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- PDB-1qvc: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1qvc
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN (SSB) FROM E.COLI
要素SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN MONOMER
キーワードDNA BINDING PROTEIN / BETA-BARREL / SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination ...single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Single-stranded DNA-binding protein / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Matsumoto, T. / Morimoto, Y. / Shibata, N. / Shimamoto, N. / Tsukihara, T. / Yasuoka, N.
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2000
タイトル: Roles of functional loops and the C-terminal segment of a single-stranded DNA binding protein elucidated by X-Ray structure analysis.
著者: Matsumoto, T. / Morimoto, Y. / Shibata, N. / Kinebuchi, T. / Shimamoto, N. / Tsukihara, T. / Yasuoka, N.
履歴
登録1999年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年7月25日Group: Other
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN MONOMER
B: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN MONOMER
C: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN MONOMER
D: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN MONOMER


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,8894
ポリマ－61,8894
非ポリマー00
水8,197455
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8540 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area34690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.369, 62.923, 97.792
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.57, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN MONOMER


分子量: 15472.161 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02339, UniProt: P0AGE0*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化温度: 288 K / 手法: small tubes / pH: 9
詳細: SODIUM CHLORIDE, AMMONIUM SULFATE, pH 9.0, SMALL TUBES, temperature 288K
結晶化
*PLUS
温度: 4, 20 ℃ / 手法: batch method
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein11
250 mMTris-HCl11
30.325 M11NaCl
40.3-0.6 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12881
22811
32811
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-310.945
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A21
シンクロトロンPhoton Factory BL-6A31
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD1997年1月19日
FUJI2IMAGE PLATE1996年7月6日
FUJI3IMAGE PLATE1996年11月7日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9451
211
反射解像度: 2.2→52 Å / Num. all: 150790 / Num. obs: 24956 / % possible obs: 82.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 39.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.37 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / % possible all: 43.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 150790
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 43.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0
立体化学のターゲット値: ENGH, R. A. AND HUBER, R.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.317 1208 -RANDOM
Rwork0.247 ---
obs0.247 23711 83.2 %-
all-23711 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4293 0 0 455 4748
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006282
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.18855
ソフトウェア
*PLUS
名称: 'CNS' / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 24884 / Rfactor Rwork: 0.228
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 66.6 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0062
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.1
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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