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万見
- PDB-4mpl: Crystal structure of BMP9 at 1.90 Angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpl
タイトルCrystal structure of BMP9 at 1.90 Angstrom
要素Growth/differentiation factor 2
キーワードCYTOKINE / growth factor/cytokine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration ...positive regulation of epithelial cell differentiation / positive regulation of cartilage development / positive regulation of endothelial cell differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / activin receptor signaling pathway / positive regulation of BMP signaling pathway / positive regulation of bicellular tight junction assembly / blood vessel morphogenesis / negative regulation of endothelial cell migration / cartilage development / branching involved in blood vessel morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of DNA replication / negative regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / positive regulation of SMAD protein signal transduction / BMP signaling pathway / vasculogenesis / positive regulation of endothelial cell proliferation / ossification / negative regulation of angiogenesis / protein serine/threonine kinase activator activity / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / growth factor activity / negative regulation of cell growth / positive regulation of angiogenesis / osteoblast differentiation / angiogenesis / transcription by RNA polymerase II / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B ...TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Cystine-knot cytokine / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Growth/differentiation factor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Li, W. / Morrell, N.W. / Wei, Z.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Regulation of Bone Morphogenetic Protein 9 (BMP9) by Redox-dependent Proteolysis.
著者: Wei, Z. / Salmon, R.M. / Upton, P.D. / Morrell, N.W. / Li, W.
履歴
登録2013年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月29日Group: Database references
改定 1.22014年12月24日Group: Database references
改定 1.32021年6月2日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line ..._entity_src_gen.host_org_common_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9321
ポリマ－12,9321
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Growth/differentiation factor 2

A: Growth/differentiation factor 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8642
ポリマ－25,8642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,-y-1/2,-z+1/41
Buried area2500 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.270, 71.270, 145.890
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-270-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 2 / GDF-2 / Bone morphogenetic protein 9 / BMP-9


分子量: 12931.852 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 321-429 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP9, GDF2 / プラスミド: pCEP4 / 細胞株 (発現宿主): Hek293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UK05
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.66 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.12M magnesium nitrate, 12% PEG3350, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.17 Å / Num. all: 15096 / Num. obs: 15096 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 30.79 Å2 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.9-280.75210.752198.6
2-2.1280.4091.90.409199
2.12-2.2780.2473.10.247199
2.27-2.4580.1564.90.156199.4
2.45-2.697.90.1116.80.111199.5
2.69-37.80.0749.40.074199.7
3-3.477.70.05711.10.057199.7
3.47-4.257.40.05310.70.053199.9
4.25-6.016.90.04612.40.046199.7
6.01-40.176.90.03616.70.036198.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.95 Å40.17 Å
Translation1.95 Å40.17 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40.17 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.13 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2237 769 5.1 %
Rwork0.1987 --
obs0.2 15087 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.5972 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数814 0 0 91 905
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008864
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.181174
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.95309
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093129
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005149
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-2.04670.3091510.26672780X-RAY DIFFRACTION98
2.0467-2.25270.28081380.22882813X-RAY DIFFRACTION99
2.2527-2.57860.26151590.21012837X-RAY DIFFRACTION99
2.5786-3.24860.24361770.20122854X-RAY DIFFRACTION99
3.2486-40.17870.17841440.17993034X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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