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- PDB-4mu6: Crystal Structure of the N-terminal domain of Effector Protein Le... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mu6
タイトルCrystal Structure of the N-terminal domain of Effector Protein LegC3 from Legionella pneumophila
要素Kinectin 1 (Kinesin receptor)
キーワードUNKNOWN FUNCTION / structural genomics
機能・相同性LegC3 N-terminal, Legionellaceae / LegC3 N-terminal coiled-coil domain / membrane / Kinectin 1 (Kinesin receptor)
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.082 Å
データ登録者Yao, D. / Cherney, M. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of the N-terminal domain of the effector protein LegC3 from Legionella pneumophila.
著者: Yao, D. / Cherney, M. / Cygler, M.
履歴
登録2013年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinectin 1 (Kinesin receptor)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7891
ポリマ－42,7891
非ポリマー00
水3,513195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.874, 150.246, 24.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Kinectin 1 (Kinesin receptor)


分子量: 42789.262 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-367 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / 遺伝子: legC3, lpg1701 / プラスミド: pZL922 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q5ZUU1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.91 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG3300, 0.1MTris-HCl pH8.5, 0.2M tri-potassium citrate, 30mM Di-ammonium hydrogen phosphate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 0.97887 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97887 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 23598 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.144 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.08-2.1810.30.932184.9
2.18-2.2690.789186.1
2.26-2.379.80.58191.4
2.37-2.4910.30.477193.9
2.49-2.65110.33199
2.65-2.8511.20.279197
2.85-3.14120.178198.5
3.14-3.5912.70.127199.1
3.59-4.5212.70.093198.9
4.52-5013.10.07199.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.082→45.499 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2753 1624 8.69 %
Rwork0.2075 --
obs0.2133 22962 91.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.082→45.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2250 0 0 195 2445
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072278
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9853052
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.721901
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004389
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.082-2.1340.30041040.24261091X-RAY DIFFRACTION69
2.134-2.19170.32881270.27881334X-RAY DIFFRACTION82
2.1917-2.25620.50681140.36211200X-RAY DIFFRACTION76
2.2562-2.3290.33371350.27221412X-RAY DIFFRACTION89
2.329-2.41220.32521400.2371466X-RAY DIFFRACTION90
2.4122-2.50880.33231380.22731462X-RAY DIFFRACTION93
2.5088-2.6230.29361500.21671568X-RAY DIFFRACTION97
2.623-2.76130.27271450.2261528X-RAY DIFFRACTION94
2.7613-2.93420.31821530.22731605X-RAY DIFFRACTION99
2.9342-3.16070.31231500.21851573X-RAY DIFFRACTION97
3.1607-3.47870.26741580.20921661X-RAY DIFFRACTION99
3.4787-3.98180.26651550.18151620X-RAY DIFFRACTION98
3.9818-5.01570.19491580.14971655X-RAY DIFFRACTION99
5.0157-45.50990.221690.18441791X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.9159 Å / Origin y: 36.0438 Å / Origin z: 13.7062 Å
111213212223313233
T0.2601 Å2-0.0498 Å20.0019 Å2-0.2137 Å20.0202 Å2--0.1904 Å2
L0.1316 °20.0466 °2-0.0644 °2--0.0116 °2-0.1015 °2---0.0047 °2
S-0.0348 Å °0.0511 Å °-0.0167 Å °-0.0173 Å °0.0816 Å °0.0143 Å °-0.0067 Å °-0.04 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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