PDB-4mpz: Crystal structure of TCP10c domain of Drosophila melanogaster Sas-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mpz

タイトル

Crystal structure of TCP10c domain of Drosophila melanogaster Sas-4

要素

Sas-4

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / beta-spine / centrosome biogenesis

機能・相同性

機能・相同性情報

protein localization to pericentriolar material / centriole elongation / syncytial blastoderm mitotic cell cycle / asymmetric cell division / centrosome separation / male meiotic nuclear division / locomotion / centrosome cycle / pericentriolar material / microtubule polymerization ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.701 Å

データ登録者

Li, H. / Zheng, X.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The conserved TCP domain of Sas-4/CPAP is essential for Peri-centriolar material tethering during centrosome biogenesis
著者: Zheng, X. / Gooi, L.M. / Wason, A. / Gabriel, E. / Mehrjardi, N. / Yang, Q. / Zhang, X. / Debec, A. / Basiri, M. / Avidor-Reiss, T. / Pozniakovsky, A. / Poser, I. / Hyman, A. / Li, H. / Gopalakrishnan, J.

履歴

登録	2013年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年1月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mpz.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mpz.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mpz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mpz_validation.pdf.gz	441.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mpz_full_validation.pdf.gz	442 KB	表示
XML形式データ	4mpz_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	4mpz_validation.cif.gz	9.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6lh8-d 1y66-d 3zcj-6 2n6t-d 5eiu-3 4by2-1 1k1b-d 2kwg-d 5ijj-2 6r2g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Sas-4

ヘテロ分子

24.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.344, 69.344, 112.337
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Sas-4 分子量: 24181.936 Da / 分子数: 1 / 断片: TCP10c domain, UNP residues 710-897 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: Sas-4, CG10061, Dmel_CG10061 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9VI72
#2: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 10% PEG 3350, 0.2M NH4Ac, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月9日

放射

モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. all: 8481 / Num. obs: 8481 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092

反射シェル

解像度 (Å)	Diffraction-ID	% possible all
2.7-2.75	1	100
2.75-2.8	1	100
2.8-2.85	1	100
2.85-2.91	1	100
2.91-2.97	1	100
2.97-3.04	1	100
3.04-3.12	1	100
3.12-3.2	1	100
3.2-3.3	1	100
3.3-3.4	1	100
3.4-3.52	1	100
3.52-3.66	1	100
3.66-3.83	1	100
3.83-4.03	1	100
4.03-4.29	1	100
4.29-4.62	1	100
4.62-5.08	1	100
5.08-5.81	1	100
5.81-7.32	1	100
7.32-50	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHELXS		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.701→41.022 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 31.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2759	829	10.02 %	RANDOM
R_work	0.2436	-	-	-
obs	0.2468	8270	97.92 %	-
all	-	8481	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 126.08 Å² / B_iso mean: 56.8409 Å² / B_iso min: 16.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.701→41.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1127	0	5	25	1157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1156
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.659	1556
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.679	435
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	162
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	202

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.7012-2.8703	0.3978	133	0.3449	1107	88
2.8703-3.0919	0.3639	150	0.3141	1254	100
3.0919-3.4029	0.3217	124	0.2832	1274	100
3.4029-3.895	0.2856	153	0.2232	1248	100
3.895-4.906	0.2068	121	0.1948	1281	100
4.906-41.0266	0.2559	148	0.2465	1277	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0922	0.0701	-0.1303	0.1879	0.1413	0.6296	-0.1689	-0.3191	-0.3384	0.1875	0.5298	0.1398	-0.0885	-0.176	0.6079	0.6191	0.3564	0.1015	0.3165	0.2078	0.4268	-20.1769	-9.6892	-17.2229
2	1.19	-0.0761	0.6969	0.1472	-0.0716	0.4369	-0.3158	-1.0894	-0.4819	0.7031	0.7296	0.0754	-0.1484	-0.4304	0.1013	0.769	0.2709	0.1799	0.3829	0.3043	-0.0404	-26.6592	0.6242	-20.1091
3	1.0508	0.367	0.1863	0.2983	0.1895	0.5499	-0.5898	-1.0681	0.3293	0.9987	0.7397	0.1744	-0.3041	-0.2638	0.213	0.9042	0.7293	0.4167	0.4554	-0.0094	0.292	-31.4563	13.4354	-16.5273
4	0.0048	-0.0618	0.0477	0.3171	-0.3128	0.3458	-0.1216	-0.1768	0.2162	-0.4817	0.0916	-0.4143	0.3457	0.2272	-0.3741	0.5355	0.3052	0.2187	0.3864	0.0231	0.6904	-37.3928	28.2022	-20.5207
5	0.0556	-0.0503	-0.0921	0.1753	-0.0616	0.1848	0.1378	0.042	0.0179	-0.0351	0.135	-0.1356	-0.2574	-0.2011	0.0009	0.4534	0.1639	-0.0098	0.3562	0.0621	0.571	-47.6608	39.8585	-19.879

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 714:733 )	A	714 - 733
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 734:761 )	A	734 - 761
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 762:790 )	A	762 - 790
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 791:824 )	A	791 - 824
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 825:853 )	A	825 - 853

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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