PDB-4my0: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4my0

タイトル

Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida

要素

GCN5-related N-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha-beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Kribbella flavida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of GCN5-related N-acetyltransferase from Kribbella flavida
著者: Kim, Y. / Mack, J. / Endres, M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4my0.cif.gz	892.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4my0.ent.gz	772.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4my0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4my0_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4my0_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	4my0_validation.xml.gz	87.1 KB	表示
CIF形式データ	4my0_validation.cif.gz	119.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4my0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4my3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4my3-d 2ozg-1 4jd6-d 6vux-1 6rft-d 6vuz-1 5ebv-1 6vuu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC103530

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (9) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (3)

登録構造単位

A: GCN5-related N-acetyltransferase

B: GCN5-related N-acetyltransferase

C: GCN5-related N-acetyltransferase

D: GCN5-related N-acetyltransferase

E: GCN5-related N-acetyltransferase

F: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

261 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: GCN5-related N-acetyltransferase

B: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: GCN5-related N-acetyltransferase

D: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

E: GCN5-related N-acetyltransferase

F: GCN5-related N-acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
87 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.138, 166.518, 183.613
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

詳細

hexamer as in the asymmetric unit

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	GCN5-related N-acetyltransferase 分子量: 42526.875 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kribbella flavida (バクテリア) / 株: DSM 17836 / 遺伝子: Kfla_4406 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: D2PVF8

-
非ポリマー , 5種, 726分子

#2: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-AC8 / [(2R,3R,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-bis(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methyl (3R)-3-hydroxy-2,2-dimethyl-4-oxo-4-({3-oxo-3-[(2-sulfanylethyl)amino]propyl}amino)butyl dihydrogen diphosphate 分子量: 847.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₇N₇O₁₉P₄S
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

配列の詳細	THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE ...THE AUTHOR STATES THAT THE N-TERMINAL SER ASN ALA ARE CLONING ARTIFACTS THAT ARE RESIDUAL OF THE CLEAVED HIS-TAG AND VAL IS AN EXPRESSION ARTIFACT.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.44 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris pH 8.5, 16 %(w/v) PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 163672 / Num. obs: 163672 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.48 Å² / R_sym value: 0.097 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7869 / R_sym value: 0.625 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
RESOLVE		モデル構築
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1161)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.101→36.909 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	8198	5.02 %	random
R_work	0.1663	-	-	-
obs	0.168	163379	99.24 %	-
all	-	163379	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.101→36.909 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17731	0	352	712	18795

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	18584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.249	25342
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.34	6600
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.109	2742
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3307

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
2.1005-2.1244	0.2524	227	0.2288	4391	4618	86
2.1244-2.1494	0.2761	284	0.221	5012	5296	97
2.1494-2.1756	0.2744	283	0.2149	5029	5312	98
2.1756-2.2031	0.2537	261	0.2122	5113	5374	99
2.2031-2.2321	0.2593	303	0.2061	5125	5428	100
2.2321-2.2627	0.2577	289	0.2141	5169	5458	100
2.2627-2.295	0.2544	268	0.1964	5150	5418	100
2.295-2.3292	0.2513	252	0.1893	5142	5394	100
2.3292-2.3656	0.2292	262	0.1885	5246	5508	100
2.3656-2.4044	0.2301	269	0.1881	5114	5383	100
2.4044-2.4459	0.2251	272	0.1878	5229	5501	100
2.4459-2.4903	0.2413	279	0.191	5175	5454	100
2.4903-2.5382	0.2252	289	0.1907	5135	5424	100
2.5382-2.59	0.2309	271	0.189	5165	5436	100
2.59-2.6463	0.2509	265	0.1877	5213	5478	100
2.6463-2.7078	0.2359	280	0.1837	5187	5467	100
2.7078-2.7755	0.2415	279	0.1866	5179	5458	100
2.7755-2.8506	0.2447	255	0.1969	5196	5451	100
2.8506-2.9344	0.2154	255	0.1879	5231	5486	100
2.9344-3.0291	0.243	275	0.1923	5208	5483	100
3.0291-3.1373	0.2185	285	0.1802	5182	5467	100
3.1373-3.2628	0.2228	249	0.1809	5263	5512	100
3.2628-3.4112	0.2153	279	0.1732	5214	5493	100
3.4112-3.5909	0.1974	276	0.1608	5218	5494	100
3.5909-3.8157	0.1811	273	0.1475	5261	5534	100
3.8157-4.11	0.1625	274	0.1351	5247	5521	100
4.11-4.5229	0.1442	284	0.125	5270	5554	100
4.5229-5.1758	0.1614	261	0.1245	5334	5595	100
5.1758-6.5152	0.1669	289	0.1519	5350	5639	100
6.5152-36.9144	0.1576	310	0.1425	5433	5743	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2738	-0.9834	-0.898	1.5298	0.7054	1.4249	0.018	-0.1524	0.2078	0.118	0.1197	-0.5014	-0.2167	0.2905	-0.1245	0.2792	-0.0739	-0.1195	0.2534	-0.0113	0.3315	34.7465	19.2297	66.5842
2	0.5003	0.0208	0.5631	1.2505	-1.0541	2.4936	0.0207	-0.0764	0.0184	0.3101	-0.0256	-0.0578	-0.1834	-0.0117	0.0079	0.2317	0.0116	-0.0285	0.1786	-0.0027	0.1756	13.014	26.7101	66.0008
3	0.9505	0.3698	0.6466	1.1132	0.3039	2.1669	-0.0179	-0.065	-0.0109	0.1193	0.0897	0.344	0.0834	-0.4156	-0.0303	0.1472	0.0224	0.0677	0.3259	0.0921	0.3345	-19.6304	13.8622	50.8209
4	1.0933	-0.7438	-0.2461	2.6808	-0.0495	0.8721	-0.017	-0.0502	0.0409	0.4181	0.0306	0.1491	-0.14	-0.1642	-0.007	0.2403	0.0085	0.0164	0.2167	-0.0015	0.1446	-2.9469	12.2036	66.5606
5	0.8631	0.2364	0.0213	1.106	0.1972	3.1469	-0.0673	0.0772	0.1375	-0.1072	-0.0103	-0.1513	-0.2911	0.3055	0.0662	0.2058	-0.0187	-0.0073	0.217	0.0795	0.2499	16.5084	44.0544	27.4553
6	1.4388	-0.9658	0.0765	1.8431	-0.3025	0.3615	-0.0583	0.1961	0.0398	-0.2938	0.0213	-0.0209	0.0286	-0.0702	0.0341	0.283	-0.0427	0.0105	0.2721	0.0396	0.1486	13.2116	28.3918	9.9902
7	1.0805	-0.7574	0.4477	1.8898	-0.6237	0.8901	0.0669	0.0598	-0.2577	-0.593	0.1538	0.4848	0.3394	-0.3582	-0.1715	0.5133	-0.1581	-0.1463	0.4042	0.0146	0.298	-2.9541	-6.3305	8.1018
8	1.0336	-0.013	-0.5024	0.8884	0.135	1.7859	-0.0016	0.278	0.0692	-0.3763	0.0653	0.1585	0.1385	-0.277	-0.0658	0.3378	-0.0605	-0.0899	0.3291	0.09	0.2309	-4.6937	16.4501	10.5114
9	1.5108	-0.366	0.1403	1.3316	-0.5292	1.0015	-0.0417	0.095	0.1163	-0.3021	-0.1182	-0.7521	0.0487	0.2808	0.1381	0.2679	-0.0005	0.2	0.3266	0.0257	0.5372	47.3721	4.3382	20.5377
10	2.31	0.6113	-0.3464	1.3592	0.9873	1.9911	0.0099	-0.1319	0.0133	-0.0074	0.0794	-0.4639	0.0294	0.3751	-0.0687	0.1522	0.0078	-0.0001	0.276	0.0315	0.4054	44.1765	-1.9552	47.6858
11	1.0466	-0.0236	-0.2932	0.968	0.2084	1.5905	-0.0368	0.1884	-0.2958	-0.1554	-0.076	-0.4242	0.3863	0.0945	0.0802	0.2762	0.0362	0.1168	0.2294	-0.0019	0.5226	42.0928	-16.7054	30.309
12	2.2762	-0.0986	-0.8206	2.0596	0.6059	1.6749	-0.1339	0.0061	-0.2659	0.092	-0.0663	0.0655	0.2269	-0.0797	0.1933	0.2188	-0.0455	0.0142	0.1308	0.0015	0.1671	8.2874	-26.3106	52.4983
13	0.3942	0.1337	0.3514	1.26	-0.8177	2.3332	-0.0303	0.0961	-0.126	-0.3628	0.0806	-0.0685	0.3165	-0.005	-0.0492	0.2425	-0.0351	0.0685	0.1975	-0.0234	0.2206	18.8535	-19.6741	28.3122
14	1.4843	-0.1829	0.1839	1.6719	-0.213	1.4374	-0.0801	0.0032	-0.3391	0.0692	-0.0041	-0.7802	0.2631	0.3258	0.0507	0.2523	0.0607	0.0105	0.2596	0.0329	0.5914	35.3537	-30.2081	48.2545

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 134 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 135 through 389 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 4 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 135 through 389 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid -2 through 134 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 135 through 389 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 4 through 134 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 135 through 389 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'E' and (resid 4 through 134 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'E' and (resid 135 through 229 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'E' and (resid 230 through 389 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'F' and (resid 3 through 110 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'F' and (resid 111 through 272 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'F' and (resid 273 through 389 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 726分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-非ポリマー , 5種, 726分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

-
非ポリマー , 5種, 726分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)