PDB-4mxi: ClpP Ser98dhA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mxi

タイトル

ClpP Ser98dhA

要素

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

キーワード

HYDROLASE / serine protease / ClpP / inhibition / complex disassembly / dehydroalanine

機能・相同性

機能・相同性情報

endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / ATPase binding / serine-type endopeptidase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gersch, M. / Kolb, R. / Alte, F. / Groll, M. / Sieber, S.A.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Disruption of Oligomerization and Dehydroalanine Formation as Mechanisms for ClpP Protease Inhibition.
著者: Gersch, M. / Kolb, R. / Alte, F. / Groll, M. / Sieber, S.A.

履歴

登録	2013年9月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mxi.cif.gz	478.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mxi.ent.gz	399.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mxi_validation.pdf.gz	491.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mxi_full_validation.pdf.gz	506.4 KB	表示
XML形式データ	4mxi_validation.xml.gz	47 KB	表示
CIF形式データ	4mxi_validation.cif.gz	63.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/4mxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/4mxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v5eS 3qwd 3v5i S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4u0h-1 3tt6-1 3qwd-1 2ce3-d 5lkm-1 6x60-1 1yg8-2 5g1r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

151 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

A: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

B: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

C: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

D: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

E: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

F: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

G: ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
301 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.590, 121.590, 402.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(0.709765, 0.24549, -0.66028), (-0.48551, 0.849611, -0.206014), (0.510406, 0.466793, 0.722211)	-3.66774, -17.58878, 24.16226
3	given	(0.018077, 0.078024, -0.996788), (-0.871265, 0.490294, 0.022578), (0.490481, 0.868058, 0.076843)	-28.79942, -35.86079, 30.35469
4	given	(-0.529207, -0.40974, -0.743003), (-0.844983, 0.174931, 0.505374), (-0.077098, 0.895272, -0.438798)	-53.42167, -39.79187, 12.1343
5	given	(-0.538497, -0.836192, -0.103943), (-0.427814, 0.165041, 0.888671), (-0.725945, 0.523015, -0.446609)	-60.3382, -27.00587, -13.62388
6	given	(0.017776, -0.891265, 0.453134), (0.088259, 0.452835, 0.887215), (-0.995939, 0.024222, 0.086712)	-43.74946, -6.09324, -30.77821
7	given	(0.700596, -0.512596, 0.496398), (0.260651, 0.831434, 0.490691), (-0.664249, -0.214389, 0.716108)	-17.14678, 5.00339, -23.44411

#1: タンパク質	ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp 分子量: 21518.516 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: NCTC 8325 / 遺伝子: clpP, SAOUHSC_00790 / プラスミド: pET301 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2G036, endopeptidase Clp
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

ATP-dependent Clp protease proteolytic subunit / Endopeptidase Clp

分子量: 21518.516 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: clpP, SAOUHSC_00790 / プラスミド: pET301 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2G036, endopeptidase Clp

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 417 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 0.1 M Citric acid, 2.0 M (NH4)2SO4, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日
放射	モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit. Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→30 Å / Num. all: 79234 / Num. obs: 79191 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 23.34
反射シェル	解像度: 2.3→2.4 Å / R_merge(I) obs: 0.589 / Mean I/σ(I) obs: 4.85 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3V5E

3v5e

解像度: 2.3→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 12.456 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22075	3960	5 %	RANDOM
R_work	0.19618	-	-	-
all	0.199	79190	-	-
obs	0.19741	75230	99.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.472 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.91 Å²	0.91 Å²	-0 Å²
2-	-	0.91 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9217	0	0	417	9634

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.019	9333
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9229
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.89	1.97	12546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.956	3	21231
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.076	5	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.022	25.448	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.546	15	1740
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.964	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	1470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	10467
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1964
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.489	3	18561
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	30.968	5	155
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.69	5	18708

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.358 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	280	-
R_work	0.23	5315	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9643	-0.1069	0.2494	0.415	-0.2728	0.6885	-0.0991	-0.0591	-0.0442	0.0986	0.0911	0.0741	-0.1207	0.1443	0.008	0.1754	-0.0432	0.0629	0.1299	0.0254	0.0393	-29.3699	40.5533	14.2128
2	1.786	0.2731	0.4463	1.1179	-0.0724	0.2453	-0.1967	-0.0543	0.1025	-0.1108	0.1247	0.0614	-0.0414	0.0093	0.072	0.101	-0.0389	0.0108	0.0478	0.0065	0.1234	-51.1935	38.7261	-2.1207
3	1.0496	-0.0624	-0.304	1.2088	0.0064	0.684	-0.0138	-0.0344	0.0709	-0.1325	0.0513	0.0332	-0.0527	0.0032	-0.0375	0.07	-0.0295	-0.014	0.0211	-0.0102	0.1577	-74.4782	23.6467	0.8726
4	0.8589	-0.0206	-0.1425	0.6968	-0.3713	1.0909	0.0096	-0.0008	-0.0456	0.1098	0.0808	0.1152	-0.1405	-0.0468	-0.0905	0.1766	0.0228	0.0305	0.01	0.0131	0.1168	-80.8197	6.305	21.5297
5	0.3484	0.2654	0.1818	0.5159	-0.0326	0.7529	0.0116	-0.0043	-0.0527	-0.105	-0.0263	0.0547	-0.0898	-0.0088	0.0148	0.2035	0.1073	-0.0134	0.0754	0.0275	0.0712	-66.2361	0.1081	44.1858
6	0.6017	0.3516	-0.2322	0.4185	-0.1997	0.4086	-0.0048	0.0066	-0.0018	0.0232	-0.016	0.0065	0.0553	0.117	0.0208	0.174	0.0562	0.0396	0.0895	0.0527	0.0593	-40.9929	9.4178	51.9226
7	0.7509	0.3716	-0.6163	0.974	-0.1185	1.5055	0.0153	-0.0828	0.0364	0.1101	0.0741	0.075	0.0412	0.2816	-0.0894	0.129	-0.0109	0.0492	0.1293	0.0099	0.0442	-24.5987	27.6937	38.6645

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	19 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	19 - 192
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	19 - 194
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	18 - 192
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	18 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	18 - 192
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	18 - 193

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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