924.083169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.49915644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4071532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2534
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02726
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.10622234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3562958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9233576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25731366
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4151281
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1219 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.570.5
Bmedium positional0.60.5
Cmedium positional0.540.5
Dmedium positional0.530.5
Amedium thermal0.92
Bmedium thermal0.842
Cmedium thermal0.942
Dmedium thermal0.812
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2 26 -
Rwork0.251 723 -
obs--34.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.68560.88291.55444.2230.46228.120.1942-0.79020.28960.4904-0.24340.5685-0.1274-0.71110.04920.20730.14720.07340.3315-0.04980.236222.99620.148931.9987
25.9997-2.1102-1.14684.31120.87016.88880.06860.5603-0.1124-0.44890.04050.530.1425-0.3971-0.1090.18640.1518-0.09440.35290.0240.282719.628-0.133513.8562
36.95230.25662.16814.49340.88665.3914-0.00260.2684-0.6044-0.46350.06-0.36990.43240.1997-0.05740.27740.20770.05560.2493-0.03090.243645.3186-12.728312.634
46.46750.888-0.85796.67551.30478.57050.2085-0.3410.14110.1057-0.1304-0.7179-0.43411.0886-0.07810.13790.0852-0.00870.3794-0.02480.298750.50331.290923.0493
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 114
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 230
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 114
4X-RAY DIFFRACTION2B201 - 245
5X-RAY DIFFRACTION3C1 - 114
6X-RAY DIFFRACTION3C201 - 242
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 114
8X-RAY DIFFRACTION4D201 - 228

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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