[日本語] English
万見
- PDB-4mqw: Structure of follicle-stimulating hormone in complex with the ent... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mqw
タイトルStructure of follicle-stimulating hormone in complex with the entire ectodomain of its receptor (P31)
要素
  • Follicle-stimulating hormone receptor
  • Follitropin subunit beta
  • Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
キーワードSIGNALING PROTEIN / cystine-knot / leucine-rich repeats / Glycoprotein hormone / GPCR / Sulfation
機能・相同性
機能・相同性情報


follicle-stimulating hormone receptor activity / progesterone biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis ...follicle-stimulating hormone receptor activity / progesterone biosynthetic process / follicle-stimulating hormone activity / follicle-stimulating hormone complex / pituitary gonadotropin complex / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / positive regulation of steroid biosynthetic process / Thyroxine biosynthesis / Mineralocorticoid biosynthesis / Hormone ligand-binding receptors / Glycoprotein hormones / Reactions specific to the complex N-glycan synthesis pathway / Androgen biosynthesis / follicle-stimulating hormone signaling pathway / female gamete generation / Sertoli cell proliferation / gonad development / negative regulation of organ growth / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / regulation of osteoclast differentiation / regulation of protein kinase A signaling / thyroid hormone generation / G protein-coupled peptide receptor activity / regulation of signaling receptor activity / organ growth / female gonad development / thyroid gland development / positive regulation of bone resorption / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / hormone-mediated signaling pathway / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / female pregnancy / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / Golgi lumen / male gonad development / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. ...Follicle stimulating hormone receptor / Gonadotropin hormone receptor, transmembrane domain / Gonadotropin hormone receptor transmembrane region / Gonadotropin, beta subunit, conserved site / Glycoprotein hormones beta chain signature 1. / Glycoprotein hormones beta chain signature 2. / Glycoprotein hormone beta chain homologues. / Glycoprotein hormone alpha chain / Glycoprotein hormone / Glycoprotein hormones alpha chain signature 1. / Glycoprotein hormones alpha chain signature 2. / Glycoprotein hormones alpha chain family profile. / Glycoprotein hormone alpha chain homologues. / Gonadotropin, beta subunit / Glycoprotein hormone subunit beta / Cystine-knot domain / Glycoprotein hormone receptor family / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine rich repeat N-terminal domain / Leucine-rich repeat N-terminal domain / Leucine rich repeat N-terminal domain / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Cystine-knot cytokine / Alpha-Beta Horseshoe / Leucine-rich repeat domain superfamily / Ribbon / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JEF / Glycoprotein hormones alpha chain / Follitropin subunit beta / Follicle-stimulating hormone receptor / Glycoprotein hormones alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Jiang, X. / Liu, H. / Chen, X. / He, X.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Evidence for Follicle-stimulating Hormone Receptor as a Functional Trimer.
著者: Jiang, X. / Fischer, D. / Chen, X. / McKenna, S.D. / Liu, H. / Sriraman, V. / Yu, H.N. / Goutopoulos, A. / Arkinstall, S. / He, X.
履歴
登録2013年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月18日Group: Database references
改定 1.22014年9月24日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年1月10日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_conn

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
B: Follitropin subunit beta
X: Follicle-stimulating hormone receptor
D: Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
E: Follitropin subunit beta
Y: Follicle-stimulating hormone receptor
G: Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
H: Follitropin subunit beta
Z: Follicle-stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,81730
ポリマ－195,5919
非ポリマー4,22621
水2,792155
1
A: Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
B: Follitropin subunit beta
X: Follicle-stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,55112
ポリマ－65,1973
非ポリマー1,3549
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
2
D: Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
E: Follitropin subunit beta
Y: Follicle-stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,3659
ポリマ－65,1973
非ポリマー1,1686
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
3
G: Glycoprotein hormones, alpha polypeptide
H: Follitropin subunit beta
Z: Follicle-stimulating hormone receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,9019
ポリマ－65,1973
非ポリマー1,7046
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area22200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.900, 95.900, 204.281
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11X
21Y
31Z
12A
22D
32G
13B
23E
33H

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1115X15 - 279
2115Y15 - 279
3115Z15 - 279
1125A1 - 200
2125D1 - 200
3125G1 - 200
1135B1 - 200
2135E1 - 200
3135H1 - 200

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 3種, 9分子 ADGBEHXYZ

#1: タンパク質 Glycoprotein hormones, alpha polypeptide


分子量: 11364.014 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CGA / プラスミド: PVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96QJ4, UniProt: P01215*PLUS
#2: タンパク質 Follitropin subunit beta / Follicle-stimulating hormone beta subunit / FSH-B / FSH-beta / Follitropin beta chain


分子量: 12500.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSHB / プラスミド: PVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01225
#3: タンパク質 Follicle-stimulating hormone receptor / FSH-R / Follitropin receptor


分子量: 41332.734 Da / 分子数: 3 / Mutation: C188S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FSHR, LGR1 / プラスミド: PVLAD6 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23945

-
糖 , 1種, 15分子

#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 161分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: The FSH-FSHRED complex was concentrated by ultrafiltration to about 10 mg/ml in HBS. 0.1M imidazole and 20% Jeffamine M-600, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月5日
放射モノクロメーター: Kohzu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 46705 / Num. obs: 43220 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 65.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.9-2.95170
2.95-3178.1
3-3.06184
3.06-3.12190.1
3.12-3.19194
3.19-3.27197.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0066精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 4ay9

4ay9


解像度: 2.9→24.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9573 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9172 / SU B: 45.932 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.443 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 2233 5.02 %RANDOM
Rwork0.1737 ---
obs0.1769 42207 95.56 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 86.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.0752 Å20 Å20 Å2
2--2.0752 Å20 Å2
3----4.1503 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.471 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11405 0 238 155 11798
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00911928HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2116216HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4160SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes299HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1706HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it11928HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 150 6.04 %
Rwork0.2551 2334 -
all0.2573 2484 -
obs--95.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.60240.8088-0.883710.83-3.07484.4039-0.1121-0.0709-0.42980.16650.2038-0.14530.32370.5462-0.0917-0.1911-0.00550.042-0.2429-0.07810.12946.3708-28.9422.105
23.27862.7635-2.62696.451-2.80265.7953-0.04520.2148-0.1757-0.6550.2754-0.6243-0.31240.4667-0.2302-0.1349-0.13290.1736-0.1164-0.10980.039812.865-13.1166-9.1951
38.2629-4.0027-2.18375.31381.79914.24190.033-0.05980.0618-0.1254-0.13420.53560.1969-0.56540.1012-0.3161-0.0599-0.0344-0.0936-0.01730.1097-45.240112.66261.7338
44.2468-3.4376-1.46686.9413.80253.97690.23410.6239-0.3709-0.1891-0.16690.40680.61-0.1499-0.0672-0.14930.002-0.1129-0.0866-0.1007-0.0032-34.5929-0.4749-9.6245
510.73892.53113.41453.48090.29144.7432-0.04040.24380.16160.12550.0732-0.349-0.77140.2023-0.0328-0.0884-0.14010.131-0.19170.06640.183116.717136.68882.1053
68.6414-0.05594.68632.025-0.32084.2521-0.22770.53810.3493-0.0650.20870.163-0.4346-0.32120.019-0.1904-0.07370.1308-0.03850.16880.0407-0.11934.4334-9.2475
73.41511.4235-0.40455.2-0.17483.4431-0.13760.33280.3116-0.06350.39041.13620.204-0.4976-0.2528-0.29-0.11480.0323-0.21230.18350.3554-8.4068-18.31413.0263
84.6995-2.32710.14235.49610.56153.98590.22380.11180.9236-0.45710.0979-0.7236-0.4697-0.0381-0.3216-0.3012-0.02130.1421-0.362-0.02740.1978-28.397420.35432.3733
95.8657-0.21820.04282.2584-0.53674.40830.22770.4575-1.2214-0.15370.1624-0.06150.21780.531-0.3901-0.42230.01080.0013-0.309-0.12260.448214.902418.57593.1734
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|92 A|201 - A|202 }A5 - 92
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|5 - A|92 A|201 - A|202 }A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION2{ Z|401 - Z|401 B|1 - B|109 B|201 - B|202 }Z401
4X-RAY DIFFRACTION2{ Z|401 - Z|401 B|1 - B|109 B|201 - B|202 }B1 - 109
5X-RAY DIFFRACTION2{ Z|401 - Z|401 B|1 - B|109 B|201 - B|202 }B201 - 202
6X-RAY DIFFRACTION3{ D|4 - D|92 D|201 - D|202 }D4 - 92
7X-RAY DIFFRACTION3{ D|4 - D|92 D|201 - D|202 }D201 - 202
8X-RAY DIFFRACTION4{ E|1 - E|108 E|201 - E|202 }E1 - 108
9X-RAY DIFFRACTION4{ E|1 - E|108 E|201 - E|202 }E201 - 202
10X-RAY DIFFRACTION5{ G|5 - G|92 G|201 - G|202 }G5 - 92
11X-RAY DIFFRACTION5{ G|5 - G|92 G|201 - G|202 }G201 - 202
12X-RAY DIFFRACTION6{ H|1 - H|108 H|201 - H|202 }H1 - 108
13X-RAY DIFFRACTION6{ H|1 - H|108 H|201 - H|202 }H201 - 202
14X-RAY DIFFRACTION7{ X|18 - X|356 X|403 - X|403 }X18 - 356
15X-RAY DIFFRACTION7{ X|18 - X|356 X|403 - X|403 }X403
16X-RAY DIFFRACTION8{ Y|18 - Y|357 Y|402 - Y|402 }Y18 - 357
17X-RAY DIFFRACTION8{ Y|18 - Y|357 Y|402 - Y|402 }Y402
18X-RAY DIFFRACTION9{ Z|18 - Z|356 Z|402 - Z|402 }Z18 - 356
19X-RAY DIFFRACTION9{ Z|18 - Z|356 Z|402 - Z|402 }Z402

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る