PDB-4ms2: Structural basis of Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ms2

タイトル

Structural basis of Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium channel

要素

Ion transport protein

キーワード

METAL TRANSPORT / Tetrameric / Voltage-gated Ion Channel / Voltage-gated Calcium Channel / Calcium Selective / Transport protein / Membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

voltage-gated sodium channel complex / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel activity / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arcobacter butzleri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Payandeh, J. / Martinez, G.Q. / Heard, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium channel.
著者: Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Payandeh, J. / Martinez, G.Q. / Heard, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.

履歴

登録	2013年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月18日	Group: Database references
改定 1.2	2014年1月15日	Group: Database references
改定 1.3	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ms2.cif.gz	206.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ms2.ent.gz	167.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ms2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ms2_validation.pdf.gz	4.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ms2_full_validation.pdf.gz	4.7 MB	表示
XML形式データ	4ms2_validation.xml.gz	45.9 KB	表示
CIF形式データ	4ms2_validation.cif.gz	56.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/4ms2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/4ms2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mtfC 4mtgC 4mtoC 4mvmC 4mvoC 4mvqC 4mvrC 4mvsC 4mvuC 4mvzC 4mw3C 4mw8C 3rvyS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mvu-d 4mw3-d 4mvr-d 5kmf-d 6c1k-1 4mtf-d 4mvq-d 4mtg-d 4mw8-d 6c1e-1 6keb-d 5kmd-d 4mvm-d 4mto-d 6c1p-d 5kmh-d 3rvz-1 4mvz-d 4mvo-d 6mvy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#243 - 2020年3月電位依存性ナトリウムチャネル (Voltage-gated Sodium Channels) 類似性 (4) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ion transport protein

B: Ion transport protein

C: Ion transport protein

D: Ion transport protein

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.790, 177.540, 131.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.69, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Ion transport protein 分子量: 27457.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア) 株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: PFASTBAC DUAL / 発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物	ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / ジミリストイルホスファチジルコリン分子量: 678.940 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₃NO₈P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 84.4 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75 詳細: 0.1M Na-citrate, pH 4.75, 2M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→40.37 Å / Num. all: 74174 / Num. obs: 74174 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.6 % / R_merge(I) obs: 0.078
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RVY

3rvy

解像度: 2.75→40.367 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 0.02 / 位相誤差: 28.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.255	7245	5.03 %
R_work	0.232	-	-
obs	0.2332	144084	94.04 %
all	-	72843	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→40.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7192	0	659	38	7889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	8046
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.377	10838
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.694	2930
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	1252
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1196

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.75-2.7813	0.4034	189	0.347	3749	X-RAY DIFFRACTION	76
2.7813-2.814	0.3591	184	0.3271	3916	X-RAY DIFFRACTION	82
2.814-2.8483	0.2979	249	0.297	4359	X-RAY DIFFRACTION	88
2.8483-2.8843	0.2983	194	0.2991	4381	X-RAY DIFFRACTION	91
2.8843-2.9223	0.3562	229	0.3052	4653	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9223-2.9623	0.3391	282	0.3065	4626	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9623-3.0046	0.3053	225	0.299	4574	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0046-3.0494	0.3436	277	0.2992	4762	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0494-3.0971	0.2987	255	0.2921	4598	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0971-3.1478	0.3476	236	0.3009	4757	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1478-3.2021	0.2755	277	0.2878	4708	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2021-3.2603	0.313	269	0.2776	4634	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2603-3.323	0.276	237	0.2668	4672	X-RAY DIFFRACTION	97
3.323-3.3908	0.2672	259	0.2459	4736	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3908-3.4645	0.2712	241	0.2562	4635	X-RAY DIFFRACTION	96
3.4645-3.545	0.2529	254	0.2256	4734	X-RAY DIFFRACTION	96
3.545-3.6336	0.2546	285	0.2237	4648	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6336-3.7318	0.263	240	0.2231	4661	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7318-3.8415	0.1979	242	0.1953	4662	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8415-3.9654	0.237	290	0.1899	4604	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9654-4.107	0.1864	254	0.193	4649	X-RAY DIFFRACTION	96
4.107-4.2713	0.2234	264	0.2008	4573	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2713-4.4654	0.197	213	0.2102	4649	X-RAY DIFFRACTION	95
4.4654-4.7005	0.2214	261	0.1952	4612	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7005-4.9945	0.2133	200	0.2107	4663	X-RAY DIFFRACTION	95
4.9945-5.3793	0.268	196	0.2499	4571	X-RAY DIFFRACTION	94
5.3793-5.9192	0.3076	247	0.28	4554	X-RAY DIFFRACTION	94
5.9192-6.7722	0.344	247	0.287	4525	X-RAY DIFFRACTION	94
6.7722-8.519	0.2794	248	0.2189	4560	X-RAY DIFFRACTION	94
8.519-40.3709	0.2009	201	0.1951	4414	X-RAY DIFFRACTION	90

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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