PDB-4mpt: Crystal Structure of Periplasmic binding Protein Type 1 from Bord...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mpt

タイトル

Crystal Structure of Periplasmic binding Protein Type 1 from Bordetella pertussis Tohama I

要素

Putative leu/ile/val-binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / sulute-binding protein / alpha-beta structure

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Kim, Y. / Joachimiak, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Periplasmic binding Protein Type 1 from Bordetella pertussis Tohama I
著者: Kim, Y. / Joachimiak, G. / Clancy, S. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mpt.cif.gz	308 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mpt.ent.gz	253.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mpt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mp/4mpt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1e6u-d 1bws-d 1el7-2 4ey3-d 1e7q-d 1fxs-d 3m13-4 6k3g-d 4eyk-d 3bhf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: MCSG-apc110230

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative leu/ile/val-binding protein

B: Putative leu/ile/val-binding protein

ヘテロ分子

82.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative leu/ile/val-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Putative leu/ile/val-binding protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
41.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.565, 86.565, 194.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Putative leu/ile/val-binding protein 分子量: 41242.852 Da / 分子数: 2 / 断片: delta-N21 / 変異: residues 26-402 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bordetella pertussis Tohama I (百日咳菌) 株: Tohama I / 遺伝子: BP0622 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q7VS30
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 482 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 60 %(w/v) Tacsimate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月31日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 81351 / Num. obs: 81351 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 23.74 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 10.7
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 3435 / R_sym value: 0.549 / % possible all: 83.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1367)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→43.282 Å / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.176	4073	5.01 %	random
R_work	0.16	-	-	-
all	0.163	81296	-	-
obs	0.163	81296	98.35 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→43.282 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5638	0	13	482	6133

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	5921
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.093	8035
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.138	2222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	876
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1084

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.7497-1.7798	0.2288	171	0.2396	3248	3419	79
1.7798-1.8122	0.2556	212	0.2378	3541	3753	86
1.8122-1.847	0.2196	191	0.2279	3876	4067	93
1.847-1.8847	0.2258	171	0.2207	3879	4050	94
1.8847-1.9257	0.2289	208	0.2227	3874	4082	94
1.9257-1.9705	0.2299	199	0.2151	3900	4099	95
1.9705-2.0198	0.2545	193	0.204	3921	4114	95
2.0198-2.0744	0.2053	196	0.2024	3916	4112	95
2.0744-2.1354	0.2148	202	0.2029	3924	4126	95
2.1354-2.2043	0.2105	206	0.1982	3921	4127	95
2.2043-2.2831	0.2256	195	0.1934	3954	4149	95
2.2831-2.3745	0.2167	192	0.1896	3892	4084	95
2.3745-2.4825	0.1932	223	0.182	3939	4162	95
2.4825-2.6133	0.2027	211	0.18	3894	4105	95
2.6133-2.777	0.1995	229	0.1794	3924	4153	94
2.777-2.9912	0.1895	218	0.1778	3923	4141	95
2.9912-3.292	0.162	209	0.1636	3901	4110	95
3.292-3.7677	0.1471	222	0.1336	3944	4166	95
3.7677-4.7445	0.1129	224	0.0988	3901	4125	95
4.7445-32.3024	0.1622	195	0.1217	3947	4192	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9739	-0.0666	-0.3881	1.0501	0.0934	1.0499	0.1127	-0.1553	0.1438	0.2637	-0.0975	0.0927	-0.1362	-0.0224	-0.0207	0.2864	-0.0735	0.0746	0.1982	-0.0274	0.1442	-24.782	42.2349	113.6666
2	1.6692	0.4162	-0.0958	1.6136	0.3185	1.6463	0.0706	-0.3111	-0.2036	0.4721	-0.0291	-0.4238	0.1083	0.2236	-0.0128	0.2728	-0.0278	-0.0493	0.221	0.0705	0.2051	-12.0068	25.9563	114.9918
3	0.9279	0.491	-0.6537	1.5891	0.4637	1.3098	-0.143	0.2281	-0.3253	-0.3082	0.1046	-0.6776	0.1136	0.2214	-0.0061	0.2379	-0.0223	0.1185	0.2586	-0.038	0.382	-6.4607	22.3747	96.8966
4	0.6627	0.069	-0.2468	0.8806	0.1634	1.1421	0.0283	-0.1277	-0.1202	0.3228	-0.1436	0.2268	0.1773	-0.1027	0.1057	0.2886	-0.0756	0.0907	0.2049	0.0042	0.1579	-28.6039	26.8225	113.3955
5	2.1229	0.0775	-1.3608	3.1941	-0.7893	3.6686	0.1102	0.305	-0.0732	-0.2301	-0.089	0.0411	0.1205	-0.5743	-0.0841	0.2796	-0.034	0.0867	0.2623	0.0082	0.2564	-23.5781	15.0323	96.488
6	1.2659	0.0791	-0.014	1.2007	-0.0063	0.8833	-0.0499	0.3931	-0.2699	-0.1043	0.0299	-0.1528	0.1242	0.0815	0.0018	0.152	0.0034	-0.001	0.3282	-0.0945	0.1739	-19.0495	32.2334	72.6531
7	2.1311	-0.4314	-0.5376	1.4984	0.4267	1.1575	0.1392	0.3907	0.5515	-0.2054	-0.0443	-0.0852	-0.1979	-0.0477	-0.0609	0.1882	0.0026	-0.0146	0.2622	0.0635	0.253	-26.403	54.4586	74.662
8	1.0116	-0.0024	-0.1122	1.1101	1.1424	1.1962	0.0776	-0.1874	0.54	0.1414	0.0184	-0.1314	-0.1445	0.0266	-0.0474	0.2363	-0.0381	-0.0252	0.2648	-0.1296	0.3631	-25.9619	60.2075	93.1539
9	0.9848	-0.1022	-0.3644	1.2437	0.2347	0.1677	-0.0773	-0.0943	0.0408	0.1292	0.0328	0.0311	0.0008	-0.1039	0.0397	0.1861	-0.0022	-0.0396	0.2857	-0.067	0.1991	-35.1209	43.3257	86.8695
10	0.6357	-0.1468	-0.0736	0.875	0.323	0.9971	-0.0131	0.4816	-0.1391	-0.1993	-0.0572	0.1797	-0.0267	-0.1947	0.0395	0.1686	0.0067	-0.0577	0.4303	-0.0769	0.1499	-32.6683	36.5102	69.5373
11	2.6066	0.0389	-0.7228	2.011	-0.1544	4.5461	0.185	-0.0566	-0.0426	0.2297	0.0949	0.2814	0.3348	-0.0566	-0.1821	0.2289	0.0347	-0.0577	0.2323	-0.0604	0.228	-42.0633	47.1584	89.4118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 81 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 82 through 156 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 157 through 250 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 251 through 354 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 355 through 375 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 81 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 82 through 191 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 192 through 224 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 225 through 280 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 281 through 354 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 355 through 375 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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