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- PDB-4mxr: Crystal structure of Trypanosoma cruzi formiminoglutamase with Mn2+2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mxr
タイトルCrystal structure of Trypanosoma cruzi formiminoglutamase with Mn2+2
要素Formiminoglutamase
キーワードHYDROLASE / Arginase/deacetylase (a/b) fold
機能・相同性
機能・相同性情報


: / agmatinase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ureohydrolase domain / Ureohydrolase / Arginase family / Arginase family profile. / Arginase; Chain A / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Arginase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Hai, Y. / Dugery, R.-J. / Healy, D. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Formiminoglutamase from trypanosoma cruzi is an arginase-like manganese metalloenzyme.
著者: Hai, Y. / Dugery, R.J. / Healy, D. / Christianson, D.W.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formiminoglutamase
B: Formiminoglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5867
ポリマ－69,2742
非ポリマー3125
水4,774265
1
A: Formiminoglutamase
ヘテロ分子

A: Formiminoglutamase
ヘテロ分子

A: Formiminoglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,51812
ポリマ－103,9123
非ポリマー6069
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area7160 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area28780 Å2
手法PISA
2
B: Formiminoglutamase
ヘテロ分子

B: Formiminoglutamase
ヘテロ分子

B: Formiminoglutamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2419
ポリマ－103,9123
非ポリマー3306
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6300 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area28790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.922, 128.922, 85.377
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-619-

HOH

21B-569-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Formiminoglutamase


分子量: 34637.227 Da / 分子数: 2 / 変異: S302P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: pET vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DSA0, formimidoylglutamase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.6 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: A 4 UL drop of protein solution [10 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 100 UM MnCl2, 1 mM TCEP] was mixed with a 4 UL drop of precipitant solution [31% PEG 300, 0.1 M sodium acetate (pH 4. ...詳細: A 4 UL drop of protein solution [10 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 100 UM MnCl2, 1 mM TCEP] was mixed with a 4 UL drop of precipitant solution [31% PEG 300, 0.1 M sodium acetate (pH 4.9)] on a siliconized cover slide and equilibrated against a 500 UL reservoir of precipitant solution at 294K. The yielded crystal is apo. To obtain the Mn2+2 bound form, this apo-crystal was soaked with 5 mM MnCl2 in 0.1 M sodium malonate (pH 8.0), 27% PEG 3350) for 24 hours, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Yale Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 44906 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 14.162
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2.013 / Rsym value: 0.438 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER(CCP4)位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2A0M

2a0m


解像度: 1.849→21.964 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2169 2123 5.03 %random
Rwork0.1865 ---
obs0.1882 42190 93.23 %-
all-44906 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.001 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.9726 Å20 Å20 Å2
2---1.9726 Å2-0 Å2
3---4.0766 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→21.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4552 0 10 265 4827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044685
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7956334
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7371699
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059676
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004848
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8485-1.89150.30771330.24042428X-RAY DIFFRACTION85
1.8915-1.93880.32391200.25292426X-RAY DIFFRACTION85
1.9388-1.99110.26221400.23192624X-RAY DIFFRACTION91
1.9911-2.04970.27431250.20562551X-RAY DIFFRACTION89
2.0497-2.11580.27291270.21822633X-RAY DIFFRACTION92
2.1158-2.19140.2311330.19822698X-RAY DIFFRACTION94
2.1914-2.2790.24521270.20612635X-RAY DIFFRACTION91
2.279-2.38260.24591510.1982687X-RAY DIFFRACTION95
2.3826-2.50810.24171430.19222741X-RAY DIFFRACTION96
2.5081-2.6650.24811440.18762753X-RAY DIFFRACTION95
2.665-2.87030.25571440.1992737X-RAY DIFFRACTION97
2.8703-3.15840.23551630.19942795X-RAY DIFFRACTION97
3.1584-3.61370.21241510.17522795X-RAY DIFFRACTION98
3.6137-4.54620.15061700.14462784X-RAY DIFFRACTION98
4.5462-21.96530.16661520.1592780X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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