登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mus |
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タイトル | Crystal structure of vancomycin resistance D,D-dipeptidase/D,D-pentapeptidase VanXYc D59S mutant in complex with D-Ala-D-Ala phosphinate analog |
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要素 | D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase |
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キーワード | HYDROLASE / CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS OF INFECTIOUS DISEASES / CSGID / NATIONAL INSTITUTE OF ALLERGY AND INFECTIOUS DISEASES / NIAID / ALPHA+BETA PROTEIN / METALLOPEPTIDASE / HEDGEHOG/DD-PEPTIDASE FOLD / MEROPS M15B SUBFAMILY / ZN2+-DEPENDENT D / D-DIPEPTIDASE / D-PENTAPEPTIDASE / ANTIBIOTIC RESISTANCE / VANCOMYCIN RESISTANCE |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
carboxypeptidase activity / proteolysis / metal ion binding類似検索 - 分子機能 Peptidase M15B / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 - #10 / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta類似検索 - ドメイン・相同性 Chem-2D8 / Chem-LY0 / D,D-dipeptidase/D,D-carboxypeptidase類似検索 - 構成要素 |
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生物種 | Enterococcus gallinarum (バクテリア) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.675 Å |
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データ登録者 | Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Meziane-Cherif, D. / Di Leo, R. / Yim, V. / Courvalin, P. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) |
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014 タイトル: Structural basis for the evolution of vancomycin resistance D,D-peptidases. 著者: Meziane-Cherif, D. / Stogios, P.J. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Courvalin, P. |
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履歴 | 登録 | 2013年9月23日 | 登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB |
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改定 1.0 | 2013年10月9日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2014年1月22日 | Group: Other |
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改定 1.2 | 2014年4月23日 | Group: Database references |
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改定 1.3 | 2014年5月14日 | Group: Database references |
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改定 1.4 | 2023年9月20日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id |
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