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- PDB-4mx9: CDPK1 from Neospora caninum in complex with inhibitor UW1294 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mx9
タイトルCDPK1 from Neospora caninum in complex with inhibitor UW1294
要素Calmodulin-like domain protein kinase isoenzyme gamma, related
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2E8 / Calmodulin-like domain protein kinase isoenzyme gamma, related
類似検索 - 構成要素
生物種Neospora caninum (ネオスポラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Merritt, E.A.
引用
ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Neospora caninum Calcium-Dependent Protein Kinase 1 Is an Effective Drug Target for Neosporosis Therapy.
著者: Ojo, K.K. / Reid, M.C. / Kallur Siddaramaiah, L. / Muller, J. / Winzer, P. / Zhang, Z. / Keyloun, K.R. / Vidadala, R.S. / Merritt, E.A. / Hol, W.G. / Maly, D.J. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Hemphill, A.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors.
著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2013年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-like domain protein kinase isoenzyme gamma, related
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,5002
ポリマ－55,0841
非ポリマー4171
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.380, 73.141, 66.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.840, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as AU

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-like domain protein kinase isoenzyme gamma, related


分子量: 55083.688 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 22-506 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neospora caninum (ネオスポラ) / 株: Liverpool / 遺伝子: CDPK1, NCLIV_011980, XP_003880764 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: F0V9W9, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2E8 / 3-(6-ethoxynaphthalen-2-yl)-1-[(1-methylpiperidin-4-yl)methyl]-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 416.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H28N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.35 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: protein solution: 25 mM HEPES pH 7.0, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT, 20 mM EGTA, 3mg/ml protein, 0.2 mM UW1294, 1% DMSO; crystallization buffer: 30% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, 0.1 ...詳細: protein solution: 25 mM HEPES pH 7.0, 0.5 M NaCl, 5% glycerol, 5 mM DTT, 20 mM EGTA, 3mg/ml protein, 0.2 mM UW1294, 1% DMSO; crystallization buffer: 30% PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, 0.1 M BisTris pH 5.3, 5 mM DTT, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97939 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月6日
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→65.3 Å / Num. obs: 7664 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.264 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Rmerge(I) obs: 0.011 / Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.6 %

解像度 (Å)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique all% possible all
3.1-3.311.53714140492.6
8.77-65.39.192735190.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.29データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4M97

4m97


解像度: 3.1→48.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.891 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.845 / WRfactor Rfree: 0.2885 / WRfactor Rwork: 0.2485 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.7611 / SU B: 67.99 / SU ML: 0.541 / SU R Cruickshank DPI: 0.6214 / SU Rfree: 0.6739 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.674 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2743 336 4.7 %RANDOM
Rwork0.2491 ---
obs0.2502 7197 85.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 209.04 Å2 / Biso mean: 78.5996 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.02 Å2-0 Å22.75 Å2
2--2.3 Å20 Å2
3----4.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→48.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3670 0 31 24 3725
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193813
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023665
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4381.9795145
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9343.0038464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4375471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.61824.945182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.4815725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.011521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.2569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8932.721848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8932.721847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.3714.0682310
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 9 -
Rwork0.398 418 -
all-427 -
obs--66.93 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.27290.63050.01671.75780.42063.53080.0634-0.0878-0.0887-0.068-0.20240.1002-0.2851-0.10140.1390.4810.0521-0.03480.4475-0.00050.4864.1394-21.115-30.0476
21.19720.6884-0.79912.18310.15861.44190.1544-0.06390.09160.368-0.3121-0.14720.0242-0.10050.15780.552-0.0716-0.07930.5247-0.00340.38597.8133-14.5137-8.2019
31.0186-0.34810.99990.7725-0.48251.2788-0.2059-0.47090.4524-0.5053-0.367-0.47420.3875-0.72880.57291.2267-0.11110.31751.0996-0.0980.4651-10.3817-7.6483-29.7512
40.0443-0.1185-0.19040.65521.03321.69950.1473-0.0601-0.003-0.12260.2727-0.2497-0.28370.2177-0.41990.78180.1349-0.13330.81580.11180.3545-10.2116-11.144-53.7662
52.58340.0466-1.13782.1731.82642.07290.50560.09510.76060.6627-0.5670.47120.3114-0.5050.06141.0395-0.0145-0.18980.59-0.14910.6305-20.8527-7.8004-49.1858
65.64793.5788-4.21996.3091-1.08483.93680.3059-0.01550.46730.0618-0.02490.097-0.0329-0.1834-0.2810.5386-0.05250.05730.515-0.10340.4565-16.95862.7402-21.0757
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2A213 - 313
3X-RAY DIFFRACTION3A314 - 373
4X-RAY DIFFRACTION4A374 - 405
5X-RAY DIFFRACTION5A406 - 439
6X-RAY DIFFRACTION6A440 - 506

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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