PDB-4my3: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4my3

タイトル

Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida

要素

GCN5-related N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.57 Å

データ登録者

Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida
著者: Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4my3.cif.gz	879.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4my3.ent.gz	760.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4my3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4my3_validation.pdf.gz	482.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4my3_full_validation.pdf.gz	506.9 KB	表示
XML形式データ	4my3_validation.xml.gz	79.6 KB	表示
CIF形式データ	4my3_validation.cif.gz	110.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4my0C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ebv-1 2ozg-1 3ryo-2 4my0-d 6vv0-1 6vv3-1 4jd6-d 3sxo-2 6vux-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103530

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (9) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: GCN5-related N-acetyltransferase

B: GCN5-related N-acetyltransferase

C: GCN5-related N-acetyltransferase

D: GCN5-related N-acetyltransferase

E: GCN5-related N-acetyltransferase

F: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

255 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

A: GCN5-related N-acetyltransferase

B: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: GCN5-related N-acetyltransferase

D: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85.2 kDa, 2 ポリマー
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4

E: GCN5-related N-acetyltransferase

F: GCN5-related N-acetyltransferase

ソフトウェアが定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	89.246, 167.120, 183.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

hexamer as in the asymmetric unit

#1: タンパク質	GCN5-related N-acetyltransferase 分子量: 42526.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_4406 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D2PVF8
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE ...THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE CLEAVED HIS-TAG AND VAL IS AN EXPRESSION ARTIFACT.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.05 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M MES pH 6.5, 10 %(w/v) PEG400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.57→50 Å / Num. all: 90603 / Num. obs: 90603 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 39.98 Å² / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 8.7
反射シェル	解像度: 2.57→2.61 Å / 冗長度: 4.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 4461 / R_sym value: 0.792 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.57→41.966 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.05 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	4161	5.04 %	random
R_work	0.176	-	-	-
obs	0.179	82586	93.96 %	-
all	-	82586	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.57→41.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17709	0	10	401	18120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18215
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.184	24792
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.151	6434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2696
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3280

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.57-2.5992	0.365	79	0.2418	1485	1564	54
2.5992-2.6298	0.3493	94	0.2419	1714	1808	62
2.6298-2.6618	0.3141	107	0.245	2004	2111	73
2.6618-2.6955	0.3349	130	0.2434	2253	2380	82
2.6955-2.731	0.338	128	0.2438	2479	2607	91
2.731-2.7684	0.3077	147	0.2281	2621	2768	96
2.7684-2.8079	0.3383	126	0.2362	2696	2822	97
2.8079-2.8498	0.3142	151	0.228	2685	2836	98
2.8498-2.8944	0.2791	141	0.2263	2720	2861	98
2.8944-2.9418	0.2792	151	0.2248	2718	2869	99
2.9418-2.9925	0.3463	140	0.2335	2737	2877	99
2.9925-3.0469	0.2925	146	0.2215	2700	2846	99
3.0469-3.1055	0.2643	147	0.2096	2716	2863	98
3.1055-3.1689	0.2736	142	0.2026	2709	2851	98
3.1689-3.2378	0.2764	143	0.2067	2688	2831	98
3.2378-3.313	0.246	140	0.2064	2739	2879	98
3.313-3.3959	0.2679	123	0.202	2762	2885	99
3.3959-3.4876	0.3017	139	0.201	2697	2836	99
3.4876-3.5902	0.2515	157	0.1883	2752	2909	99
3.5902-3.706	0.2174	150	0.1727	2750	2900	99
3.706-3.8384	0.2131	162	0.1642	2693	2855	99
3.8384-3.992	0.2267	165	0.1498	2736	2901	99
3.992-4.1735	0.1938	149	0.1427	2750	2899	99
4.1735-4.3933	0.1821	137	0.1337	2778	2915	99
4.3933-4.6682	0.1819	151	0.1281	2760	2911	99
4.6682-5.0281	0.1854	149	0.1316	2766	2915	99
5.0281-5.5331	0.19	124	0.1466	2828	2952	99
5.5331-6.3314	0.227	136	0.1654	2796	2932	98
6.3314-7.968	0.1985	163	0.1601	2813	2976	98
7.968-41.9714	0.1654	144	0.1453	2880	3024	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3099	-0.8234	1.4889	2.8505	1.0129	3.2283	0.1379	0.7872	-0.0785	-0.0971	0.057	-0.7171	0.2372	0.6657	-0.1426	0.3786	0.1578	0.0554	0.577	-0.0262	0.4517	48.7077	-9.3495	-14.3105
2	0.7878	0.4823	-0.0984	2.1198	-0.2316	1.3208	0.196	0.0237	-0.1046	0.3563	-0.0994	-0.246	0.1264	0.2973	-0.0505	0.2265	0.0122	-0.0123	0.2803	-0.0031	0.1862	44.0244	6.071	-9.35
3	2.3683	-0.4663	-0.6002	2.4702	-0.5141	2.9088	0.1271	-0.0064	0.0256	-0.1114	-0.2289	-0.3315	0.1798	0.6023	0.0984	0.2033	-0.0363	0.0393	0.41	0.049	0.2544	53.2834	20.8354	-20.0005
4	0.7617	-0.7179	0.5484	1.2844	-1.257	2.229	-0.1546	-0.1309	0.1327	0.2727	0.0802	-0.1134	-0.2416	-0.0296	0.0573	0.3243	-0.064	-0.0107	0.2354	-0.0148	0.1767	35.7029	18.2082	2.7158
5	0.681	0.0901	-0.6392	2.3155	-0.8993	3.1178	-0.05	0.0452	0.1127	0.036	-0.1308	0.3268	-0.0866	-0.6097	0.0981	0.1277	-0.0137	0.0402	0.2587	-0.0973	0.3227	23.2658	46.5458	-29.7455
6	3.9355	2.2024	-0.7355	2.7519	0.114	1.3423	0.1926	-0.1867	0.4	0.1975	-0.229	0.5119	-0.1862	-0.2694	0.0322	0.2847	-0.0376	0.0588	0.2656	-0.0603	0.2572	14.2233	23.6951	-12.9897
7	0.7302	0.0965	-0.2946	1.6861	-0.1608	0.0856	0.0653	-0.2071	0.0618	0.396	-0.0798	-0.1255	0.0223	0.0533	0.0141	0.3273	-0.0811	-0.0275	0.294	-0.0108	0.1599	35.5432	37.1665	-10.4322
8	1.4109	-0.7233	1.0269	2.3143	-0.6887	2.8769	-0.0964	-0.1117	0.0938	0.0838	-0.008	-0.6253	-0.0948	0.3541	0.0927	0.1435	0.0123	0.0574	0.3343	-0.0017	0.4409	64.0109	17.2969	-48.2054
9	1.2985	1.0711	-0.2352	4.5667	0.9154	1.0882	-0.0647	-0.1665	-0.4486	-0.143	-0.0899	-0.5892	0.116	0.1637	0.1251	0.2744	0.0813	0.0091	0.1973	0.0497	0.3279	45.2104	1.0318	-63.9806
10	1.7022	0.7128	0.3974	2.0978	0.4565	1.4656	-0.201	0.0238	0.2648	-0.8747	0.0067	-0.2556	-0.5465	0.254	0.1325	0.6956	0.0481	0.0166	0.2033	0.0413	0.3157	53.1483	28.807	-67.7934
11	1.7965	0.8713	-0.7028	2.1279	-0.5795	1.5725	-0.0677	-0.0482	0.4795	0.3215	0.1404	0.5228	-0.4013	-0.609	-0.0112	0.2591	0.1733	-0.0577	0.4092	-0.0476	0.3251	5.8624	20.6252	-65.6182
12	0.6307	1.0024	-0.0516	1.28	0.4006	0.3618	-0.107	0.0659	0.0749	-0.1686	0.1157	0.0612	-0.0456	-0.0453	0.0042	0.2481	0.0608	-0.0843	0.1727	-0.0076	0.1854	22.6087	24.091	-66.1636
13	1.6926	0.5192	0.0678	2.2603	1.7187	3.2995	0.0762	0.0057	0.0831	-0.1218	-0.2318	0.2556	-0.2549	-0.2941	0.1082	0.1959	0.043	-0.0241	0.1673	-0.0377	0.2431	28.6699	34.8943	-55.1899
14	0.8224	0.3086	0.7678	1.3677	1.0926	2.9733	-0.0952	0.1246	0.0448	-0.2821	0.0601	-0.0561	-0.1999	0.1365	0.0292	0.2527	0.0469	0.0063	0.1557	-0.0025	0.1736	33.5165	18.9552	-78.2423
15	3.4876	-0.9246	-0.9507	1.1539	-0.3214	1.4491	-0.1135	-0.0965	-0.0506	-0.0002	-0.0236	-0.1633	-0.0344	-0.0272	0.1248	0.2268	0.0483	-0.014	0.1167	-0.0405	0.1956	36.8059	-25.2111	-52.3428
16	0.575	-0.0427	0.823	1.6192	1.0058	3.8244	0.0386	0.0386	-0.0443	0.5416	0.0459	-0.2839	0.4244	0.1877	-0.0518	0.3392	0.0664	-0.0159	0.1993	-0.0138	0.1932	25.8558	-18.2902	-27.3186
17	2.6042	-0.6282	0.3186	1.9429	-0.7986	1.7486	-0.0902	-0.1709	-0.6204	0.0823	0.2357	0.7483	0.3347	-0.4299	-0.0459	0.1593	-0.0274	-0.0101	0.3448	-0.0188	0.425	10.7796	-32.4182	-51.0133
18	3.8388	0.7364	-1.2325	3.2613	-3.2361	7.202	-0.0667	-0.3363	0.364	0.2107	-0.4848	0.1656	-0.84	0.363	0.3675	0.3284	0.0745	-0.0039	0.4804	-0.1839	0.4344	-5.3195	13.4317	-21.6912
19	1.611	-0.4305	0.3363	2.4237	0.7868	2.0007	0.0335	-0.2081	0.1027	0.1922	-0.3675	0.4487	0.039	-0.296	0.2835	0.1616	-0.0434	0.0596	0.4494	-0.0913	0.3488	-5.3761	0.8945	-24.7176
20	-0.0215	0.0917	-0.1251	0.8049	-0.3438	1.8398	0.1136	0.1138	0.1858	-0.0811	-0.1221	0.1848	-0.1013	-0.3238	0.005	0.1325	0.0775	-0.0321	0.3979	-0.0613	0.2306	0.0521	-5.6044	-48.9918
21	2.8448	-0.8004	-0.664	3.28	0.1962	2.2175	0.0847	0.1207	0.4059	-0.0445	-0.1341	-0.0287	-0.0397	-0.0785	0.0264	0.1536	0.0967	0.007	0.3444	-0.0244	0.1305	3.7274	-1.8697	-53.9697
22	1.5206	-0.5258	0.6108	1.7624	0.4891	0.5554	0.0295	0.2123	0.2005	-0.231	-0.0404	-0.1335	0.0592	0.1992	0.0015	0.1452	0.0813	0.0473	0.2742	0.0092	0.1876	15.295	-6.4208	-50.1333
23	2.4137	-0.1887	-0.3984	2.8305	-0.6191	2.2798	0.0174	-0.3486	-0.5625	0.3533	0.0687	0.7537	0.5745	-0.5285	-0.0504	0.3927	-0.1123	0.0662	0.4469	0.0435	0.5112	-4.9814	-22.671	-24.7117
24	2.8951	-0.9604	0.6632	2.1786	-0.199	1.3136	-0.1201	-0.4591	-0.4578	0.4563	0.1642	0.017	0.5265	-0.1352	-0.0543	0.394	-0.02	0.0213	0.222	0.082	0.2762	4.6197	-21.36	-22.948
25	1.9289	0.4181	0.5082	0.1746	-0.3839	3.0177	0.3401	0.0326	-0.4721	0.293	-0.0371	0.4094	0.534	-0.1239	-0.289	0.4224	-0.0402	-0.0179	0.2908	-0.0928	0.4318	3.8344	-20.9321	-30.0412

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 161 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 162 through 263 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 264 through 389 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -2 through 131 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 132 through 243 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 244 through 389 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 4 through 131 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 132 through 263 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 264 through 389 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 4 through 72 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 73 through 178 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 179 through 258 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 259 through 389 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 4 through 131 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 132 through 281 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 282 through 389 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 4 through 30 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'F' and (resid 31 through 131 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 132 through 197 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 198 through 242 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 243 through 272 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'F' and (resid 273 through 337 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'F' and (resid 338 through 360 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'F' and (resid 361 through 389 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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