PDB-4mwg: Crystal structure of Burkholderia xenovorans DmrB apo form: A Cub...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mwg

タイトル

Crystal structure of Burkholderia xenovorans DmrB apo form: A Cubic Protein Cage for Redox Transfer

要素

Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA)

キーワード

OXIDOREDUCTASE / methanopterin / dihydromethanopterin reductase / flavin / protein cage

機能・相同性

機能・相同性情報

catalytic activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Bobik, T.A. / Cascio, D. / Jorda, J. / McNamara, D.E. / Bustos, C. / Wang, T.C. / Rasche, M.E. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure of dihydromethanopterin reductase, a cubic protein cage for redox transfer
著者: Mcnamara, D.E. / Cascio, D. / Jorda, J. / Bustos, C. / Wang, T.C. / Rasche, M.E. / Yeates, T.O. / Bobik, T.A.

履歴

登録	2013年9月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年2月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月23日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: reflns_shell / software / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.4	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mwg.cif.gz	85.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mwg.ent.gz	66.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mwg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mwg_validation.pdf.gz	432.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mwg_full_validation.pdf.gz	433.9 KB	表示
XML形式データ	4mwg_validation.xml.gz	8.7 KB	表示
CIF形式データ	4mwg_validation.cif.gz	10.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/4mwg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wisC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3wis-1 6b7e-3 6ccm-2 6chm-2 6b7a-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA)

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA)

ヘテロ分子

x 24

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
537 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_556	-x,y,-z+1	1
crystal symmetry operation	4_556	x,-y,-z+1	1
crystal symmetry operation	13_556	y,x,-z+1	1
crystal symmetry operation	14_556	-y,-x,-z+1	1
crystal symmetry operation	15_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	16_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	33_545	y,z-1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	34_545	-y,z-1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	35_555	y,-z+1/2,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	36_555	-y,-z+1/2,x+1/2	1
crystal symmetry operation	41_545	x,z-1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	42_545	-x,z-1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	43_555	-x,-z+1/2,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	44_555	x,-z+1/2,y+1/2	1
crystal symmetry operation	53_455	z-1/2,x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	54_455	z-1/2,-x,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	55_555	-z+1/2,-x,y+1/2	1
crystal symmetry operation	56_555	-z+1/2,x,-y+1/2	1
crystal symmetry operation	69_455	z-1/2,y,-x+1/2	1
crystal symmetry operation	70_455	z-1/2,-y,x+1/2	1
crystal symmetry operation	71_555	-z+1/2,y,x+1/2	1
crystal symmetry operation	72_555	-z+1/2,-y,-x+1/2	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	184.180, 184.180, 184.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	209
Space group name H-M	F432

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- HOH
2	1	A-314- HOH

#1: タンパク質	Putative dihydromethanopterin reductase (AfpA) 分子量: 22103.275 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxeno_B0583, Bxe_B2440, DmrB / プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13QT8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.0M (NH4)2SO4, 20mM Tris HCl pH 8, 100mM NaCl, 5% glycerol, 4mM DTT, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9797 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9797 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.2→65.2 Å / Num. obs: 14076 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 42.68 Å² / R_merge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 57.17

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.2-2.26	0.966	0.598	7.72	22851	1021	981	0.612	96.1
2.26-2.32	0.983	0.451	9.52	25756	971	957	0.459	98.6
2.32-2.39	0.987	0.343	12.53	25966	970	970	0.349	100
2.39-2.46	0.994	0.249	16.44	24924	946	946	0.254	100
2.46-2.54	0.995	0.217	19.05	23469	896	896	0.221	100
2.54-2.63	0.997	0.18	22.09	22442	892	892	0.183	100
2.63-2.73	0.997	0.157	25.46	20062	860	856	0.161	99.5
2.73-2.84	0.999	0.11	34.51	22050	820	820	0.112	100
2.84-2.97	0.999	0.079	46.36	21473	806	806	0.081	100
2.97-3.11	1	0.06	59.01	19872	752	752	0.061	100
3.11-3.28	1	0.047	74.41	18922	739	739	0.048	100
3.28-3.48	1	0.04	81.84	16005	689	689	0.041	100
3.48-3.72	1	0.032	102.97	15937	654	650	0.033	99.4
3.72-4.02	1	0.027	113.07	15210	610	608	0.028	99.7
4.02-4.4	1	0.023	134.48	14526	576	575	0.023	99.8
4.4-4.92	1	0.02	138.78	12378	523	524	0.021	100
4.92-5.68	1	0.022	131.85	10587	469	465	0.023	99.1
5.68-6.96	1	0.022	131.35	9751	404	404	0.023	100
6.96-9.84	1	0.017	149.43	7168	335	335	0.018	100
9.84-65.146	1	0.017	142.89	3927	217	211	0.018	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	dev_1457	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→65.117 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.21 / FOM work R set: 0.8231 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2178	704	5 %	RANDOM
R_work	0.1858	-	-	-
obs	0.1874	14073	99.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 131.49 Å² / B_iso mean: 55.0335 Å² / B_iso min: 23.24 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→65.117 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1347	0	15	29	1391

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	1407
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.018	1923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	221
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.653	503

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.37	0.2849	134	0.2339	2552	2686	98
2.37-2.6085	0.2475	138	0.1898	2621	2759	100
2.6085-2.986	0.2027	139	0.1912	2638	2777	100
2.986-3.7619	0.2194	142	0.1932	2692	2834	100
3.7619-65.146	0.2069	151	0.1729	2866	3017	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 14.6745 Å / Origin y: 39.4659 Å / Origin z: 64.2539 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2717 Å²	0.0507 Å²	0.0172 Å²	-	0.3915 Å²	0.0153 Å²	-	-	0.2508 Å²
L	2.7986 °²	-0.2168 °²	-0.3567 °²	-	5.6526 °²	-0.311 °²	-	-	3.2714 °²
S	-0.0167 Å °	-0.0425 Å °	0.0724 Å °	0.0963 Å °	-0.0541 Å °	0.2962 Å °	-0.3909 Å °	-0.3519 Å °	0.0817 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	12 - 191
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 329

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