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万見
- PDB-4mvs: Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mvs
タイトルStructural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel
要素Ion transport protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Tetrameric / Voltage-gated Ion Channel / Voltage-gated Calcium Channel / Calcium Selective / Transport Protein / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.299 Å
データ登録者Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Payandeh, J. / Martinez, G.Q. / Heard, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium channel.
著者: Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Payandeh, J. / Martinez, G.Q. / Heard, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,25925
ポリマ－109,8344
非ポリマー11,42521
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12470 Å2
ΔGint-158 kcal/mol
Surface area45580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)178.590, 178.650, 131.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 27458.576 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: PFASTBAC DUAL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate, pH4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 100mM Mn2+, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.75 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.299→30 Å / Num. all: 40379 / Num. obs: 40379 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.099
反射 シェル解像度: 3.299→3.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.299→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 17.316 / SU ML: 0.294 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.746 / ESU R Free: 0.412 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26899 2025 5 %RANDOM
Rwork0.2332 ---
obs0.23499 38351 89.04 %-
all-38351 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 98.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20 Å2-0.95 Å2
2--5.33 Å20 Å2
3----1.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.299→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7192 0 193 6 7391
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.027574
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.027500
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.97110276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.855317136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0155872
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.30721.781292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.109151236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7551540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21224
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027972
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021852
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.5489.7273500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.5439.7253499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it14.54414.5564368
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other15.29715.0174369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.02710.0314074
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.52910.3044075
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other13.05515.2725909
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined20.12794.29131555
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other20.12694.29131556
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.299→3.385 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 136 -
Rwork0.278 2933 -
obs--91.72 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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