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- PDB-4mpi: Crystal structure of the chitin-binding module (CBM18) of a chiti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpi
タイトルCrystal structure of the chitin-binding module (CBM18) of a chitinase-like protein from Hevea brasiliensis
要素Class I chitinase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / hevein-like domain / chitin oligomers
機能・相同性
機能・相同性情報


chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / defense response / cell wall macromolecule catabolic process / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase-like / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin recognition protein / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 ...Chitinases family 19 signature 1. / Chitinases family 19 signature 2. / Endochitinase-like / Glycoside hydrolase, family 19 / Glycoside hydrolase, family 19, catalytic / Chitinase class I / Chitin recognition protein / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Lysozyme-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Probable inactive chitinase-like protein LaCIC
類似検索 - 構成要素
生物種Hevea brasiliensis subsp. brasiliensis (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.602 Å
データ登録者Martinez-Caballero, C.S. / Hermoso, J.A. / Rodriguez-Romero, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Comparative study of two GH19 chitinase-like proteins from Hevea brasiliensis, one exhibiting a novel carbohydrate-binding domain.
著者: Martinez-Caballero, S. / Cano-Sanchez, P. / Mares-Mejia, I. / Diaz-Sanchez, A.G. / Macias-Rubalcava, M.L. / Hermoso, J.A. / Rodriguez-Romero, A.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月15日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Class I chitinase
B: Class I chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,3014
ポリマ－9,0182
非ポリマー2832
水1,53185
1
A: Class I chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,7042
ポリマ－4,5091
非ポリマー1951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Class I chitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,5972
ポリマ－4,5091
非ポリマー881
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.515, 38.515, 100.934
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Class I chitinase / chitinase-like lectin


分子量: 4509.008 Da / 分子数: 2 / 断片: Chitin-binding domain (CBD18, UNP residues 1-43) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hevea brasiliensis subsp. brasiliensis (植物)
株: RIMM600 / 組織: latex and leaves / 遺伝子: Hbchi-L1, laCIC / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta-Gami DE3 pLysS / 参照: UniProt: Q8GUD7
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 85 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.67 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 11 mg/mL protein, 0.1 M MES, pH 7.0, 1.6 M ammonium sulfate, 4% 1,4-dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年6月7日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen cooled channel-cut Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.602→33.355 Å / Num. all: 11176 / Num. obs: 11117 / % possible obs: 99.47 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 12.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rsym value: 0.037 / Net I/σ(I): 21.13
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
1.602-1.682.70.2164.915000.21699.5
1.68-1.793.70.1787.515450.17899.9
1.79-1.913.60.10910.914420.10999.9
1.91-2.063.60.07415.613530.07499.9
2.06-2.263.60.04821.812650.04899.9
2.26-2.533.50.03627.311310.03699.9
2.53-2.923.50.0332.89990.0399.9
2.92-3.573.40.02542.68450.02599.9
3.57-5.053.50.02249.96560.02299.8
5.05-33.643.30.02248.23810.02299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.3_1479)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1Q9B

1q9b


解像度: 1.602→33.355 Å / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 530 4.79 %RANDOM
Rwork0.1786 ---
all0.185 11140 --
obs0.1803 11067 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.602→33.355 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数608 0 18 85 711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.108880
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.823242
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03380
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004123
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.602-1.76270.26961340.22282591X-RAY DIFFRACTION98
1.7627-2.01770.21061310.19362643X-RAY DIFFRACTION100
2.0177-2.5420.23631460.19022619X-RAY DIFFRACTION100
2.542-33.36220.1911190.15912684X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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