PDB-4mqb: Crystal structure of thymidylate kinase from Staphylococcus aureu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mqb

タイトル

Crystal structure of thymidylate kinase from Staphylococcus aureus in complex with 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid

要素

Thymidylate kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / thymidylate kinase / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors

機能・相同性

機能・相同性情報

dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. ...

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of thymidylate kinase from Staphylococcus aureus in complex with 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid
著者: Filippova, E.V. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Kiryukhina, O. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2013年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年12月6日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mqb.cif.gz	188.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mqb.ent.gz	149.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mqb_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mqb_full_validation.pdf.gz	464.3 KB	表示
XML形式データ	4mqb_validation.xml.gz	20.8 KB	表示
CIF形式データ	4mqb_validation.cif.gz	30.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4f4iS 4dwj 4eaq S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5oji-d 3lec-2 3m2j-d 5ojg-d 1s7t-2 7do7-d 4ure-d 6uzp-d 6uyk-1 3u5t-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-APC105704

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate kinase

B: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

B: Thymidylate kinase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.134, 90.457, 49.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.64, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.170252, -0.216923, 0.961228), (-0.221788, -0.942005, -0.251868), (0.960117, -0.25607, 0.112267)	15.65495, 19.04752, 30.60565

#1: タンパク質	Thymidylate kinase / dTMP kinase 分子量: 23914.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: tmk, SAV0482 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: P65248, dTMP kinase
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.87 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M MMES buffer, 20% PEG6000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月25日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 57729 / Num. obs: 57729 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4F4I

4f4i

解像度: 1.55→25.62 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 3.097 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19845	2929	5.1 %	RANDOM
R_work	0.14241	-	-	-
obs	0.14528	54773	99.71 %	-
all	-	54773	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.34 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0.89 Å²
2-	-	-1.35 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.11 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→25.62 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3260	0	26	329	3615

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3325
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.926	1.981	4654
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.98	3	7657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.415	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.72	24.138	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.82	15	607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.979	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.134	0.2	516
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.324	1.471	1680
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.294	17.46	1679
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.901	2.218	2114
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.927	3.36	2120
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.774	2.259	1763
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.536	2.292	1769
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.361	3.154	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.568		4149
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.567		4150
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.22	3	3419
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	21.358	5	3357

LS精密化シェル

解像度: 1.548→1.588 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	210	-
R_work	0.194	3970	-
obs	-	-	97.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.92	0.6466	0.08	0.9946	0.6655	0.9316	-0.0373	0.0719	0.0073	-0.0309	0.0367	0.0752	-0.0055	0.0021	0.0006	0.023	-0.0088	-0.0081	0.0107	-0.0053	0.0388	10.4568	-5.5907	16.0316
2	0.5013	-0.3356	-0.4775	2.4461	0.971	0.9836	-0.0178	0.0363	-0.0456	-0.1383	-0.0094	0.2733	-0.0476	-0.0341	0.0272	0.0255	-0.0047	-0.0187	0.029	-0.003	0.0601	-2.54	6.9283	24.9801
3	0.814	-0.2748	-0.3735	1.213	0.4843	0.532	-0.0483	-0.0887	0.0142	-0.0202	0.0268	0.0129	0.026	0.049	0.0215	0.0169	-0.0016	-0.0075	0.0306	-0.0008	0.0088	7.5961	4.9564	29.4889
4	0.7819	0.1687	-0.0424	0.5975	-0.0881	0.7598	-0.0514	0.0024	-0.0115	-0.0392	0.032	-0.0545	-0.0072	0.0187	0.0194	0.0107	-0.0026	0.0006	0.0215	0.0022	0.0075	19.3547	4.3757	18.6133
5	1.803	2.3128	-0.3013	6.8511	-1.5603	4.5283	-0.0175	-0.0687	0.003	0.1288	-0.0783	-0.1365	-0.1026	0.089	0.0958	0.0172	0.002	-0.0178	0.0121	-0.0069	0.0222	-0.2611	26.1058	-0.1351
6	0.4445	-0.1722	-0.2239	0.6811	0.1522	0.2478	0.042	0.037	-0.0357	-0.0216	-0.0396	0.0136	-0.0469	-0.0342	-0.0023	0.0165	0.0025	-0.0147	0.008	0.0066	0.0374	-3.5063	21.0494	-9.8007
7	0.8574	-0.0077	-0.3389	0.0746	0.2259	0.8413	-0.061	-0.0552	-0.0435	0.0232	0.0024	0.0119	0.0961	0.0468	0.0585	0.0243	0.006	-0.0072	0.0124	0.0063	0.0232	0.7299	15.6437	-1.3294
8	5.5528	2.6706	0.4083	2.5281	0.7143	1.1974	-0.1346	-0.0027	-0.2296	-0.0701	0.032	-0.123	0.2087	-0.0334	0.1026	0.0786	-0.003	0.0355	0.0343	0.0019	0.0282	-10.7052	8.0455	3.4573
9	2.9417	1.0478	-0.8698	1.6392	-0.4549	1.8407	0.095	-0.2038	0.2033	0.1679	-0.0213	0.119	-0.1624	0.027	-0.0737	0.0402	-0.0042	0.0001	0.0358	-0.0149	0.0292	-7.3789	26.7567	9.7837

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 36
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 83
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	84 - 123
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	124 - 205
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 8
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	9 - 83
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	84 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	140 - 177
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	178 - 204

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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