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- PDB-4my2: Crystal Structure of Norrin in fusion with Maltose Binding Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4my2
タイトルCrystal Structure of Norrin in fusion with Maltose Binding Protein
要素Maltose-binding periplasmic protein, Norrin fusion protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Cystine-knot growth factor / Wnt signaling / Cysteine-rich protein / Angiogenesis / Eye development / Wnt/beta-catenin signaling / Frizzled 4 receptor / Lrp5/6 / extracellular / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / glycine metabolic process / retina layer formation ...retina blood vessel maintenance / cone retinal bipolar cell differentiation / Norrin signaling pathway / extracellular matrix-cell signaling / re-entry into mitotic cell cycle / retinal blood vessel morphogenesis / retinal rod cell differentiation / ubiquitin-dependent endocytosis / glycine metabolic process / retina layer formation / retinal pigment epithelium development / endothelial cell differentiation / microglial cell proliferation / dendritic spine development / establishment of blood-retinal barrier / vacuole organization / protein targeting to lysosome / microglia differentiation / establishment of blood-brain barrier / optic nerve development / frizzled binding / retinal ganglion cell axon guidance / lens development in camera-type eye / smoothened signaling pathway / exploration behavior / decidualization / action potential / blood vessel remodeling / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / canonical Wnt signaling pathway / response to axon injury / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / tricarboxylic acid cycle / visual perception / glutathione metabolic process / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cytokine activity / nervous system development / mitotic cell cycle / : / outer membrane-bounded periplasmic space / neuron apoptotic process / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription by RNA polymerase II / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / protein ubiquitination / inflammatory response / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine ...Norrie disease protein / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Ribbon / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Norrin
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Ke, J. / Jurecky, C. / Chen, C. / Gu, X. / Parker, N. / Williams, B.O. / Melcher, K. / Xu, H.E.
引用ジャーナル: Genes Dev. / : 2013
タイトル: Structure and function of Norrin in assembly and activation of a Frizzled 4-Lrp5/6 complex.
著者: Ke, J. / Harikumar, K.G. / Erice, C. / Chen, C. / Gu, X. / Wang, L. / Parker, N. / Cheng, Z. / Xu, W. / Williams, B.O. / Melcher, K. / Miller, L.J. / Xu, H.E.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein, Norrin fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1772
ポリマ-52,8351
非ポリマー3421
3,351186
1
A: Maltose-binding periplasmic protein, Norrin fusion protein
ヘテロ分子

A: Maltose-binding periplasmic protein, Norrin fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,3554
ポリマ-105,6702
非ポリマー6852
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area42620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.458, 79.022, 104.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1362-

HOH

21A-1390-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein, Norrin fusion protein / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Norrie disease protein / X-linked exudative ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Norrie disease protein / X-linked exudative vitreoretinopathy 2 protein


分子量: 52835.168 Da / 分子数: 1
断片: Maltose binding protein (UNP residues 26-392), Norrin (UNP residues 30-133) fusion protein
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, NDP / プラスミド: pETDUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q00604
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 15% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月10日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 19865 / Num. obs: 19865 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 41.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.883 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2831 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C4M
解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.236 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.524 / ESU R Free: 0.261 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2374 1015 5.1 %RANDOM
Rwork0.20657 ---
all0.2082 18844 --
obs0.20816 18833 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.598 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.48 Å20 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3688 0 23 186 3897
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.023805
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.9695157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0175473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54624.756164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.0515646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1941516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212864
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 70 -
Rwork0.314 1244 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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