[日本語] English
万見
- PDB-4mye: Cymosema roseum seed lectin structure complexed with X-man -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mye
タイトルCymosema roseum seed lectin structure complexed with X-man
要素Cymbosema roseum mannose-specific lectin
キーワードCarbohydrate-binding protein / Jelly roll / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


D-mannose binding / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Legume lectin, alpha chain, conserved site / Legume lectins alpha-chain signature. / Legume lectins beta-chain signature. / Legume lectin domain / Legume lectin, beta chain, Mn/Ca-binding site / Legume lectin domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-XMM / Cymbosema roseum mannose-specific lectin / Mannose-specific lectin alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Cymbosema roseum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Barroso-Neto, I.L. / Rocha, B.A.M. / Teixeira, C.S. / Santiago, M.Q. / Souza, L.A.G. / Pires, A.F. / Assreuy, A.M.S. / Delatorre, P. / Cavada, B.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Cymosema roseum seed lectin structure complexed with X-man
著者: Barroso-Neto, I.L. / Rocha, B.A.M. / Teixeira, C.S. / Santiago, M.Q. / Souza, L.A.G. / Pires, A.F. / Assreuy, A.M.S. / Delatorre, P. / Cavada, B.S.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cymbosema roseum mannose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8375
ポリマ－25,3101
非ポリマー5274
水4,720262
1
A: Cymbosema roseum mannose-specific lectin
ヘテロ分子

A: Cymbosema roseum mannose-specific lectin
ヘテロ分子

A: Cymbosema roseum mannose-specific lectin
ヘテロ分子

A: Cymbosema roseum mannose-specific lectin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,34620
ポリマ－101,2404
非ポリマー2,10716
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-182 kcal/mol
Surface area32800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.365, 88.753, 90.626
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-520-

HOH

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Cymbosema roseum mannose-specific lectin


分子量: 25309.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cymbosema roseum (マメ科) / 参照: UniProt: D5MNX4, UniProt: P86184*PLUS
#4: 糖 ChemComp-XMM / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannopyranoside / (2R,3S,4S,5S,6R)-2-(5-BROMO-4-CHLORO-1H-INDOL-3-YLOXY)-TETRAHYDRO-6-(HYDROXYMETHYL)-2H-PYRAN-3,4,5-TRIOL / (5-BROMO-4-CHLORO-3-INDOLYL)-Alpha-D-MANNOSE / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl alpha-D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl D-mannoside / 5-bromo-4-chloro-1H-indol-3-yl mannoside / 4-クロロ-5-ブロモ-1H-インド-ル-3-イルα-D-マンノピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 408.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H15BrClNO6

-
非ポリマー , 4種, 265分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES sodium, pH 7.5, 20% v/v 2-Propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.459 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月24日
放射モノクロメーター: Double Flat Crystal Monochromator with Fixed-exit
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→50 Å / Num. all: 59772 / Num. obs: 35883 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): -1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.58-1.614.20.207189.7
1.61-1.644.50.19199.9
1.64-1.674.50.162199.9
1.67-1.74.50.1471100
1.7-1.744.50.12199.9
1.74-1.784.60.107199.9
1.78-1.824.60.0911100
1.82-1.874.60.078199.9
1.87-1.934.60.0651100
1.93-1.994.60.0541100
1.99-2.064.50.0471100
2.06-2.144.50.0441100
2.14-2.244.50.0431100
2.24-2.364.50.047199.8
2.36-2.514.40.05199.7
2.51-2.74.30.047199.4
2.7-2.974.50.037199.1
2.97-3.44.70.028198.2
3.4-4.294.70.025196.5
4.29-504.40.028186.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.65 Å26.32 Å
Translation1.65 Å26.32 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MAR345データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→26.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.0979 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.098 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20854 1604 5.1 %RANDOM
Rwork0.18781 ---
obs0.18888 30066 98.7 %-
all-59772 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.454 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.12 Å2-0 Å20 Å2
2---0.48 Å2-0 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→26.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1787 0 26 262 2075
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.021856
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.021687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2721.962540
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.88733902
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.755238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.37224.72272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09715280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.162156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1510.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0280.02411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.267 130 -
Rwork0.253 2219 -
obs--99.96 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る