PDB-4ms8: 42F3 TCR pCPB9/H-2Ld Complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ms8

タイトル

42F3 TCR pCPB9/H-2Ld Complex

要素

42F3 alpha
42F3 beta
H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
pCPB9

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Ig / TCR MHC

機能・相同性

機能・相同性情報

MHC class Ib protein complex / natural killer cell lectin-like receptor binding / TAP2 binding / TAP1 binding / cis-Golgi network membrane / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / CD8 receptor binding / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.922 Å

データ登録者

Birnbaum, M.E. / Adams, J.J. / Garcia, K.C.

引用

ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structural interplay between germline interactions and adaptive recognition determines the bandwidth of TCR-peptide-MHC cross-reactivity.
著者: Adams, J.J. / Narayanan, S. / Birnbaum, M.E. / Sidhu, S.S. / Blevins, S.J. / Gee, M.H. / Sibener, L.V. / Baker, B.M. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.

履歴

登録	2013年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ms8.cif.gz	269.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ms8.ent.gz	216.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ms8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/4ms8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/4ms8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mvbC 4mxqC 4n0cC 4n5eC 3tf7 3tfk 3tjh 3tpu C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mvb-d 4mxq-d 4n5e-d 5y79-d 5iob-4 3tpu-1 4n0c-2 3c2y-1 3tjh-d 6yry-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2)

登録構造単位

C: 42F3 alpha

D: 42F3 beta

A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain

B: pCPB9

72.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	175.260, 60.620, 70.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: 抗体	42F3 alpha 分子量: 23383.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	42F3 beta 分子量: 27248.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain 分子量: 21115.303 Da / 分子数: 1 / Mutation: F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897
#4: タンパク質・ペプチド	pCPB9 分子量: 938.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 4000, 100mM TRIS pH8, 200mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 102 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年1月6日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.92→69.71 Å / Num. all: 55671 / Num. obs: 52108 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.043
反射シェル	解像度: 1.92→2.03 Å / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.922→34.854 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	2657	5.1 %
R_work	0.1805	-	-
obs	0.1825	52067	93.07 %
all	-	55944	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.922→34.854 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4813	0	0	456	5269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	4952
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.575	6716
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.074	1761
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.126	703
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	873

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.922-1.9569	0.2822	129	0.2456	2699	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9569-1.9946	0.3066	149	0.2328	2633	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9946-2.0353	0.2653	139	0.2191	2625	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0353-2.0795	0.245	145	0.2128	2604	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0795-2.1279	0.2203	147	0.1999	2604	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1279-2.1811	0.2316	135	0.1925	2426	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1811-2.2401	0.2543	147	0.1967	2669	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2401-2.306	0.2543	122	0.1967	2713	X-RAY DIFFRACTION	97
2.306-2.3804	0.2425	140	0.2001	2683	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3804-2.4654	0.2473	135	0.2007	2578	X-RAY DIFFRACTION	93
2.4654-2.5641	0.2332	126	0.1965	2553	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5641-2.6808	0.2441	143	0.1997	2442	X-RAY DIFFRACTION	88
2.6808-2.8221	0.2745	142	0.2116	2723	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8221-2.9988	0.2686	135	0.1954	2649	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9988-3.2302	0.2143	143	0.1829	2571	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2302-3.5549	0.2159	129	0.1733	2516	X-RAY DIFFRACTION	89
3.5549-4.0687	0.1948	146	0.1552	2660	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0687-5.1235	0.169	154	0.137	2426	X-RAY DIFFRACTION	86
5.1235-34.8599	0.2001	151	0.1777	2636	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7884	-0.1005	-1.4963	3.7638	-0.0134	3.5718	-0.0556	0.1616	-0.0228	0.0345	0.1626	0.0756	0.1915	-0.0205	-0.1184	0.2473	-0.0045	-0.0126	0.1921	-0.0146	0.1748	47.5896	-18.8534	11.6575
2	5.1924	0.9523	-3.0303	2.4559	-0.198	4.0892	-0.0907	-0.1717	-0.3598	0.08	-0.0413	-0.0923	0.2958	0.1287	0.0551	0.2902	0.0229	-0.0129	0.224	0.0079	0.2031	40.0519	-15.6561	16.062
3	4.7043	-1.3874	-0.0595	9.0845	-0.0945	4.3926	-0.0097	0.4852	0.0652	0.1514	-0.1897	0.4244	0.5006	-0.6303	0.1382	0.367	-0.1224	0.0583	0.4289	-0.0027	0.2761	20.612	-9.9305	28.5964
4	5.6631	1.4247	-2.8781	5.0918	-0.7713	5.8804	-0.2835	0.7091	-0.3195	0.0935	0.1391	1.2508	0.4319	-1.4162	0.2018	0.4475	-0.1345	0.0657	0.8682	-0.0662	0.7335	11.073	-9.8553	25.7767
5	3.969	-1.9261	-0.3413	3.9071	0.936	1.9113	-0.0503	0.0504	0.4751	0.1364	0.1768	-0.6889	-0.1676	0.255	-0.0696	0.2707	-0.0497	-0.0031	0.2125	-0.028	0.2957	52.9055	5.0455	13.3315
6	2.2562	-0.5818	-2.492	1.9085	1.5108	3.1585	-0.1532	0.1225	0.3358	0.2967	0.2705	-0.0333	-0.3536	-0.2468	-0.0584	0.323	-0.0085	0.0129	0.1879	0.0293	0.1835	41.1331	6.4352	17.7977
7	2.0728	0.4191	0.1721	1.6374	0.8935	3.1301	0.0558	0.0452	0.0985	0.238	0.0118	0.1461	-0.1337	-0.3484	-0.0965	0.337	0.0337	0.0592	0.1974	0.0204	0.2337	27.667	1.9433	32.6485
8	6.446	1.4193	2.1637	8.5297	2.9932	7.6893	-0.2469	0.1315	1.0641	-0.2756	0.2352	-0.2152	-0.0172	0.5616	0.1532	0.1652	0.0354	-0.0158	0.4472	0.0556	0.4415	81.0079	-14.4984	-2.0019
9	6.0592	1.5706	3.0389	1.4497	0.962	5.4733	-0.5299	-0.5434	2.162	0.3605	0.1869	-0.2006	-0.4978	0.5248	0.3617	0.3169	0.0896	-0.1692	0.5999	-0.0775	1.0447	82.8072	-4.2483	2.5481
10	1.552	-0.4315	-1.2362	4.1182	0.1594	4.7999	-0.1884	0.2865	2.0425	0.0412	-0.0117	0.1057	-0.5327	0.4082	0.0054	0.3733	-0.0576	-0.1032	0.5671	0.2898	1.3085	81.761	-2.6928	-4.8023
11	4.9321	-2.5734	0.2642	1.5945	-0.551	0.6901	-0.091	0.6962	1.0928	-0.2687	-0.2107	-0.1029	-0.354	0.24	0.2724	0.527	-0.059	-0.2193	1.1518	0.5848	1.1565	76.6119	-5.765	-15.3361
12	1.9971	-0.4825	-0.5748	0.6569	0.1351	0.2444	-0.28	-0.3809	1.6594	0.1191	0.0939	-0.2265	-0.4788	0.0871	0.91	0.3852	0.15	-0.3958	0.6031	-0.285	1.4778	73.4626	-1.7421	5.9439
13	2.1268	0.1429	1.0618	1.0647	-0.7844	4.0661	-0.179	-0.726	0.3958	0.2102	0.0509	-0.2659	0.1809	0.4471	0.1095	0.2052	0.0814	-0.0232	0.6514	-0.1412	0.4731	79.7326	-17.127	6.5753
14	0.8464	-0.2703	1.3757	2.8974	-0.4471	2.9412	-0.1216	-1.2692	-0.0246	0.5043	0.1533	0.0612	0.3084	0.6513	0.0717	0.307	0.0932	0.062	0.8383	-0.0575	0.3243	72.0245	-20.1143	13.7447
15	0.4329	1.2786	-1.0015	8.085	-1.51	2.8409	-0.3535	1.3067	1.3458	-0.741	0.0543	0.5729	-0.175	0.0519	0.2254	0.2455	-0.0508	-0.089	0.7401	0.1769	0.4391	72.5288	-15.346	-10.1221
16	1.9061	-0.37	-0.9887	0.5838	0.23	1.6608	-0.0497	-0.8064	1.0797	0.1195	-0.1024	0.0667	-0.2366	-0.0302	0.0334	0.192	0.1332	-0.1065	0.5972	-0.3449	0.7666	70.4439	-9.1831	8.4869

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 2 through 93 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 94 through 120 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 121 through 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 178 through 200 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 3 through 96 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 97 through 120 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 121 through 241 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 0 through 12 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 13 through 28 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 29 through 49 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 50 through 56 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 57 through 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 84 through 126 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 127 through 162 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 163 through 175 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 1 through 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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